沙漠，不適合人類生存，尤其是數萬盡失糧秣，倉皇逃命的人。順理成章的，林丹汗所剩的部眾開始“殺人易食”，悽慘之狀，無以復加。一些部眾忍受不了這樣的苦楚，紛紛東歸投奔後金，1633年4月，兩翼大總官塔什海、虎魯克寨桑投降後金。6月，巴達西寨桑等5個頭目, 率千餘戶投降。圖謀恢復是以後的事情，現在必須解決吃飯問題。自己沒有，就只能去搶。
1633年，林丹汗五次攻掠明邊，1634年，更是連續在3、4、5月出兵，閏八月甚至和洪承疇交手。這沒有什麼政治意圖，目的只有一個：糧食。這時的林丹汗，幾乎又回到了剛剛繼位時“窮餓之虜”的起點上，人生的循環，就是如此殘酷。跌落到命運的谷底，或者徹底沉淪，或者再繼續拼搏下去。林丹汗選擇了後者，他不甘心就這樣宣佈自己的失敗。
1634年，經過多方聯絡，統治西藏的藏巴汗、遊牧青海的綽克圖臺吉以及控制康區的白利土司與林丹汗結成了“反黃教聯盟”。既然黃教的活佛和僧侶們已經視我為敵人，那就決裂的徹底一些吧。黃教不是庇佑後金嗎？那我就反黃教。聯盟成立之後，獲得了物資補充的林丹汗，向青海轉移，那裡，可以建立根據地，東山再起。命運出現了轉機，但這轉機卻更像是一次無情的嘲弄——1634年夏秋，林丹汗因天花病死於甘肅大草灘。
他只有43歲，如果不是突如其來的瘟疫，他應該還有很多時間。他失去了重振旗鼓的可能，但也避免了親眼看到自己滅亡的可能，如果當他面臨崇禎皇帝所面臨的最後選擇時，他會如何去做？歷史沒有答案了。林丹汗的死，使蒙古的抗金陣營失去了最後一面旗幟，林丹汗身邊最忠心的部眾也開始星散，成群結隊的人降於後金，僅是年十一月，便有五千戶二萬餘人。那尊被林丹汗視為護法神像的嘛哈噶喇金佛也被人送到後金，在皇太極看來，它的載歸，昭示著蒙古國運的終結。
林丹汗的兒子額哲與母親蘇泰帶著最後數千部眾困守在大漠，父親、丈夫不在了，他們不知道自己該怎麼辦。漠北喀爾喀車臣汗遣使額哲，希望他移帳漠北：“我等與爾汗原系同宗，滿洲豈爾等之主耶？即宜來歸，勿再遲延”。汗廷末路，有人便想做曹操了。留下來必然被後金消滅，而北上就會成為傀儡，額哲母子權衡猶豫，彷徨無計。
而皇太極卻不會給他們權衡的時間，1635年2月，後金以多爾袞、嶽託、薩哈璘、豪格為統兵元帥，率精騎一萬遠征林丹汗餘部。4月28日，後金軍趁著大霧包圍了汗廷，派出蘇泰之弟南楚勸降。額哲母子見大勢已去，“遂歸降後金”。那塊世代相傳的傳國玉璽，終於落到了皇太極手中。
429年的蒙古帝國，至此終結。作為亡國之君的林丹汗，也“享受”到了應有的恥辱，自己的八個妻子，全部被皇太極及其兄弟、臣子瓜分。1636年三月，漠南蒙古十六部49個大小領主齊聚盛京瀋陽，承認皇太極為汗，並奉上“博格達徹辰汗”的尊號。同年，皇太極即皇帝位，改國號為“清”，改元崇德。林丹汗敗死，“建虜無復西顧憂，而東謀朝鮮矣”。而隨著朝鮮王國的歸附，在東亞清朝最後的要消滅的對手，就剩下大明王朝了。
清朝的皇帝們對於投降者，倒是從來不吝嗇懷柔之賞，額哲投降後被封為親王，“位冠四十九旗貝勒之上”，但是，其他首領是識時務的“俊傑”，自己是亡國之裔，被敵國冊封得如何顯赫，都難以排解委屈和抑鬱。 1661年，額哲死，其弟阿布奈襲親王爵位。阿布奈對於清朝甚為輕視，長達八年“不一朝請”，對於清朝公主為自己所生的兒子也不親自撫養，連皇帝賞賜禮物時，都“不親身一問”。這種無視皇權的行為，終於讓康熙皇帝不能容忍，1669年將他拘押於盛京瀋陽。同年9月，阿布奈長子布爾尼襲位，年方十六歲，比其父更輕視清朝皇帝，認為自己“即大元之後也，雖附於大國，由有帝號”。但他雖然年輕，卻很有頭腦，表面上對於對於清帝十分恭順，避免重蹈父親覆轍。
1673年12月，“三藩之亂”爆發，一時間海內喧騰，天下大亂。一直在暗中訓練兵馬的布爾尼與其弟羅布藏等原察哈爾貴族看到有機可趁，於1675年起兵反清。三藩在南，察哈爾在北，一個旗號“反清復明”，一個號召“光復大元”，康熙皇帝的鬱悶可想而知。三藩還遠，而察哈爾與帝國心臟北京近在咫尺，必須儘快解決。康熙迅速以信君王鄂扎為撫遠大將軍，大學士圖海為副將軍率軍鎮壓。
這時清朝精銳都南下平叛，京中空虛。圖海等挑選八旗家奴之中的勇健者數萬人組成軍隊，為了讓烏合之眾成為虎狼之師，鄂扎率軍每到一處便縱兵搶掠，以激勵士氣。到達察哈爾境內後，更說“察哈爾舊國，數百年之基業，珠寶不可勝計，如能得之，可富貴終身”。清軍人人踴躍，於4月20日在達祿與察哈爾軍交戰。
布爾尼原以為自己高舉大旗，蒙古各部都會望風而來，豈料各部歸順清朝40餘年，早已經“親如一家”，無人前來響應。孤立之下，率所部3000人與清軍交戰，寡不敵眾而敗，布爾尼兄弟逃走，不久便被追及殺死。康熙皇帝平定布爾尼之後，將拘押在盛京的阿布奈絞殺，察哈爾汗室所有男性成員都被處死。林丹汗的子孫，便在這場不成功的造反當中，被絕滅。
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