東阿置邑，始見《春秋》，名柯；原屬衛國，後屬齊國。戰國改稱阿，仍隸齊國。秦始稱東阿，屬東郡。舊志稱：“東阿，古之名邑也，會盟征戰，廢壘遺墟，見於經史者不一而足。”
漢置東阿縣，屬東郡。三國時期為魏地，隸屬同漢。西晉屬濟北國，東晉改國為郡，東阿屬之。南北朝時期，因南北分裂，政權迭易，457年，東阿併入谷城縣。後魏，恢復東阿縣；北齊省谷城，入東阿，屬濟州。隋朝，東阿屬兗州濟北郡。621年(唐武德四年)，屬濟州，隸河南道；742年(天寶元年)，更州為郡，隸濟陽郡，同年恢復谷城縣；754年，改屬鄆州東平郡；766年(大曆元年)，鄆州改為淄青道，東阿屬之；819年，鄆州屬天平郡，東阿隨之改隸。五代十國時期，東阿屬鄆州天平節度使。宋初，屬京東路；1041年(慶曆元年)，置西路安撫使，東阿隨郡改隸；1115年，郡升為大都督府，1127年，改為東平府，東阿均屬之。金代，隸山東西路東平府。元初，隸東平路；1272年，東平改為下路總管府，司6縣，東阿屬之。明初，屬東平府；1375年(洪武八年)，隸濟寧府東平州；1385年，改屬兗州，隸山東布政使司。清初，屬兗州府東平州；1735年(雍正十三年)，改屬泰安府。
1912年(民國元年)，東阿隸山東東臨道；1928年，廢道直隸山東省府，1936年，隸山東省第六督察專員公署。1940年，縣人民政權建立後，隸魯西行署運東專署(第四專署)；1941年7月，魯西行署和冀魯豫行署合併，成立冀魯豫行署，下轄7個專署，東阿隸第四專署；1942年12月，冀魯豫行署一、四專署合併為一專署，東阿屬之。1945年8月，日軍投降後，隸冀魯豫行署第六專署。
1949年8月，東阿隸平原省聊城行政督察專員公署。1952年11月，平原省撤銷，東阿隨聊城專署改隸山東省。1958年12月，東阿建制撤銷，各公社分別併入壽張、茌平縣；1961年7月，恢復東阿縣，其隸屬未變。1967年，專區改為地區，東阿屬山東省聊城地區行政公署。1967年3月，屬山東省聊城地區革命委員會。1978年7月，屬山東省聊城地區行政公署。1997年8月，屬山東省聊城市至今。
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