水藻的種類
(1)硅藻(diatom)是一類細胞壁硅化並形成套合殼瓣結構的單細胞藻類，在分類學上屬於硅藻門(Bacillariophyta)，約有 300 個屬，11200 多種。大小為 3.5 微米到 4 毫米，一般直徑為 20-30 微米的硅藻最為常見。生長於淡水、海水、潮溼土表、岩石、樹皮、牆壁等處，可在固體表面滑行。它在各種水體中常能大量繁殖，一般在春秋兩季出現高峰。繁殖以細胞分裂為主，可進行有性生殖和無性生殖兩種。在自然界中硅藻的繁殖很快，有的種類有時隔 4 小時就能繁殖一倍，甚至在幾天之內就能生成億萬個後代，在條件合適的水族箱中也有這種情況發生。
根據硅藻的生活方式，可分為底棲性硅藻和浮游性硅藻。在水族箱中常見的為底棲性硅藻，如：舟形藻(Navicula sp.)、闊舟形藻(Navicula latissima Gregory)、月形藻(Amphora sp.)、卵形藻(Cocconeis sp.)、東方彎杆藻(Achnanthes orientalis ustedt)等。
硅藻生長的最適光照強度為 2000—3000lux，該強度相當於 40 瓦的日光燈或晴天樹陰底下的光照強度，這也正是水族箱需要的正常光照強度，故水族箱中容易出現硅藻。其在水族箱建立後的最初階段便會出現在水族箱的內壁，繼而會覆在底砂、葉片、濾水器等箱內的佈景和設施上，也被稱為先鋒藻類。
(2)綠藻：
綠藻門(Chlorophyta)約 8600 種，分佈廣泛。絕大多數種類產於淡水，少數產於海水。綠藻門的藻類植物體有單細胞或群體的，也有多細胞的絲狀體或片狀體。色素體的形狀和數目也常隨種類而不同，所含的光合色素成分、含量以及同化產物均與高等植物相似。運動細胞多具有 2 條、4 條或多條等長、頂生的鞭毛。有各種各樣的繁殖方式，有些種類在生活史中有世代交替現象。
水族箱中綠藻種類很多，既有營附著或固著生活的底棲性藻類，又有營浮游生活的浮游性藻類。其中附著藻類呈現為絲狀、斑點狀和苔狀，常附著在水族箱的內壁或石頭、水草葉片、濾水器等佈景或設施上;浮游藻類則會使水體表現為黃綠色或草綠色。水族箱中常見的種類如植物體為單細胞的小球藻屬(Chlorella)，群體的柵藻屬(Scenedesmus)，多細胞成絲狀的水綿屬(Spirogyra)和剛毛藻屬(Cladophora)等。當光照強度大於 4000 lux 時，尤其在 1 萬 lux 以上，綠藻將會大量繁殖。綠藻的生長條件類似於水草的生長條件，一般此類藻的出現常說明該水體的水質良好。但當水體呈現為深綠色時則表明藻體老化，需及時採取措施。
(3)紅藻：
紅藻門(Rhodophyta)植物約有 558 屬，3700 多種。其中約有 200 種生於淡水中，其餘均為海產。植物體多為絲狀體、葉狀體或枝狀體，少數為單細胞，有些為群體。色素體 1 枚，呈星芒狀、帶狀、扭帶狀或雙凸狀等。除了含葉綠素 a 和 b、胡蘿蔔素和葉黃素外，還含有藻紅素和藻藍素。一般以藻紅素佔優勢，故藻體呈紅色或紫紅色。繁殖方式分有性和無性兩種，在生活史中有的無世代交替現象;有的則有明顯的世代交替。
紅藻是水族箱中最難清理，最具破壞力的藻類。這些藻類會在水族箱的內壁或底砂、沉木、水草的根、莖、葉等處滋生。表現為須狀、刷狀或絲狀，常見的有美芒藻屬(Compsopogon sp.)的須狀藻(Bartalgen)和旋毛藻屬(Audouinella)的刷狀藻(Pinselalgen)等。
(4)藍藻：
藍藻(BGA, bluegreen algae)是原核生物，也稱藍綠藻或藍綠菌(cyanobacteria)。由於藍藻黏滑的外表特性，它們也被叫作薄膜藻類。藍藻是一類藻類的統稱，其標誌便是單細胞、無細胞核。在所有藻類生物中，藍藻是最簡單、最原始的一種。現在已知藍藻約 2000 種，分佈十分廣泛，遍及世界各地，但大多數(約 85%)淡水產。
藍藻的繁殖方式有兩類，一為營養繁殖，包括細胞直接分裂(即裂殖)、群體破裂和絲狀體產生藻殖段等幾種方法，另一種為無性生殖，通過產生內、外孢子進行繁殖。目前尚未發現藍藻有真正的有性生殖。
水族箱中藍藻呈固著生長，藍綠色粘膜狀，帶有明顯難聞氣味，能分泌有毒物質，是一種危險的藻類(如銅綠微囊藻 icrocystis aeruginosa)。藍藻會在水族箱水生態系統未穩定前侵入，由箱底開始生長，發展到最後其粘滑的皮狀層會覆蓋整個底砂、沉木、水草根部等處。
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