明代皇城区位于南京城的东部，是以皇城与宫城为主体、以一系列建筑旨在突出皇权“神圣”为内容、以全国最高中央行署机构为大明王朝核心区域（只有“三法司”在太平门外），也是明初南京城的核心所在。
明南京皇宫规模宏大，布局严谨，成为后来兴建的北京皇宫的母版。明南京皇宫由内宫城和外皇城两部分组成，均坐北向南。⒈宫城宫城，又称大内、内宫，俗称紫禁城、紫垣，是朱元璋起居、办理朝政、接受中外使臣朝见以及皇室成员居住之地，位于南京四重城垣最里边一重，有御河环绕。元至正二十六年（1366年）受朱元璋之命，由精通堪舆术的刘基占卜后填湖而建，因而地势南高北低。宫城坐北朝南，平面略呈长方形，宫墙主体南北长约0.95公里，东西宽约0.75公里，周长约3.4公里。
在宫城墙体上，初期开有城门4座，洪武“十年改作大内午门，添两观。中三门，东、西为左右掖门”，故共建有6座城门：南面的正门为午门，在午门左右两侧为左掖门和右掖门，西门为西华门，东门为东华门，北门为玄武门。玄武门，俗称“厚载门”（即今误称的“后宰门”），取《易经》坤卦：“地势坤,君子以厚德载物”。
午门前，是传达圣旨及朝廷文告的地方，也是皇帝处罚大臣“廷杖”之地。据说，朱元璋时代的“廷杖”还算比较文明，受此惩罚的大臣不脱衣、裤，但受罚后，也需卧床数月，而后得愈。从午门入，有宫墙环绕，过内五龙桥，便是奉天门。奉天门左有东角门，右有西角门，门上都有楼阁。据说当年皇太孙被朱元璋立为皇储后，他的几个叔叔不服，皇太孙曾与太常寺卿黄子澄在东角门上商讨过对策。即位以后，建功立业文帝命黄子澄兼学士，在欲削藩王兵权之前，特意问黄：“先生忆昔东角门言乎？”黄回答：“不敢忘。”建文帝遂下决心削藩，引发了后来的“靖难之役”。东角门的南边有左顺门，可通文华门入宫城左路抵文华殿（太子讲学处则称“大本堂”，疑在文华殿一侧），亦可通东华门；西角门的南边有右顺门，可通武英门入宫城右路抵武英殿（明代中期，殿内曾供奉朱元璋和朱棣的画像），亦可通西华门。
在宫城的城门中，目前午门的墙体部分尚存，只是门上的五凤楼早已毁圮，仅留下石柱础；东华门基本保存完整，西华门已毁。公元2000年，有关单位在原址上因建楼挖基础，才发现了该门的遗址。
过奉天门就是皇宫最重要的三大殿建筑。奉天殿，是三大殿的主体，上盖琉璃金瓦，双檐重脊，雕梁画栋，朱漆描金雕花的门窗，在阳光下发出熠熠光芒，这就是人们通常所说的“金銮宝殿”。当然，这都是洪武十年以后的事了。它是朱元璋举行重大典礼和接受文武百官朝贺的地方。朱元璋“创业伊始，励精图治，在早朝之外还有午朝和晚朝，规定政府各部有一百八十五种事件必须面奏皇帝”。从这段记载，我们似乎可以想像当年这里政务繁忙的景象。
奉天殿旁左庑向西边的称文楼，右庑向东边的称武楼。奉天殿的后面是华盖殿，它像一座亭子，四面出檐，渗金圆顶，殿顶上还缀有硕大的金球一颗。殿旁东有中左门，西有中右门。每逢春节、冬至和朱元璋的生日，朱元璋都要在这里先行接受内阁大臣和宫廷执事人员的参拜，然后才去奉天殿接受百官的朝贺。再向后去就是谨身殿，规划仅次于金銮殿，也是一座双重飞檐的大殿。以奉天、华盖、谨身这三座宏伟的建筑为主，构成了宫城“前朝”的主体部分。
在“前朝”的后面，属于“六宫”（亦称“后宫”）范围。后宫南面正中的大门为乾清门，门外左右各有金狮一座，乾清门内为乾清宫大殿。宫殿左边有日精门，右边有月华日，殿的东西有斜廊，廊后左边有东暖阁，右边有西暖阁。乾清宫后面是省躬殿，制式如同华盖殿，略小一些。省躬殿后为坤宁宫，是皇后居住的地方。坤宁宫的东、西两侧，建有柔仪殿和春和殿两座别殿。后宫之制甚严，经朱元璋先后5次修订而成，宫人不仅不得出宫，甚至连书信也不得传出，违者杀无赦。
此外，宫城内还有祭奉朱元璋祖先的“奉先殿”；珍藏、修编经典书籍的“文渊阁”，位于奉天门之东；专门为“东宫亲王读书”而建造的“大本堂”；以及富丽堂皇的诸多宫廷建筑。如今，后宫一带保留下来的遗迹，只有当年后宫西北角御花园中的一座假山（部分石刻及构件，现已被搬移到太平门外白马公园内）。
宫城中还有一座不算太小的“动物园”，可是它却没有大象房。可能是大象体积、重量过大，不便安置的缘故，就将东南亚各国使臣及南方官吏进贡的大象，大多集中在南京聚宝门和通济门外一带，加以驯化（故南京外郭城门名有“大驯象门”、“小驯象门”之称谓）。洪武十九年（1386年）十二月，在南京城南的郊外“创置象房”。经过驯化后的大象，在需要时送进宫中进行表演。
早期的宫城建造比较简朴，从现今遗留的南京午门须弥座石刻和凤阳午门须弥座石刻进行比较后，可以明显看出。1375年（洪武八年）9月29日，“诏改建大内宫殿”。经过两年的时间，“改作大内宫殿成……制度皆如旧，而稍加增益，规模益宏壮矣”（《明太祖实录》卷一一五）。南京宫殿上的所有坊额、匾额，据称统一由詹希源手书。宫城城墙的城砖，早期由军工夫在应天府当地烧造，后来在改筑宫城时使用了一些其他地方烧造的城砖。
⒉皇城皇城，是护卫宫城最近的一道城垣，环绕宫城等距而建。永乐年间拓皇城西垣，致使西华门至西安门的距离，要比东华门至东安门的距离长一倍左右，平面呈倒凸字形。皇城与宫城以及所囊括的建筑，合称为“皇宫”。
在皇城城垣上共开筑城门7座：皇城的正南门是洪武门，位于京城正阳门（即民国时期改称的光华门）内北面。进洪武门后，为南北向的千步廊，两边建有连续的廊屋，由南而北，到承天门前的横街分别转向东西而成为曲尺形。千步廊后面两侧为“五部六府”中央官署的所在地。过了外五龙桥即是承天门（相当于北京天安门）。洪武二十五年（1392年），改建大内金水桥，在宫城南面正中的午门至皇城南面正中的承天门之间，建端门以及端门和承天门楼各五间，端门两旁的御道东西两侧，建有南北向的宫墙，把东面的太庙、西面的社稷坛隔在外头，使得这条御道更加森严，成为通向宫城的惟一交通线，因而承天门虽是建在皇城的正南，实际上成为进入宫城的正南第一道门。承天门前南北走向的皇墙上，建有衔接长安街东、西相向的长安左门和长安右门；在皇城主城的东面为东安门，西面为西安门，北面为北安门。
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