札答蘭部當時遊牧於額爾古納河流域，屬地牧場優良，人馬眾多。札木合又糾集了其他部落，麾下共有13部3萬騎向鐵木真殺來。當時鐵木真全軍僅1.3萬騎，不足敵軍一半。但鐵木真仍然將所部分成13“翼”，全軍向東北出動迎擊札木合。所謂“翼”，蒙語讀作“古列延”，是圈子的意思。蒙古遊牧部落集團移居或征戰時組成浩蕩的車隊。在晚上宿營時，將一種運輸貨物及蒙古包的二輪車（“嘞嘞車”，由一頭或二頭牛牽引）布成一圈，組成環形車陣，人畜均居其內，首領位於中央，作為防護屏障，防備敵人突然襲擊，如同活動式的要塞一般。因鐵木真的軍隊共有十三翼，此次他與札木合的交戰在歷史上稱為“十三翼之戰”。
這個分兵迎戰的方法，其實不太高明，大概鐵木真初期缺乏經驗，所以出此下策。大戰之中，鐵木真以用弓箭武裝起來的婦女、兒童和一部分兵力部署在古列延內，在敵人衝上來時發箭射擊，作為阻止札木合軍衝擊的正面屏障，自率主力部隊從側翼衝擊敵軍，展開激烈廝殺，最後由於兵力懸殊，鐵木真遭到慘敗，被迫退守斡難河附近地勢險要的哲列捏峽谷。
十三翼之戰
誰也沒有料到，在戰場上大獲全勝的札木合接下來卻做了一件蠢事。在戰爭中，札木合抓到了大批俘虜，但他隨即發現這些人原本就是自己的部屬，但後來投奔了鐵木真。部下的背叛令札木合惱怒不已，失去了理智，決心要殺一儆百，對戰俘進行報復。首先，札木合砍下了一位被俘首領的腦袋，並將這個頭顱系在自己的馬尾上。淋淋鮮血沾汙了頭顱，玷汙了身體最神聖的部分，褻瀆了死者的靈魂，而將頭顱系在馬的最汙穢的部位，則羞辱了被俘者的整個家族。隨後，札木合下令在草原上樹起七十口大鑊，將年輕的男性戰俘放入鑊中活活煮死。當時的蒙古人認為，這種做法能夠摧毀他們的靈魂，從而完全消滅他們。
暴行恐嚇的結果是適得其反，大批札木合的部屬被這種前所未聞的殘忍刑罰所震驚，紛紛離開札木合前去投奔鐵木真（這次交戰的雙方原來彼此很熟）。結果，鐵木真雖然是“十三翼之戰”的失敗者，卻得到了人心，實力反而大增。為歡迎這些新來的部下，鐵木真還在斡難河畔的樹林裡面開了一個盛大筵宴。
“十三翼之戰”之後，鐵木真與克烈部的王罕結成聯盟。數年之中，聯軍在蒙古草原東征西討，所向無敵。1200年，鐵木真又一次大破宿敵泰赤烏部，使敵對各部震恐萬分。
公元1201年，草原上的12個部落會盟，組成與鐵木真和王罕對立的所有部落的大聯盟，公推札木合為“古兒汗”（意為“眾汗之汗”），向蒙古人崇拜的“長生天”獻祭了一馬、一牛、一羊、一狗，發誓與鐵木真作戰到底。
1202年秋天，各部同盟軍氣勢洶洶殺向鐵木真與王罕的聯軍。誰知雙方在闊亦田甫一作戰，忽然天昏地暗，風雨大作，繼而吹雨變雪，朝同盟軍陣地襲來。鐵木真乘勢發起進攻。各自為戰的各部頓時作鳥獸散，作為盟主的札木合非但不去壓住陣腳，反而對擁戴自己的各部大加擄掠，率先逃之夭夭。他的十二部聯盟隨後土崩瓦解，他自己最後也被克烈部的軍隊追趕得走投無路， 最後被迫投靠了王罕的兒子桑昆，堂堂“古兒汗”竟然淪落到寄人籬下的境地，從此失去了獨自對抗鐵木真的能力。
闊亦田之戰
大獲全勝的鐵木真馬不停蹄地繼續發動了對泰赤烏部和塔塔兒部的戰爭。這是兩次血腥的征伐。對於曾經囚禁了年幼的自己的泰赤烏部，鐵木真毫不手軟，下令凡是泰赤烏氏血統的貴族都殺死；至於世仇塔塔兒部，更是整個部落在戰敗後遭到了噩運，所有“高過車軸的青年男子”都被殺盡，其餘老弱婦孺也都淪為奴隸。這種辦法比札木合殺俘虜，殘酷性有過之而無不及，是很清楚的事實。
是役過後，蒙古草原的戰國時代行將結束，只剩下東部的蒙古乞顏部、中部的克烈部與西部的乃蠻部三足鼎立。而從軍事上看，鐵木真擊滅塔塔兒部，是他的創業史上很重要的步驟。塔塔兒部遊牧的今內蒙古呼倫貝爾草原“不僅在現在是內蒙的一個最好的牧區，自古以來就是個最好的草原。這個草原一直是遊牧民族的歷史搖籃“，“不僅是古代遊牧民族的歷史搖籃，而且是他們的武庫、糧倉和練兵場。他們利用這裡的優越的自然條件，繁殖自己的民族，武裝自己的軍隊，然後以此為出發點由東而西，征服內蒙中部和西部諸部落或最廣大的世界，展開他們的歷史性的活動”。實際上，成吉思汗在進入呼倫貝爾草原以前，始終侷促於與額爾古納河與斡難河之間的狹小區域。而當他征服了塔塔兒人佔領這個草原之後，不過數年他就統一了蒙古諸部落，正如後來寫給長春真人丘處機的詔書中所說的那樣：“七載之中成大業，六合之內為一統。”
呼倫貝爾草原
如同歷史上許多同盟一樣，鐵木真和“義父”王罕之間最後也從同舟共濟而同床異夢，同床異夢而同室操戈。事情的起因是鐵木真替兒子向桑昆的女兒求婚，遭到拒絕。事情傳到札木合耳朵裡，這位“薛禪”當然不會放過挑撥離間的機會，告訴桑昆：“（鐵木真）口頭上（與王罕）稱為父子，心裡卻另有圖謀。你們還倚靠著他呢！如果不先下手，你們會怎麼樣？”自幼與鐵木真不和的桑昆果然動心，又說服了老邁的王罕，克烈部遂發兵突襲鐵木真駐地。
大戰在即，王罕根據札木合提供的鐵木真手下將領的情報，把軍隊分成五個梯隊，一個比一個強大。隨後，王罕可能是想見識札木合的統兵才能，便把軍隊的作戰指揮權交給了他。誰知札木合轉身就派人去向鐵木真密告王罕的兵力佈署情況，最後還加上一句 “以前我與安答你廝殺，就敵不過你。王罕還不如我。安答你不用怕，但要謹慎”。揣測札木合如此動機，無非是希望鐵木真與王罕之間的戰爭更加慘烈，雙方傷亡才會慘重，兩敗俱傷才能使自己從中漁利。幾如札木合的預料，雙方果然在惡戰中損失巨大，鐵木真撤退時只剩2600人，克烈部雖然苦戰獲勝，卻連桑昆也險些在戰場上喪命。眼看時機成熟，札木合準備動手除掉王罕取而代之。誰知事情敗露，王罕起兵攻打，札木合只得遠遁而去，投奔乃蠻。
偷襲鐵木真獲勝之後，克烈部上下志得意滿。將領們紛紛自誇，收拾殘存的蒙古人，將毫不費力，“就像收拾馬糞一樣”；最高統治者王罕更是以為鐵木真已經不堪一擊，擴建了自己的大金帳，整天都由美女陪伴，以醇酒為飲。所謂驕兵必敗，鐵木真正是在這種情況下休養生息，恢復了元氣。
1203年7月，鐵木真率軍繞過克烈部在邊界的哨卡，連夜進軍，出其不意包圍了王罕的大金帳（在克魯倫河南），殺了他一個措施不及。但克烈部畢竟是一個大部，在經過三天三夜的激戰後才被征服。至於王罕、桑昆兩人，倉皇逃往西方，後來分別為乃蠻人和西遼人所殺。
消滅克烈部是鐵木真稱汗以來從未有過的巨大勝利。鐵木真處置克烈部人口的辦法，與對待塔塔兒人完全不同，全部分配給自己的部下，從而加強了實力。從此，廣闊的蒙古草原，他已是三分天下有其二， 他的下一個目標就是乃蠻部。另一方面，乃蠻部也不能容忍鐵木真的強盛，草原戰國的終結之戰已經是不可避免的了。
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