很多南京城後方的將領沒有接到撤退命令，全力阻攔接到命令撤下來的部隊，雙方還爆發了激烈槍戰。此後南京陷入極度混 亂的局面，軍民爭相奪路，自相踐踏。在這次大撤退中，中國軍 隊損失慘重，場面慘不忍睹，甚至剛從激戰中退下來的謝承瑞少 將沒有死在日本人的槍下，卻被自己人踩踏身亡。
中日軍隊激戰正酣，而作為南京衛戍司令長官的唐生智卻無心死守南京， 日夜苦盼援軍到來。12 月 11 日晚，蔣介石突然致電唐生智：“如情勢不能久 持時，可相機撤退，以圖整理而期反攻。”接到蔣的指示，唐生智連夜與羅卓 英、劉興兩位副司令長官及參謀長周斕研究，決定準備撤退，並於 12 日晨召 集參謀人員倉促制訂撤退計劃。
侵入南京郊區的日軍坦克部隊
此時，日軍已從城牆缺口處潮水般湧入城內，成百上千的中國士兵在無人指揮的情況下從容抵抗，直至戰死。至 12 日 16 時，中華門、光華門、中 山門皆被日軍攻破，激烈的槍炮聲在各街巷此起彼伏。南京城已無法固守，唐生智開始實施倉促制訂的撤退計劃。在下達撤退命令後，他將撤退重任委託給助手，自己率先撤出戰場。
12 月 12 日，在南京中華門外準備發起總攻的日軍先頭部隊
由於撤退計劃部署不周全，撤退行動出現大面積混亂現象。唐生智撤走後，南京軍民陷入空前的無組織狀態。抗戰史上最恥辱的一幕開始了。 通往下關碼頭的道路擠滿了爭相逃命的軍民。人們相互推擠、踐踏，如同熱鍋上的螞蟻般到處亂竄，而江邊卻看不到一隻船。 原來戰前唐生智為了表示破釜沉舟、背水一戰的決心，自斷退路，讓交通部長俞鵬飛將下關原有的兩艘大型渡輪撤走，並嚴令守衛浦口的第 1 軍和 守衛挹江門的第 36 師，制止從南京向長江北岸或由城內經挹江門撤往城外的 部隊和軍人，如不聽從可開槍射擊。
撤退命令下達後，挹江門守軍未能及時接到命令，仍在全力阻止前線部 隊的撤退，造成挹江門堵塞。從激戰中撤退下來的部隊混亂不堪，各自爭先 搶渡，就連謝承瑞少將也被自己人擠倒被踩身亡。據參加過南京保衛戰的國 民黨將領宋希濂後來回憶：“下關浦口間原有兩艘渡輪，每次可載七八百人， 往返一次約需時 45 分鐘。那時下午 5 時就天黑了，早晨要到 7 時才天亮，即 夜間有整整 14 個小時可以航行。如果衛戍司令長官部的運輸機關能確實掌握 這兩艘渡輪，則至少可以運送 3 萬人過江，然而，他們卻讓這兩艘渡輪開往 漢口去了。留存在下關江邊的，只是幾艘小火輪和兩三百隻民船，要過江的 人太多，船隻卻太少，各部隊為搶船甚至發生槍戰。”
大部分官兵無船可乘，只好拆取門板製造木筏渡江，光附近大廟就拆了7 座。還有不少人抓著杉排、木板或樹枝，試圖遊過近 2 公里寬的長江。由 於正值寒冬，江水冰冷刺骨，許多士兵就這樣凍死在了江中。
南京市長兼警備司令蕭山令率憲兵部隊到達江邊，發現已經沒有可以渡 江的船隻，於是令所部自扎木筏渡江。至 13 日清晨，憲兵部隊因人多舟少， 大部分官兵仍未渡江。這時日軍第 6 師團尾追而來，向撤退的中國軍民開火。
蕭山令下令憲兵部隊就地阻擊日軍，以掩護其他軍民渡江。日軍沒有料到撤退的國軍會突然發起反擊，猝不及防，慌忙中只能後退。但沒過多久，在機槍 掩護下，日軍捲土重來，衝鋒猛烈。江邊空闊無所遮擋，憲兵部隊背水作戰， 艱苦異常，在激戰 5 個小時後，傷亡殆盡。面對蜂擁而來的大批日軍，蕭山令 振臂高呼：“殺身成仁，今日是也!”說完，便率領剩餘官兵挺著刺刀與日軍展 開肉搏，直至全部壯烈犧牲。蕭山令將軍寧死不屈，舉槍自盡，以身殉國。
蕭山令
蕭山令（1892–1937），字鐵儂，湖南省益陽縣人。 保 定 軍 校 第 六 期。1936 年 任 憲 兵 副 司 令， 南 京保衛戰時，任南京市市長兼南京警備司令。面對 日寇他大義凜然，舉槍自盡，以自己的義舉，實現 了“誓與南京共存亡”的諾言。他是國軍在南京保 衛戰中犧牲的最高級別將領，時年僅 45 歲。事後， 國 民 政 府 追 授 他 為 陸 軍 中 將。1984 年 和 1985 年， 國家民政部和省人民政府分別追認其為革命烈士。
滾滾長江，竟成了無數南京軍民的葬身之地。成千上萬的逃難者蜂擁到下關碼頭，發現到處都是一片混亂，只要有渡船一靠岸，立刻就有無數人爭先恐後 奪命而上，毫不理會撤退士兵的鳴槍示警。一時間，喊聲、哭聲、叫罵聲和落水 者的呼救聲響成一片。正在渡江的國軍官兵被尾追而至的日軍火力殺傷，還有不 少人死在自己人的槍下。滔滔長江上漂滿了士兵的屍體，鮮血染紅了江水。據 知情者後來說，下關一戰，中國軍民被日軍打死 3 萬多人，淹死 2.8 萬多人。
南京保衛戰歷時 8 天，以南京失陷而告終，中國軍隊傷亡 5 萬餘人，斃 傷日軍 1.2 萬餘人。據統計，此次戰役有十多名國軍將領陣亡，他們是蕭山 令、朱赤、高致嵩、易安華、羅策群、姚中英、司徒非、李蘭池、謝承瑞。
佔領南京後舉行入城儀式的侵華日軍
這些將軍的屍骸最終沒有一個能從南京城中運出，就此長眠於用生命捍衛過的土地上！ 國民政府在南京保衛戰的組織指揮上出現了重大錯誤，戰前未作周密部署，開始決心與南京城共存亡，後來又突然決定撤退。決定突圍時，又未擬 定周密的撤退計劃，獲知撤退信息的大批高級將領紛紛提前逃跑。不能不說， 守軍最高指揮者唐生智在安排撤退方面是懷有私心的，他安排一些部隊提前 撤退，直接導致守軍在撤退中不聽從指揮，陷入極度混亂的局面。從前線撤 下來的官兵們自相踐踏，損失慘重， 10 萬守軍大部分都未成功突圍，成為 5 萬日軍的俘虜。
12 月 13 日，日軍佔領南京，由此開始了連續六個星期慘絕人寰的南京 大屠殺，遇害的被解除武裝的戰俘以及平民達 30 多萬人。昔日繁華的六朝古 都，滿目瘡痍，屍橫遍野，成了一座人間活地獄。
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