傳染病在古代也是十分可怕的災難。東漢末年，傳染病肆虐，每隔幾年就有一起甚至多起傳染病流行。在著名的赤壁之戰中，曹操的軍隊於秋天來到當時的血吸蟲病流行區域，冬天作戰之時，將士染病近半數。清朝是一個傳染病高發期，幾乎每隔一年就發生一次疫情。尤其是公元1910年的東北鼠疫，死亡6萬餘人。
公元前556年秋天，宋國出現了一種怪病，這種病的症狀不僅在人的身上表現出來，也在狗的身上表現出來。人們逐漸意識到這種病可能與狗有關，於是聯合起來於10月24日驅逐這些“狾狗”。這就是我國現有典籍上首次記載的傳染病—狂犬病。
許多古籍記載了傳染病的發生和防治情況
記載古代疫情的文獻很多，《尚書》、《詩經》、《國語》、《左傳》、《史記》和《漢書》中都有部分疫情記載。《五行志》裡記載了傳染病的發生和防治情形。從文獻來看，中國古代十分注重防治結合，尤其在國家安定、力量較強的時期，對傳染病的控制最為有效。
《論衡》告誡人們不能吃老鼠碰過的東西；《金匱要略》則指出，決不能吃被蟲子、螞蟻咬過的掉在地上的果實；《淮南子》總結民間經驗，認為被打死的病犬不可以投入水中，否則會汙染水源。古代城市汙水也受到重視，據說西漢蕭何在未央宮修建了下水溝；為了減少城市灰塵，還製造了類似灑水車的“翻車渴烏”。
秦朝創造了隔離防疫法
秦朝十分注重用法律來控制傳染病。秦律規定，凡麻風病人都要送往“癘遷所”隔離起來。西漢時碰到疾疫，也採取了及時的隔離措施，以防傳染。晉朝為保護皇帝及朝廷官員，規定官員家中發生傳染病，如有三個以上的親屬被傳染，即便官員自己沒有被傳染，也不得入宮，為期100天。
北宋時首次出現接種疫苗
最重視防疫和治疫的莫過於兩宋。宋人己意識到“煎水”可以消滅疾病的源頭；兒童從小被教導上廁所要除掉上衣，且“下必浣水”；糞便也會傳播疾病，因此杭州城有專門的收糞人，有力地保障了城市的清潔衛生；宋朝對監獄的衛生也空前重視，規定每五天就要打掃一次，甚至連犯人的枷鎖都要清洗於淨；《太平聖惠方》還告誡人們，春末夏初是狂犬病的高發期，碰到瘋狗一定要趕跑。
康熙親自研究天花
明朝是中醫歷史上傳染病研究有重大進展的一個朝代。這一時期湧現了大量傳染病學的專家，他們總結經驗，分別出版了專門研究瘟疫、痘疹、麻風病、梅毒和瘧疾等傳染病的醫學專著。明朝隆慶年間，寧國府太平縣某不知名人士傳出了種痘預防法。雖然種痘的方法還在摸索之中，推廣的地區也不廣泛，但這畢竟是中國古代預防傳染病的一大進步。在設置醫事機構方面，明朝大多沿襲元代的做法，但國家在治疫防疫方面發揮的作用日漸變小，許多原本為日常需要的醫療機構卻只在重大疫情發生之時才被啟用。
到了清朝，僅有少數惠民藥局還在發揮作用。與此相對應的是，明朝中期以來，地方人士在防疫治疫方面扮演著越來越重要的角色。清朝唯一顯得活躍的是天花的防治，不僅設立了“查痘章京”，康熙皇帝還親自研究天花，大力推廣種痘法。不過，同治皇帝劫依然死於天花。
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