貞觀十三年（639年）
2月，下詔停宗室及功臣為世封刺史。
4月，太宗行幸九成宮。阿史那結社率因不受重用而生怨，與其黨羽四十餘人謀反，襲擊行宮，折衝孫武開等擊退之，阿史那結社率遂北逃，渡過渭水後被追斬。
8月，因阿史那結社率叛亂，朝官多言突厥留河南不便，太宗遂以阿史那思摩為乙彌泥孰俟利苾可汗，率突厥及諸胡在河南諸州者北還其舊部，使阿史那思摩建牙定襄，又以阿史那忠為左賢王，阿史那泥孰為右賢王，以治之。
12月，高昌與西突厥相結，屢次無禮於朝廷，太宗以侯君集為交河行軍大總管，薛萬均等為副總管討之。
西突厥咥利失可汗兵敗，逃亡而死，其部眾復立其弟子薄布特勒為乙毘沙缽羅葉護可汗。沙缽羅葉護可汗建牙於雖合水北，謂之南庭；乙毘咄陸可汗建牙於鏃曷山西，謂之北庭。
貞觀十四年（640）
1月，太宗行幸魏王李泰之第。
8月，侯君集等兵臨磧囗，高昌王麴文泰不意唐軍能至，憂懼發病死，其子麴智盛立。唐軍攻克田城，進圍高昌都城。西突厥援軍懼怕唐軍，以可汗浮圖城歸降，麴智盛窮蹙，遂開門投降唐軍。侯君集趁勝分兵略地，攻克二十二城，高昌國遂平。
9月，以高昌故地為西州、可汗浮圖城為庭州，各置屬縣。又在交河城置安西都護府，留兵鎮之。
貞觀十五年（641年）
1月，使江夏王李道宗持節送文成公主至吐蕃，與贊普棄宗弄贊和親，棄宗弄贊為文成公主築布達拉宮處之。文成公主改革吐蕃風俗，使其向中原學習先進文化。
突厥俟利苾可汗阿史那思摩始率部落渡河，在定襄城建牙。
7月，西突厥乙毘咄陸可汗擊敗沙缽羅葉護可汗，擒而殺之，統一其國。
11月，薛延陀真珠可汗聽聞太宗將要封禪泰山，以為邊境必虛，遂使其子大度設率諸部兵二十萬度漠南，進攻阿史那思摩。阿史那思摩不能御，率部落入長城，保朔州，派人向朝廷告急。太宗使營州都督張儉壓薛延陀東境；以李世績為朔州道行軍總管，出兵羽方；李大亮為靈州道行軍總管，出兵靈武；張士貴為慶州道行軍總管，出兵雲中；李襲譽為涼州道行軍總管出薛延陀西境，以討之。
12月，薛延陀大度設進逼長城，見李世績至而退兵，李世績率軍追擊，在諾真水大敗之。大度設率殘部逃至漠北後，又值大雪，幾乎全軍覆沒。
貞觀十六年（642年）
1月，魏王李泰召集文士所撰《括地誌》成，太宗從此對李泰更加寵愛，待遇甚至超過太子，朝臣多有所諫，然太子與魏王各結黨羽，矛盾已經激化，不可復解。
9月，西突厥乙毘咄陸可汗自恃其強，屢犯邊境，安西都護郭孝恪皆破之。乙毘咄陸可汗又吝嗇財貨，人心不附，其部落叛之，乙毘咄陸可汗遂走保白水胡城。西突厥諸部向朝廷派使者，請求廢黜乙毘咄陸可汗，另立新可汗，太宗於是立前可汗莫賀咄之子為乙毘射匱可汗。乙毘射匱可汗進攻白水胡城，乙毘咄陸可汗出城迎戰大敗之，遂趁勝召其舊部，其舊部皆不從，乃西奔吐火羅。
11月，高句麗發生政變，淵蓋蘇文殺國王高建武，立高藏為王，自為莫離支，專制國事。
貞觀十七年（643年）
1月，魏徵病死。
2月，使閻立本圖畫長孫無忌、趙郡王李孝恭、杜如晦、魏徵、房玄齡等二十四功臣於凌煙閣。
齊州都督齊王李祐與長史權萬紀相惡，殺之而反。
3月，使李世績發九州兵討齊王李祐。李世績尚未到達，齊王府兵曹杜行敏已經聚眾討亂，生擒李祐及其黨羽，李祐被送至長安後賜死，叛亂遂平。
4月，太子李承乾結黨漢王李元昌及侯君集等圖謀不軌，為紇幹承基告發，太宗遂廢太子為庶人，盡殺其黨羽。魏王李泰所行亦兇險，不能得太子之位，降爵為東萊郡王，其黨羽盡被流放。在長孫無忌等人的支持下，晉王李治最終被立為新的太子。
6月，改東萊王李泰為順陽王。
7月，太宗屢次提出觀閱起居注，房玄齡刪修成新國史書，上之。
9月，出庶人李承乾於黔州、順陽王李泰於均州。
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