公費醫療，是我國為國家工作人員、國有單位職工設立的社會保障待遇，它的資金來源於財政撥款，結算方法實行實報實銷，或者在扣除個人承擔的比例部分之外，（一般綜合費用的10%自費）由國家機關或者國有單位會計部門實報實銷。
醫療保險待遇，是通過社會醫保、新農保、養老、工傷、失業、生育保險等渠道籌集資金，由人社局委託的經辦單位，按政策發放。
公費醫療與醫療保險的相同點，有兩點：
1.都是保證社會成員的健康保證措施；
2.都是按一定百分比，由個人承擔少量醫療綜合費用；
公費醫療與醫療保險的不同點有五點：
1.資金來源不同，公費醫療由國家財政撥款，而醫療保險由社會保險、新農村合作醫療保險的資金來源是通過金融商業途徑向社會募集。
2.性質不同，公費醫療是針對國家工作人員設立的社會保證待遇；醫療保險是一種體現社會互助的商業措施。
3.支付的單位不同，公費醫療向生病的國家工作人員所在單位會計部門報銷，而醫療保險向人社委託的經辦機構報銷。前者國有單位的會計主管單位與生病國家工作人員之間的關係是管理被管理的行政依附關係，後者人社局指定的醫保經辦單位與醫療保險人員是平等的主體之間的商業關係。
4.在程序上，公費醫療報銷實行會計部門核准程序，而醫療保險其經辦單位與保險人、投保人、受益人是談判協商機制。
5.報銷程序支付標準不同，公費醫療先實行100%實報實銷，後實行在扣除10%由個人承擔之外，其餘部分，實行實報實銷。而通過社會保險途徑建立起來的大病醫療保險，按照保險的病種和投保的金額和時間，支付一定數額的醫療補助金，與時下當次治病實際所發生的單項或綜合醫療費用沒有關係；而通過新農合途徑確立基本醫療保險，是按病種在一個總的限額內支付，不僅與單項或綜合治療費用不掛鉤，而且單項藥品醫材的價格根本就與實報實銷無關，與投保金額大小，投保時間長短一概不發生關係。
公費醫療之所以實報實銷，因為這是國家給予國家工作人員、國有企業職工的一中福利待遇，它是附著在工資之上的，由全體國家機關工作人員，國有企業職工按病共享的福利。
社會保險中的大病保險，與新農村合作醫療基本保險之所以不實行實報實銷，是因為無論大病保險還是基本醫療保險的保險基金，都是通過金融商業活動籌集起來的，能支付給投保人、被保險人、受益人的醫療補助金額，是通過商業測算確定的。它沒有國家財政作後盾，它必須受保險基金池的大小和不同時期的資金流通情況所制約。
社會保險中的大病保險支付的醫療補助金的金額之所以與新農合基本醫療保險的限額支付不同，是因為制度模式設計不同，大病保險所投保人選定的“大病”為標準，計算公式是按照投保的大病病種，將每月投保金額x月數，支付相應定額的醫療補助金；新農村合作合作保險保險的對象是基本醫療項目，即以常見病的發病為保險對象，這些病治療難易程度不同，花費多少也不同，所以只能確定一個支付限額而不是像大病醫療保險那樣繁瑣。
綜上所述，國家機關、國有企業事業單位的公費醫療報銷，是行政報銷、依規定實報實銷，而醫療保險報銷是商業報銷，是按照商業測算，商業規劃對醫療保險補助金實行按限額支付。在公費醫療報銷過程中弄虛作假，虛抬藥品或醫材價格，可以達到騙保目的。而在大病保險和基本醫療保險中，由於報銷的限額標準與時下當次治病所發生的金額不直接掛鉤，所以用弄虛作假虛抬藥品醫材價格的辦法來騙取醫保基金是不可能實現的事情。
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