知錯就改是父母從小就孜孜不倦教育著我們的道理，這部電影也用一種隱晦的方式告訴我們。電影一開始就是彼得和自己的夥伴們在草坪外面自由自在的奔跑，它們準備潛入進菜園去偷蔬菜。菜園子的主人是叫麥克雷戈的老頭，彼得的父親就是被他殺害的。彼得讓其它四個負責望風和放哨，它則進入菜園子裡面偷蔬菜。五隻兔子對這種事情早已經輕車熟路了，相互之間非常的默契。麥克雷戈在前院除草，除草機聲音很大，彼得毫無顧忌的偷著。
麥克雷戈除完草之後把除草機關了就聽見了菜園子裡的動靜，他馬上就意識到是彼得它們來偷蔬菜了，他拿起叉子就往菜園子裡面走。彼得小心的在菜園子裡面逃竄，小夥伴們也一直給彼得指方向。在彼得成功出逃的時候，它卻為了報復麥克雷戈，就用胡蘿蔔去捅他的屁股。最後被麥克雷戈給抓住了。就在大家都膽戰心驚的時候，鄰居貝伊出現從麥克雷戈的手上救回了彼得。貝伊一直很喜歡彼得它們，也非常照顧它們。在彼得心目中貝伊就如同母親一樣。貝伊是一個畫家，她的畫的不好，卻很擅長畫彼得它們。彼得每一次看到貝伊的畫都會想起自己過世的父親。
在大家打算回家的時候，彼得一個人潛入了菜園子裡，因為彼得發現自己父親留給自己的藍色外套丟在了菜園子裡面。彼得進入了菜園子裡，在撿回掉落在裡面的藍色外套時被早已在此等候多時的麥克雷戈抓住了。麥克雷戈抓住彼得的兩隻耳朵，兇狠的告訴彼得準備把它做成兔肉餡餅時，麥克雷戈突然倒地心臟病突發的猝死了。彼得先是興奮的在麥克雷戈身邊查看，發現他真的猝死了之後就開心得去告訴了所有的動物這個消息。彼得它們在麥克雷戈的家裡舉辦狂歡派對，並私自佔有這一片菜園子。在幾天的享樂之後，麥克雷戈的舅孫托馬斯來到了這裡，他打算買掉這裡的房子去城裡面開一家玩具店。托馬斯是晚上來到這裡的，卻發現了這裡一片狼藉，很生氣的大掃除。
彼得為了不失去菜園子，又和托馬斯展開了鬥爭。彼得它們又打算潛入菜園子中卻被托馬斯發現，彼得雖然幸運的逃脫了但是本傑明卻沒有那麼幸運的被抓住了，生氣的將本傑明扔進車裡，進入城裡。彼得和另外幾個小夥伴也偷偷摸摸的跟上了車。它們在路上趁托馬斯不注意，把被抓住的本傑明給救了出來。托馬斯進入了一家五金店，買了炸藥準備炸死彼得他們。在回去的時候托馬斯遇到了貝伊，托馬斯邀請貝伊坐自己的車一起回家，兩個人便一起回家，並且兩人也相互產生了好感，並迅速的墜入了愛河。
因為貝伊的緣故，托馬斯只能夠揹著貝伊去收拾彼得他們，因此彼得在與托馬斯的鬥爭中一直都處於上風。托馬斯在牆上安裝電網也沒有傷害到彼得他們，反而彼得他們用老鼠夾這些把托馬斯整得夠嗆。托馬斯在貝伊家裡面做客的時候，彼得也來了，兩個人在打鬥過程中把貝伊的畫給毀了，托馬斯誣陷給了彼得，貝伊生氣的把彼得給趕了出去。這個時候彼得才明白自己之所以這麼厭惡托馬斯還有一個原因就是他奪走了貝伊的愛。所以彼得又聯合他的小夥伴們變本加厲的去捉弄托馬斯。它們用彈弓去打托馬斯，還將他會過敏的黑莓射進了他的嘴裡。托馬斯終於忍無可忍，他拿出在五金店裡面買的炸藥，準備炸死彼得它們。兔子們在菜園子裡面逃竄。彼得不幸的被托馬斯給抓住了，就在托馬斯準備掐死彼得的時候，貝伊出現了，托馬斯撒謊說是彼得被噎住了在幫助它。貝伊相信了他，和托馬斯恩愛的往屋子裡面走。
托馬斯把炸藥的遙控器掉在了地上，彼得撿了起來。彼得不小心按下了炸藥的開關，把貝伊的家和自己的家都給炸燬了。貝伊難以置信的看著這一切，托馬斯跑出來說這一切都是彼得乾的，貝伊卻認為是托馬斯因為討厭彼得而撒的謊，所以一氣之下和托馬斯分了手。彼得看到自己的目的也達成了，但是彼得卻開心不起來。它對貝伊很愧疚。之後彼得去了它爸媽的畫像懺悔，得到父母的指點，告訴它其實還是可以去和別人一起去分享貝伊的愛。彼得在醒悟之後，它準備了道歉信去向貝伊道歉，卻發現貝伊準備離開這裡了。所以彼得打算去找托馬斯，希望他可以來挽留貝伊。它的姐姐們都和它頭靠頭的鼓勵它，本傑明卻生氣的指責彼得做得太過火了，並離開了。彼得準備進入城裡，跳上火車的時候，傳來了本傑明的呼喊，本傑明原諒了彼得並和彼得一起進城去找托馬斯。在城裡面它們詢問了非常多的動物，終於見到托馬斯。但是托馬斯卻不願意理彼得它們。托馬斯逃進了一個小房間裡面，彼得盡心盡力的勸說，托馬斯原諒了彼得並決定去挽回貝伊。與此同時貝伊已經打包好了行李準備離開了，卻被一隻鹿給攔了下來，它也捨不得貝伊離開。
托馬斯和彼得它們趕了回來，托馬斯向貝伊解釋，貝伊卻還是不原諒托馬斯誣陷彼得的行為。彼得它主動的去和貝伊頭靠頭的感應了一下，貝伊才相信託馬斯。
最後托馬斯和貝伊開了一家玩具店，大家都幸福的生活在了一起。
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