教父哲学是中世纪哲学自身的开端。公元529年，查士丁尼下令查封雅典的学校，标志着希腊哲学的终结。基督教纪元的最初数百年即标志着罗马帝国和希腊哲学的衰亡，也是新基督教作为一种教义和制度建立起来的时间。在这个时代，基督教凌驾于一切之上，统治着西欧的知识分子。
最早的基督教团体在类型上非常多样化，通常分为非犹太教一类和主要趋向犹太教一类，圣徒保罗在他的著作《希伯来书》、《约翰福音书》中，将希腊的基督教区分于盛行于古代世界的异教和犹太教，并在书中体现出教父哲学的两个特征：首先上帝的化身和唯一的儿子耶稣基督的升天，其次，用在希腊世界占主导地位的哲学概念来解释基督这个人。
圣保罗在结合哲学思辨与基督教教义以后，对耶稣基督的理解具有了明确的形式，包括晚期的三位一体的教义和基督的人性和神性结合的萌芽。
三位一体教义是整个西方基督教神学的最终基础。在三位一体教义被确定为基础之前，存在着相对多的神学争论。这些争论是用了柏拉图主义和基督教的哲学推理。早期的基督教思想也包含了斯多葛学派和亚里士多德主义的成分，但大部分还是新柏拉图主义。基督教的部分在吸收希腊哲学时失去了其独有的特征。
著名的尼西亚会议上，主教们拒绝了新柏拉图主义，因为新柏拉图主义在解释基督教概念时，将基督描述为神子，同时他又是上帝的真正化身。而在新柏拉图主义中，罗格斯等同于基督，基督就成为了次要的神，介于超验的上帝和可感知事物的世界之间。尼西亚会议确立了基督教徒将要遵守的信仰的意义，主教们遵从自己理解的《圣经》而不是基于哲学的或者神学的思辨。在会议进程中，崇尚哲学或者神学思辨的主教被罢免。
在尼西亚会议结束以后，亚历山大城主教区的主教，为尼西亚定义增加了圣灵这一概念，从而完善了三位一体的定义。并使得这一定义成为一个真正的哲学学说的出发点。为真正的基督教
哲学的表述奠定了基础。
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