教父哲學是中世紀哲學自身的開端。公元529年，查士丁尼下令查封雅典的學校，標誌著希臘哲學的終結。基督教紀元的最初數百年即標誌著羅馬帝國和希臘哲學的衰亡，也是新基督教作為一種教義和制度建立起來的時間。在這個時代，基督教凌駕於一切之上，統治著西歐的知識分子。
最早的基督教團體在類型上非常多樣化，通常分為非猶太教一類和主要趨向猶太教一類，聖徒保羅在他的著作《希伯來書》、《約翰福音書》中，將希臘的基督教區分於盛行於古代世界的異教和猶太教，並在書中體現出教父哲學的兩個特徵：首先上帝的化身和唯一的兒子耶穌基督的昇天，其次，用在希臘世界占主導地位的哲學概念來解釋基督這個人。
聖保羅在結合哲學思辨與基督教教義以後，對耶穌基督的理解具有了明確的形式，包括晚期的三位一體的教義和基督的人性和神性結合的萌芽。
三位一體教義是整個西方基督教神學的最終基礎。在三位一體教義被確定為基礎之前，存在著相對多的神學爭論。這些爭論是用了柏拉圖主義和基督教的哲學推理。早期的基督教思想也包含了斯多葛學派和亞里士多德主義的成分，但大部分還是新柏拉圖主義。基督教的部分在吸收希臘哲學時失去了其獨有的特徵。
著名的尼西亞會議上，主教們拒絕了新柏拉圖主義，因為新柏拉圖主義在解釋基督教概念時，將基督描述為神子，同時他又是上帝的真正化身。而在新柏拉圖主義中，羅格斯等同於基督，基督就成為了次要的神，介於超驗的上帝和可感知事物的世界之間。尼西亞會議確立了基督教徒將要遵守的信仰的意義，主教們遵從自己理解的《聖經》而不是基於哲學的或者神學的思辨。在會議進程中，崇尚哲學或者神學思辨的主教被罷免。
在尼西亞會議結束以後，亞歷山大城主教區的主教，為尼西亞定義增加了聖靈這一概念，從而完善了三位一體的定義。並使得這一定義成為一個真正的哲學學說的出發點。為真正的基督教
哲學的表述奠定了基礎。
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