嚴復：毀家紓難，救國為民
1912年內外交困的清朝終於覆滅了，不過此時的京師大學堂已今非昔比，不過它不能再叫京師大學堂了，它換了新名字——北京大學，嚴復成為了首任校長。嚴復是著名的愛國主義者，翻譯了許多國外名著，被譽為“睜眼看世界第一人”，但一直以來仕途不順，雖然在京師大學堂創辦之初，嚴復就曾在這裡就職，但直到1912年5月4日，他才當上校長，這時的他已經58歲了，但他僅僅在崗五個月就辭職了。然而嚴復先生對北大的貢獻是不可磨滅的，他主持北大的改革，重現歸併了學科，規定教員不得在政府兼職，開設了外語和西學的課程，在辦學方針上他主張兼收幷蓄，廣納眾流，這為隨後北大的崛起奠定了基礎。
由於當時的北大剛剛試圖從僵化的體制中抽離，無論是教學還是研究均沒有太多成就，於是6月財政部下令削減教員薪水，嚴復以書信的形式建議大總統和教育部撤銷命令，最終教職工的薪水得以全額髮放。但教育部的高官們顯然非常不滿，7月教育部稱：“該校學生班次雖有增加，但毫無成績可言，國體變更之後，社會各界對該校均表示不滿，遂決定停辦。”嚴復一邊向袁世凱和教育部遞交不可停辦帖，一邊爭取國際支持。最終北京大學得以保全，8月嚴復在各大外國銀行籌辦辦學經費。但嚴復與教育部的矛盾愈發激化，9月袁世凱聘請嚴復擔任顧問，教育部以其違反“教職工不得在校外兼職”的規定打算撤掉嚴復校長的職務，並在各大報刊煽風點火，自尊心極強的嚴復遂在10月提出辭職。在這短短五個月裡，嚴復為了北大的存續，付出了巨大的心血，功不可沒。
嚴復
蔡元培：滌盪汙濁，革舊求新
1916年12月，蔡元培正式擔任北大校長，當時的報刊這麼寫道——“蔡孑民先生於二十二日抵北京,大風雪中,來此學界泰斗,加晦霧之時睹一顆明星也。”這個留著偏分發型和兩撇鬍子的讀書人領袖絕倫、兼容幷包，帶領北京大學走上思想殿堂的頂峰，此後由他催發、護持的一場激進狂飆的新文化運動，影響並改變了接下來一百年的中國歷史走向。
當時北大的風氣比起清朝時候已經大有改觀，但沉下心來做學問的學生教授仍然是少之又少，這些學生心思都在升官發財上，平時走在街上老百姓都稱呼他們為“老爺”。而那些教授也大多是前朝官僚，熟人見面恐怕還要稱呼一聲“中堂大人”。即便有零星幾人關心學問，大多都是唯唯諾諾，畏手畏腳，思想仍然很保守，對關係民族命運與國家安危的問題漠不關心，一副老派儒生的樣子。
這些教授但凡兜裡省下一點閒錢，便相約著去八大胡同尋花問柳。以至於當時百姓戲稱八大胡同嫖娼的主力軍是“兩院一堂”，兩院指的是眾議院和參議院，一堂指的是京師大學堂，也就是北大。但是讀書人不似政客，多半還要點面子，硬是把嫖娼稱之為“探豔”。更有徐佩銑這樣恬不知恥的教授大肆宣稱這是不拘一格，甚至帶著大家一起嫖，自稱探豔團團長，還經常跑到東安市場對著女性耍流氓。再看學生們，平日無事則在公寓裡賭錢，交口傳誦汙穢不堪的黃段子，嘴裡充斥著某某女性的屁股大腿，空閒時候去劇院看劇，寫了一大堆黃段子劇評，這些黃段子流傳到社會上，以至於北大成了“浮豔劇評策源地”。
種種不堪，不一而足，蔡元培決定下狠手，開除了一批教員和學生。除了那些不學無術，嫖娼賭錢的渣滓，還開除了辜鴻銘。辜鴻銘是個老派儒生，雖然學貫中西，但腦子裡仍是君君臣臣，男尊女卑那一套，平時講課喜歡夾帶私活，給學生灌輸封建思想，平時的時間裡主要就是對著白話文和新文化開炮，所以蔡元培不得不把他也開除掉。
蔡元培
蔡元培：思想自由，兼容幷包
隨後蔡元培三顧茅廬，說服陳獨秀把《新青年》雜誌遷到北京，隨後聘請了胡適、劉半農，錢玄同等一大批知識分子到北大授課，除此之外還有梁漱溟、劉師培、黃侃等異於常人的大師級人物，就連辜鴻銘也得以回到北大繼續授課。
在蔡元培的支持和幫助下，一大批先進刊物和思想團體出現在北大校園裡，這些新刊物、新青年倡導白話文，介紹新學說，主張個性解放，抨擊封建禮教。當然，在黃侃，陳漢章，梁漱溟等國學大師的堅持下，熱心國學，研讀儒學，尊孔復古的刊物也不乏擁躉。蔡元培在1920年還著手正是招收女生入學，開中國公立大學招收女生之先例。
當年蔡元培就職時曾說：“諸君來此求學，必有一宗旨，欲求宗旨之正大與否，必先知大學之性質。今人肆業專門學校，學成任事，此固勢所必然。而在大學則不然，大學者，研究高深學問者也”。而他確實通過努力把北大改造為一所真正的學術殿堂，此時的北大制度完善，思想自由，學術氛圍濃厚，為國家培養了一批有思想，講科學的新派學者，成為了新文化運動的發祥地。
洪流中的蔡元培
蔡元培：心力交瘁，殫精竭慮
但這滾滾的新文化洪流也為蔡元培埋下了隱患，當時的學校裡充斥著不同的思想流派，甚至存在著籍貫和派系之爭，這些學派通過報刊、演講、集會等方式互相抨擊傾軋，以至於驚動了政府高層，當時的部分老派政客對新思想甚是反感，便趁機遊說高層，要求撤去蔡元培校長之職，但最終都被蔡一一化解。
雖然蔡元培主張思想自由、兼容幷包的教育理念，但他並不希望學生捲入政治鬥爭中去，他希望學生潛心於學術，成為國家的棟樑之才。所以當新文化的洪流決堤時，他也陷入深深的痛苦中。他覺得這些學生和教授思想過於激進，他認為：辛亥革命以後，全國學風就應該從熱衷政治轉為專注學業。在五四運動前一年他就因學生反對“中日軍事協定”上總統府請願的事而幾欲辭職，但隨即而來的五四運動，學生們罷課遊行，火燒曹府，毆打章宗祥，引來政府軍隊鎮壓，一批學生被抓進監獄。
無奈，蔡元培只得上下活動，四處周旋，安撫學生，恢復秩序，最終把學生解救出來。但隨即他便遞交辭呈，並第二天就離開了北京。這群自認為為世道正義而戰的熱血青年學生 一時間如同墮入冰窟，不知如何是好。
陳獨秀在晚年回顧過往時曾沉重地寫道：“五四運動，是中國現代社會發展之必然的產物，無論是功是罪，都不應該專歸到哪幾個人，可是蔡先生、適之和我，乃是當時在思想言論上負主要責任的人。”
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