對於慈禧及載漪集團為一己私利而大行廢立、“撫團滅洋”的政策，以東南督撫為主的漢族勢力集團始終反對，但他們無法扭轉乾坤。面臨亡國滅種之危局，漢族集團空前團結，以保國為宗旨，與列強達成局部和平約款，是為“東南互保”。期間維新派、保皇派、革命派與東南督撫等趨新勢力分合交錯，動作不斷，抗清排滿意識凸顯。庚子國變後，晚清政治的狀貌已經大不相同，滿漢矛盾亦進入新階段。
義和團初起，與把持中央權力的滿洲貴族頑固派集團不同，漢族開明官僚，如兩廣總督李鴻章、兩江總督劉坤一，山東巡撫袁世凱等，都主張堅決鎮壓。
1899 年，義和團在山東興起時，清廷先剿後撫，說明頑固派在中央已經逐漸佔了上風，其後地方上拳民最盛的也多屬旗人督撫。袁世凱是最早向清廷提出異議的地方大吏，他對山東境內的義和團嚴懲不怠，迅速控制了局勢。1900 年 5 月 19 日，他在《遵旨籌議官練私團事不可行據實復陳折》中說: 義和拳……與白蓮教同出一源，……其充總辦、統領者，皆險鶩教師。充前敵、催陣者，皆兇橫匪類……是宜嚴禁預防，未可權宜遷就。 5 月 31 日，張之洞電奏請剿，但未被採納。6 月 15 日，江督劉坤一、鄂督張之洞合詞瀝陳，“擬懇明降諭旨，定計主剿。先剿後撫，兵威既加，脅從乃散，或可轉危為安。即此了結，將來商辦善後，已屬不易。若一方宣撫，一面拳匪仍痛殺教民，各國斷難忍耐。……從來邪術不能禦敵，亂民不能保國。外兵深入橫行，各省會匪四起，大局潰亂，悔不可追”。
清廷從 16 日到 19 日連續召開四次御前會議，討論戰和問題，主戰派與主和派進行了激烈辯論。雖然朝廷收到劉、張電奏，京中袁昶、許景澄等主和派官員也強烈反對，但最終無法改變慈禧的決心。6 月 19 日，清廷正式決定“向各國開戰”，給北京義和團發放粳米二萬石、銀十萬兩，並下令攻打使館區。得此消息，劉坤一、張之洞認為大禍臨頭，但還想作最後努力。6 月 20 日，張之洞、李秉衡、劉坤一、鹿傳霖、王之春等督撫聯合上奏，指出義和拳是“邪教、亂民、土匪、劫盜”，“即不與各國開釁，亦應痛剿，況無故戕害洋人、洋房，殺日本參贊，今海口已被佔奪，都城佈滿洋兵，增兵增艦日來日多，禍在眉睫，直不忍言。從古無國內亂民橫行慘殺而可以治國者，亦未聞一國無故與六七強國一同開釁而可以自全者。……宗社安危所關，間不容髮，再過數日，大局決裂，悔無及矣”。他們認為“剿內匪即所以阻洋兵”，希望避免與各國開戰，要求朝廷停止“撫團滅洋”的政策。很顯然，慈禧等為公報私仇不惜江山社稷，而以東南督撫為代表的漢人開明派重在保國保種，雙方存在嚴重政見分歧，此亦後來東南互保之根源所在。
東南督撫的集體反對未能阻止直隸地區形勢日趨惡化，但清廷也不可能視而不見。同日劉坤一、張之洞通過袁世凱收到了朝廷的一道密旨：
近日京城內外，拳民仇教，與洋人為敵，教堂教民連日焚殺，蔓延太甚，剿撫兩難。洋兵麇聚津沽，中外釁端已成，將來如何收拾，殊難逆料。各省督撫，受國厚恩，誼同休慼，事局至此，當無不竭力圖報者。應各就本省情形，通盤籌畫於選將，練兵，籌餉三大端。如何保守疆土，不使外人逞志，如何接濟京師，不使朝廷坐困；事事均求實際。沿江沿海各省，彼族覬覦已久，尤關緊要。若再遲疑觀望，坐誤事機，必至國勢日蹙，大局何堪設想？是在各督撫互相勸勉，聯絡一氣，共挽危局。時勢緊迫，企盼之至。
該密旨不僅與歷來上諭再再告誡一切必須聽命於朝廷大相徑庭，而且似乎在鼓勵地方大膽放手、自籌生計。見過密旨的英國代總領事霍必瀾在 6 月 29 日的一封電報裡講：“總督(劉坤一)通過山東巡撫收到了 6 月 20 日一道密旨，……措辭非常奇怪，中國人認為它是一個垂死政府的遺命，……上諭的詞句實際上是給予各總督以絕對的權力。……李鴻章收到了榮祿 6 月 21 日的信，告訴他對北京的諭旨不必繼續予以重視，李鴻章同長江各總督一起已同意不再承認北京政府”。 電報最後講：“我認為端王在 6月 21 日前後可能篡奪了朝廷的權力，據說榮祿正企圖同漢族總督們合作並反對端王”。許多人認為，這道措辭奇怪的密電，乃主和的朝中大佬榮祿、王文韶趁機合擬，字字推敲，暗藏玄機，以便為東南督撫共謀互保提供政策依據。京師拳匪蔓延，剿撫兩難，而外省並無此種難處，所謂“應各就本省情形，通盤籌劃”，即是暗示不必以朝廷的舉措為準。而“保守疆土不使外人侵佔”，刊在“接濟京師，不使朝廷坐困”之前，亦明明指出重輕急緩所在。至於“事事均求實際”六字，更有深意，意思是隻要於國家實際有益，不僅不為遙制，甚至不必重視上諭中的宣言。這是針對即將明發的宣戰詔書，預先作一伏筆。
實際上，在義和團高漲的相當長時期內，清廷對於義和團的態度也是搖擺不定、模稜兩可。不同日期的上諭，甚至同一天發出的不同上諭，在邏輯上及實際行動上常有自相矛盾之處。譬如，對於拳民既剿又撫，對於列強時軟時硬，對於外國使館既攻打又保護等。這首先反映了慈禧本人首鼠兩端、進退失據的心態，同時表明清廷中樞內部主戰派和主和派的衝突，並與時局變化、東南督撫及列強反應等息息相關。對於這些變化不定的諭旨，執行者必然會根據自身的立場和利益加以選擇，職是之故，以滿人為主的守舊派和以漢人為主的改革派都可以自相選擇、各行其是，於是出現了庚子年南北之間督撫行動的尖銳矛盾。
清廷戰意已決，整個中國即將陷入瘋狂和戰亂之中。面臨“千古未有之局，必為千古未有之法”。戊戌政變以來，滿洲親貴頑固集團為洩私憤、謀私利，不惜將國家民族引向滅亡的邊緣，在漢族士紳們看來，已經喪心病狂。在此情狀下，東南士紳始相聯絡一謀對策，以“保境安民”為主旨，是為“東南互保”。它是特殊時期下的特殊產物，是開明派督撫、東南上層紳商和西方列強出於各自利益相互妥協的產物，具有明顯的抗清意識。
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