袁世凱
打進袁世凱的勢力圈
儘管吳祿貞在東北乾的風生水起，但不久之後還是接到了清政府回京的調令。
此時光緒帝和慈禧太后已撒手人寰，攝政王載灃幫自己的兒子溥儀，努力打理著風雨飄搖、搖搖欲墜的清政府。
載灃這個人能力遠低於手中的權力，但並不妨礙他整人，他首先將手中的權力之刃揮向了袁世凱。
其實這也怨不得載灃，此時的袁世凱確實太容易招致殺身之禍了，其一，北洋新軍，尾大不掉，除了袁世凱誰也指揮不動；其二，袁世凱曾出賣過光緒帝；其三，袁世凱時刻威脅著自己兒子的皇位，有他在一天，溥儀的皇位都多一天的危險，這點恐怕才是最致命的了。
載灃積極運作了一番，不僅沒能殺掉袁世凱，還被老袁牽著鼻子戲弄了一番，最後還是老袁自己以腳疾為由，提前辦了病退，回籍養病了，這是老袁玩的以退為進的高招。
在載灃與袁世凱博弈時，注重挖掘人才，此時的吳祿貞有著閃耀的金字招牌，自然逃不過載灃痴痴的雙眼。
一封簡單的人事調令，卻牽扯到了無數人的心，各方都聞風動了起來。
其中反應最快的就是吳祿貞的組織同盟會，孫中山和黃興都對此相當重視，李書城（中華人民共和國第一任農業部長）當時建議吳祿貞入京後，爭取儘快外放，以便更好的開展革命。
吳祿貞接受了組織建議，利用同盟會的革命款開始了四處活動，他賄賂了奕劻（後力主起復袁世凱），作為官帽批發公司總經理的奕劻，只管收錢，其餘皆不過問。雙方一個真送，一個真收，吳祿貞順利的謀得了駐紮在保定的新軍第六鎮統制之職，當然這其中另外一個重要原因是清政府當時想分化袁世凱的部隊。
處處掣肘的統制
北洋新軍六鎮是袁世凱的嫡親部隊，是袁氏的私軍，儘管此時老袁在河南老家 “散發天涯從此去，煙蓑雨笠一漁舟”，但非常不滿自己的部隊滲入沙子。對於第六鎮的老兵們來說，統制由自己人段祺瑞換成了外來戶吳祿貞，更是不滿，一開始就對吳祿貞充滿了敵視，或者被人授意敵視。
吳祿貞的工作開展步履維艱，每發一道軍令，在第六鎮中如泥牛入海，悄然無聲，對於這種非暴力不合作，吳祿貞深感頭疼，他決定以殺雞給猴看的方式，令六鎮折服。
這隻雞得大，得在軍中有一定的地位，如果僅僅是對付兵勇，那會適得其反。吳祿貞悄然觀察著，他瞄上了第六鎮協統（清新軍中每鎮有兩位協統，類似旅長，彙報對象是統制）周符麟，並扣動了扳機。
當時的周符麟已經55歲了，作為一箇舊時代的老軍痞，吳祿貞實在是看不慣此人身上的所作所為，於是乎以“煙癮甚重，行同盜賊”的緣由，上書想將其撤換。按照慣例，上司要開掉下屬，理應不是難事，但這件事情實屬慣例之外。當時的袁世凱只是在家釣魚，並非完全失勢，清政府對於袁世凱的態度還在猶豫中。
吳祿貞的請求被駁回了，看著下屬戲謔的態度，怒火立起，不僅寫信給陸軍部大臣蔭昌，指責其“只知作官，不盡職守，有負國家委任”，又到陸軍部大吵大鬧，這一哭二鬧三上吊的做法，行之有效，周符麟被免職了。
騰出了位置，就得有人接替，吳祿貞上書提議了一個人選，但被大清陸軍總部否定了，而是命吳洪昌來接替，這又是一個忠於袁世凱的北洋系軍官。這下吳祿貞可是把周符麟和吳鴻昌都得罪了，至此，新軍六鎮徹底與吳祿貞背道而馳了。
光桿司令吳祿貞心灰意冷了，儘管駐地是保定，但他終日混跡於京城煙花之地，聽著靡靡之音，每日爛醉，動輒就言第六鎮靠不住。
英雄重拾信心
令吳祿貞重拾英雄心的是武昌起義的消息，燃起革命的戰火又令他振作起來了。吳祿貞火速回到了保定第六鎮軍營，伴隨而來的是清廷的軍令：令第六鎮協統李純部（年富力強，吳祿貞當時不敢拿他開刀）南下鎮壓。吳祿貞再次上書，要求一起行動，但被清廷拒絕。此時的清廷已開始懷疑吳祿貞的身份，只是令他帶兵去鎮壓屯兵灤州的張紹曾的兵諫。
敵人的敵人就是朋友，吳祿貞見了張紹曾後按兵不動，秘密約見詳談。可惜二者的出發點不同，張紹增的目的是兵諫逼迫清政府實行立憲，而吳祿貞卻是要推翻清政府。耳聞了吳祿貞的宏圖大計，張紹增猶豫不決。
此時，山西閻錫山又高舉反抗清廷的大旗，清廷派吳祿貞率第六鎮去鎮壓。
至娘子關後，吳祿貞和閻錫山進行密約，共組燕晉聯軍，計劃在11月7日直搗黃龍，進軍北京，與南方革命軍呼應，徹底推翻清政府。為了麻痺清廷，在11月2日時，吳祿貞謊稱山西軍民願意接受招安。
為了保障革命的順利，吳祿貞以“消弭戰爭”為由在，石家莊扣留了北洋軍運往湖北的軍火。這次舉動令清廷嚴重懷疑了吳祿貞的立場。
受制於吳祿貞是北洋軍第六鎮統制的身份，清廷暫未直接將其撤換，只是加封他為山西巡撫，明面上令他密切注意閻錫山的動向，實際上是清廷用的一石二鳥之計，目的是讓吳、閻二人相互攻擊，進而坐收漁翁之利。
英雄被刺身亡
此時的吳祿貞已經興奮的難以自已，覺得自己要槍有槍，要糧有糧，整軍待發後將親手埋葬這延續了260多年的滿人朝廷。腎上腺的過度分泌，讓他忽略了一件事情，那就是他依舊完全沒有掌控第六鎮，光桿司令的身份並沒有改變，這也為他最終的殞命埋下了伏筆。
11月6日晚，吳祿貞在石家莊駐地召開了第六鎮中層會議，非常隱晦的提出了革命意圖，同時他向諸位許諾要在明日一早犒賞三軍，這其中吳祿貞也留了心眼，他計劃在犒賞三軍時，向底層士兵灌輸革命思想，闡述民族大義，打動了士兵，就不怕有些首鼠兩端的中層軍官搞破壞了。這真是一個及其天真而幼稚的想法。
在坐的第六鎮軍官都是老軍痞，瞬間就看破吳祿貞的意圖，這種軍令是他們萬萬不能執行的，必須要搶先動手。
11月7日凌晨，吳祿貞還在為第二天的事情忙碌著，這時吳的親衛隊長馬步周進入其辦公室後，突然開槍，將吳祿貞殺害，並且殘忍的割下了頭顱，再利用槍聲製造混亂，脫身攜吳祿貞頭顱向袁世凱請功。
燕晉聯軍大都督吳祿貞享年31歲。
吳祿貞慕
數日後，段祺瑞率軍來到石家莊收容第六鎮殘兵，混亂局勢才告穩定。吳祿貞的遇刺身亡，迫使其盟友閻錫山的晉軍退回娘子關，北京城清政府轉危為安。11月13日，袁世凱途徑石家莊安然入京，開始最輝煌的一段歷程。
許多年後，孔庚在悼憶吳祿貞時說：“(吳)是個雄才大略、辯才無礙的人，尤其是識見過人，熱心愛國。假使他這次(燕晉聯軍)的事能成功，袁世凱當時決不能存在；北洋派也不至禍國十餘年；民國成立，必另有一番氣象。”儘管後人討論到底是誰指派馬步周刺殺了吳祿貞，分析來去，吳祿貞的身亡，獲利最大的無疑是袁世凱；另外袁世凱指派人刺殺吳祿貞的條件也是最為便利的，況且，翻開史書，經袁世凱指派刺殺的志士可不在少數，他是有這個傳統的。
民國成立後，孫中山特頒第一號撫卹令，諡吳祿貞為大將軍，於1912年3月14日在上海張園召開吳祿貞追悼會，親筆寫下悼詞“蓋世之傑”以緬懷這位壯志未酬的青年才俊。孫中山在祭文中寫道：“代有偉人，振我漢聲。觥觥吳公，蓋世之傑，雄圖不展，捐軀殉國……”。
孫中山悼文
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