庚子之亂爆發後，袁世凱臨危授命赴山東擔任巡撫，處理山東義和團問題。袁世凱初到山東，面對慈禧和西方列強相悖的要求，他對拳民一方面要尊奉慈禧籠絡的要求，另一方面又不得不平息境內拳民與洋教的紛爭，以免進一步激化矛盾。在這種情況下，袁世凱經過慎重權衡採取了“明撫暗剿”的策略，成功將義和團勢力“逼”出了山東境內。
其實袁世凱在具體實施“明撫暗剿”策略時，也並不輕鬆。據載，為有效減少拳民對教堂、傳教士、教民的衝突，他命軍隊保護教堂和傳教士，並廣泛印製傳發《義和拳教門源流考》於民間鄉野，還令人編排詩歌哩曲等各處傳播，說明義和拳是白蓮教旁支，久列必遭禁止，勸導鄉民不能聽信拳民的邪說。同時，他還張貼布告，命令傳教士不可自由來往，非緊要事不得外出。如果必須外出，則應請求地方官派軍保護。就這樣，袁世凱憑著“處此內必剿而不能剿，反外而又不得不撫外的複雜形勢下，採取暗施壓力、明不言剿” 的策略，使義和拳運動竟然無法在山東活動，迫使他們轉向直隸發展。
袁世凱的這種做法，起初也遭到清廷主張招撫義和團大臣的反對，但慈禧併為立刻採取措施，很快義和團把事情鬧大之後，慈禧越發感覺袁世凱在山東處理義和團問題是相當富有“預見性”才幹的。而且袁世凱保護傳教士的行動，也使他得到外國列強的普遍好感。後在京師形勢急轉直下的情況下，袁世凱又加入到兩江總督劉坤一、湖廣總督張之洞、兩廣總督李鴻章等地方實力派，發起的“東南互保”行動，使處於較北方的山東，成為東南互保的重要組成部分，甚至一度成為“戰爭期間清政府與各省聯絡的中樞”，這在客觀上使原本低一格兒的袁世凱，一躍成為與劉坤一、張之洞、李鴻章等滿清老資格重臣的行列，為其日後崛起進一步奠定了基礎。
除了在對內對外大事上，袁世凱此刻處理得當，他還不忘討好西逃路上悽慘的主子——慈禧。袁世凱在慈禧出逃後，曾數次派人運送物資餉銀等接濟慈禧西行的隊伍。袁世凱首先上表說明“不敢輕棄地方、恨未能追隨警蹕”等情懷，然後就是全力解餉供應。先送去餉銀二十七萬一千兩，後來又陸續送去很多餉銀和生活所需物資，如“綢緞、米糧、食物、端午節膳貢，以及軍火物資等”，除了積極供應慈禧，他還支持北京的滿漢官兵，曾“提解東省京餉銀十五萬兩”。慈禧對袁世凱此時的表現應該是很滿意的，甚至把他看作是“從患難中奮翔而起”的兩大忠臣之一（另一個是以“庚子護駕”聞名的岑春煊）。
1901年11月7日，在北京收拾完爛攤子的李鴻章病逝，面對滿目瘡痍的大清國，他經過再三權衡，決定保奏袁世凱繼任直隸總督，慈禧面對北京局勢和滿清的局面順勢“以署山東巡撫袁世凱署直隸總督，兼任北洋大臣，電飭迅速赴任”。自此，袁世凱得以順理成章的繼任了李鴻章的衣缽（1902年6月實授），成為當時滿清最年輕、最有實力的重臣！
光緒二十七年十一月二十四日（1902年1月3日），慈禧迴鑾至保定府，這裡是其迴鑾京師的最後一站，也是新任直隸總督袁世凱的地盤。在此駐蹕期間，慈禧不僅親身視察了直隸境內的事務，還進一步瞭解了袁世凱在實踐中得出的新政思想，由此更加增添了她對袁世凱的賞識。袁世凱在滿清政府面臨內憂外患之際，緊緊抓住機遇，充分展現自己才能，最終成功崛起，只不過令慈禧想不到的是，袁世凱並不是滿清的救星，而恰恰相反，正式袁世凱最終終結了滿清的命運！（文/講史論教）
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