传染病在古代也是十分可怕的灾难。东汉末年，传染病肆虐，每隔几年就有一起甚至多起传染病流行。在著名的赤壁之战中，曹操的军队于秋天来到当时的血吸虫病流行区域，冬天作战之时，将士染病近半数。清朝是一个传染病高发期，几乎每隔一年就发生一次疫情。尤其是公元1910年的东北鼠疫，死亡6万余人。
公元前556年秋天，宋国出现了一种怪病，这种病的症状不仅在人的身上表现出来，也在狗的身上表现出来。人们逐渐意识到这种病可能与狗有关，于是联合起来于10月24日驱逐这些“狾狗”。这就是我国现有典籍上首次记载的传染病—狂犬病。
许多古籍记载了传染病的发生和防治情况
记载古代疫情的文献很多，《尚书》、《诗经》、《国语》、《左传》、《史记》和《汉书》中都有部分疫情记载。《五行志》里记载了传染病的发生和防治情形。从文献来看，中国古代十分注重防治结合，尤其在国家安定、力量较强的时期，对传染病的控制最为有效。
《论衡》告诫人们不能吃老鼠碰过的东西；《金匮要略》则指出，决不能吃被虫子、蚂蚁咬过的掉在地上的果实；《淮南子》总结民间经验，认为被打死的病犬不可以投入水中，否则会污染水源。古代城市污水也受到重视，据说西汉萧何在未央宫修建了下水沟；为了减少城市灰尘，还制造了类似洒水车的“翻车渴乌”。
秦朝创造了隔离防疫法
秦朝十分注重用法律来控制传染病。秦律规定，凡麻风病人都要送往“疠迁所”隔离起来。西汉时碰到疾疫，也采取了及时的隔离措施，以防传染。晋朝为保护皇帝及朝廷官员，规定官员家中发生传染病，如有三个以上的亲属被传染，即便官员自己没有被传染，也不得入宫，为期100天。
北宋时首次出现接种疫苗
最重视防疫和治疫的莫过于两宋。宋人己意识到“煎水”可以消灭疾病的源头；儿童从小被教导上厕所要除掉上衣，且“下必浣水”；粪便也会传播疾病，因此杭州城有专门的收粪人，有力地保障了城市的清洁卫生；宋朝对监狱的卫生也空前重视，规定每五天就要打扫一次，甚至连犯人的枷锁都要清洗于净；《太平圣惠方》还告诫人们，春末夏初是狂犬病的高发期，碰到疯狗一定要赶跑。
康熙亲自研究天花
明朝是中医历史上传染病研究有重大进展的一个朝代。这一时期涌现了大量传染病学的专家，他们总结经验，分别出版了专门研究瘟疫、痘疹、麻风病、梅毒和疟疾等传染病的医学专著。明朝隆庆年间，宁国府太平县某不知名人士传出了种痘预防法。虽然种痘的方法还在摸索之中，推广的地区也不广泛，但这毕竟是中国古代预防传染病的一大进步。在设置医事机构方面，明朝大多沿袭元代的做法，但国家在治疫防疫方面发挥的作用日渐变小，许多原本为日常需要的医疗机构却只在重大疫情发生之时才被启用。
到了清朝，仅有少数惠民药局还在发挥作用。与此相对应的是，明朝中期以来，地方人士在防疫治疫方面扮演着越来越重要的角色。清朝唯一显得活跃的是天花的防治，不仅设立了“查痘章京”，康熙皇帝还亲自研究天花，大力推广种痘法。不过，同治皇帝劫依然死于天花。
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