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其實明朝的時候就曾經把兩廣總督駐地遷往廣州。因為總督一職，最早是為了軍務設立的，肩負平亂之責，相當於軍區司令員（雖然這司令員是文官），所以根據軍情的變化，駐地也會有所變化。
第一位兩廣總督王翱，因曾多次平定叛亂而任此職
兩廣總督初設，就是因為土木堡之變後，潯州、梧州瑤人叛亂，廣西總兵董毅和廣東總兵武興互相推諉扯皮，久久未能平亂。景泰三年，公元1452年，兵部尚書于謙讓翁信、陳旺接替二名總兵，並推薦太子太保王翱出任兩廣總督，把叛亂鎮壓下去了。
第一位固定的兩廣總督韓雍，以曾經鎮壓兩廣瑤族、侗族叛亂而就任此職
明英宗復辟後，兩廣總督被撤，取而代之的是廣東、廣西巡撫。但瑤人再次叛亂後，兩位巡撫又開始扯皮。僉事陶魯說：“兩廣地勢交錯，應當像手臂與手指一齊使用，不能分開。最近叛賊侵犯廣西，我與廣東三司商議調兵，一個月還沒結果，叛賊毫無畏懼之心。請求仍然任命大臣總督為好。”
明憲宗成化五年，公元1469年，韓雍出任兩廣總督，駐地設在廣西梧州，同時撤銷兩廣巡撫。之所以選梧州為駐地，是因為梧州地處廣西腹地與珠三角的接壤地帶，是廣西對外的東大門，方便軍隊調動和物質運輸。
吳桂芳，抗倭名將，首開將兩廣總督駐地從梧州遷往肇慶的先河
兩廣總督在梧州駐的時間可不短，長達百年。明世宗嘉靖四十三年，也就是1564年，經提督兩廣軍務吳桂芳奏請，兩廣總督駐地才從梧州遷到肇慶。“以開府梧州，惠、潮山海寇時發，相去二千里，文榜往來徵調為難，乃徙於肇慶。”也就是說廣東也開始不太平了，為了對付惠州、潮州的山匪海寇，通訊、調動軍隊的便利，所以把總督府遷往了肇慶。
熊文燦，與他的前輩相比，他不擅長指揮打仗，而是更擅長招安。因為招安了大海盜鄭芝龍，而平定了沿海匪患
就這樣，當廣西少數民族暴亂劇烈的時候，兩廣總督駐地就是在廣西梧州；當廣東沿海地區海盜和倭寇猖獗的時候，兩廣總督就遷往廣東肇慶。崇禎五年，公元1632年，時任兩廣總督熊文燦第一次把總督衙門搬到了廣州。目的是為了打擊活躍在廣州海域的海盜。不過四年後，隨著廣州海域肅清，總督衙門就又搬回了肇慶。
三個兩廣總督駐地其實是緊挨著的，這是梧州近山，廣州臨海，肇慶則取其中
一直到了嘉靖四十三年後，兩廣總督才多了管民政的權力，但只能管廣東，廣西自設巡撫。清朝接盤後，對兩廣總督的設置基本沒做大的改動。順治四年，公元1647年，清朝設兩廣總督，駐地依然在肇慶。乾隆十一年，公元1746年，兩廣總督衙門才正式遷到廣州。
這次搬遷就不完全是因為軍務的原因了。一方面廣州地處海濱，更方便辦理“夷務”（依然帶有軍事性質），另一方面則是因為明朝的兩廣總督更像是臨時派駐機構，住在中小城市都是沒關係的。而清朝的兩廣總督作為封疆大吏已固定下來，把行政首腦放在本區域的最大城市才是最合適的。
海軍史研究會員
應該同洋船能進廣州便於收取關稅有關。
