流感病毒入侵人體，需要突破呼吸道的防禦屏障，比如打噴嚏、呼吸道粘膜分泌的粘液。一旦病毒接觸到呼吸道細胞，就開始破壞這些上皮細胞產生空泡，細胞將快速壞死釋放出病毒複製出的子代病毒，繼續下一波傳染過程。
這時候，呼吸道粘膜上保護細胞的粘液就變稀了。這就是為什麼會流清鼻涕的原因。這時機體的免疫能力下降，而稀釋的粘液進入呼吸道的深處，會引發更嚴重的感染。
這時，發燒和咳嗽比較普遍，這兩種症狀都不是病症，而是流感病毒感染的適應症。發燒是提高免疫細胞的活性，咳嗽是將病毒排出體外的機制。如果錯誤的用了抑制咳嗽的藥，比如甘草類，咳嗽的肌肉被麻痺，咳嗽被止住。病毒也就不能被及時排出。因此，將導致感染的加重，甚至感染下行。
只有劇烈的咳嗽，影響到睡眠，或者劇烈到損傷喉嚨，才開始考慮適度的抑制咳嗽。由於劇烈咳嗽往往伴隨細菌混合感染，所以也需要同時服用抗生素，防止感染加劇。
所以，咳嗽的時候首先考慮的是為什麼咳嗽，提醒自己咳嗽本身是一種防禦機制，多飲水，及時將汙染的分泌物清洗乾淨，使用保護粘膜的藥物，而不是止咳。
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