甲狀腺癌可分為甲狀腺乳頭狀癌、濾泡癌、髓樣癌、低分化癌和未分化型甲狀腺癌。根據癌細胞的分化程度來分，其中甲狀腺乳頭狀癌和濾泡癌稱為分化型甲狀腺癌，分化型甲狀腺癌總體上惡性程度低、治療效果及預後好。未分化型甲狀腺癌惡性程度高，預後也差，中位生存期普遍在6個月左右。還有一種叫低分化型甲狀腺癌，其生物學行為和預後介於分化型和未分化型之間。

不同類型的甲狀腺癌、不同的病人採取的治療方法也有所不同或略有差異。甲狀腺癌的治療方法，一般有以下：

一般來說，對於分化型甲狀腺癌和低分化型甲狀腺癌，多以手術治療為主。而對於惡性程度高的未分化癌則主要採取放化療、綜合治療等手段，手術治療不適宜作為主要的治療手段，因為該種類型的癌症，手術不容易切除乾淨，而且複發率也很高。

促甲狀腺激素（TSH）是由腺垂體分泌的一種激素，TSH一方面會受到下丘腦分泌的促甲狀腺激素釋放激素（TRH）的促進性影響，另一方面會受到甲狀腺分泌的甲狀腺激素反饋性的抑制，它們兩者相互拮抗。有一些文獻認為甲狀腺癌的發生發展與促甲狀腺激素水平有關。因此一般情況下，我們在進行甲狀腺手術切除後，會對病人給予TSH抑制治療，把TSH抑制在一個比較低的水平，以減少甲狀腺癌術後的復發和轉移幾率。這與乳腺癌的內分泌治療類似。

一般來說，在頸部的病灶可以通過手術切除，但是有一些病灶是超出了頸部或者是頸部病灶很廣泛，手術切除後擔心復發和轉移，這時可以做碘131治療。碘131具有放射性，其治療原理是甲狀腺濾泡細胞會把碘131吸收到細胞裡，碘131放出的射線會破壞甲狀腺細胞，其中包括正常的細胞和癌細胞。有些病人進行了甲狀腺手術後，甲狀腺腺體組織沒有完全切除乾淨，一般可進行碘131治療，這叫做殘留腺體的去除或者稱之為殘留腺體的消融治療。此外，有些在頸部外的腫瘤細胞，也會在吸收碘131後，癌細胞受到破壞，從而達到治療的作用。

靶向治療較多應用於肺癌、肝癌、腸癌和腎癌等類型的癌症中，在甲狀腺癌中也有應用。對於一些復發轉移碘難治性的病人，可以嘗試去做靶向治療，所謂的碘難治性即是指使用碘131治療已經沒有什麼效果。當其他治療方法都無效時，這種情況是可以使用靶向治療的，目前我們國家食品藥品監督管理局批准索拉菲尼可用於碘難治性的分化型甲狀腺癌的治療。總的來說，目前用於甲狀腺癌的靶向治療藥物並不多，大多數仍處於臨床試驗階段。