由於抗菌藥物的廣泛應用，正確合理應用抗菌藥物越來越受到人們的重視。藥物的合理應用是提高療效、降低藥物不良反應的關鍵，在藥物配伍中，發揮藥物的最佳效應，最大限度的減少藥物因配伍出現的相互干擾和影響。
青黴素類藥
青黴素類藥由於不良反應較少，殺菌力強，一直在臨床廣泛應用。青黴素類藥與丙磺舒、阿司匹林、吲哚美辛、保泰松和磺胺類藥合用，可降低青黴素在腎小管的排洩，提高血藥濃度，延長血漿半衰期，增加藥物毒性。青黴素與甲氨蝶呤相互競爭腎小管分泌，使甲氨蝶呤在腎臟的清除率降低，血藥濃度增高，增加了甲氨蝶呤的毒性反應青黴素與華法林合用，能夠抑制血小板功能，減少凝血因子合成，增加抗凝藥作用，導致出血時間延長，致出血的風險增加，兩者一合用時應嚴密監測凝血酶原時間及時調整藥物用量。
1.與考來烯胺、考來替泊同用可以降低青黴素的血藥濃度與別嘌呤醇合用可使青黴素類藥導致皮膚藥疹的機率增加，與維庫溴胺類肌松藥合用，可延長神經肌肉阻滯作用。
2.與頭孢噻肟合用，使後者的總清除率降低。
3.與環孢素合用，可提高環孢素的血藥濃度。與傷寒疫苗用，因青黴素對傷寒沙門桿菌具有抗菌活性，故可減弱疫苗的免疫活性青黴素類在與一些抗菌藥物同時應用時，合理的配伍可以使藥物產生協同作用。青黴素類與慶大黴素、卡那黴素等氨基糖營類抗生素合用，對銅綠假單胞菌、沙雷桿菌、克雷伯桿菌等有協同抗菌作用與頭孢類藥物合用，對銅綠假單胞菌、大腸桿菌產生協同或累加抗菌作用。
頭孢菌素類藥
頭孢類藥由於近年來廣泛應用於臨床，其藥物的不良反應與配伍禁忌越來越受到重視。頭孢類藥物由於自身對肝腎具有一定的毒副作用，在與有可能導致肝腎功能受損的藥物配伍時，應引起足夠的重視頭孢類藥物與強利尿劑(呋塞米、依地尼酸、布美他尼等)、抗腫瘤藥(卡氮介、鏈佐星等)及氨基糖苷類抗生素等同用，均能增加腎毒性;與丙磺舒同用可抑制頭孢類藥物在腎臟的排洩，使血藥濃度升高30%。
1.與非甾體抗炎鎮痛藥、抗血小板藥、磺吡酮等同用，藥物對血小板的抑制作用累加，增加出血的危險性。
2.與抗凝藥或溶栓劑同用，可干擾維生素K代謝，導致低凝血酶原血癥，臨床可見藥物引起的出血徵象。
3.與卡馬西平合用，導致卡馬西平血藥濃度升高，必須合用時，應注意監測卡馬酉平血藥濃度。
4.與苄丙酮香豆素合用時，致後者作用增強，其機制可能為藥物導致腸道菌群失調維生素K合成發生障礙。
5.含鋁、鈣、鎂的藥物或H2受體拮抗劑與頭孢類藥合用時，由於胃中pH值升高，口服頭孢菌素類藥吸收受到影響，導致藥物血濃度降低，影響藥物療效，故不宜同時與抗酸藥合用，應間隔2小時以上服用。
6.與含鐵藥物同服時，頭孢類藥物吸收減少，如需合用，也應間隔2小時以上。
7.與抗膽鹼藥合用，可降低頭孢類藥血漿峰濃度，但吸收程度不受影響。
8.與美洛西林、哌拉西林聯用，對銅綠假單胞菌和大腸桿菌有協同作用或累加作用。
9.與慶大黴素、阿米卡星等氨基糖營類藥合用，對多種革蘭陰性需氧菌和鏈球菌有協同抗菌作用，但聯合用藥可加重腎毒性。
10.與多粘菌素E、多粘菌素B、萬古黴素合用，可加重腎毒性。
11.與傷寒疫苗同用，因頭孢菌素對傷寒沙門桿菌具有抗菌活性故可減弱疫苗的免疫效應。
其他β-內酞胺類藥
此類藥物與丙磺舒合用時可競爭性激活腎小管分泌，抑制腎臟排洩，導致藥物半衰期延長，血藥濃度增加。因此不推薦該類藥物與丙磺舒聯用。有報道顯示上述兩者合用時亞胺培南的半衰期可延長約6%，曲線下面積(AUC)增加13%，血漿清除率下降約13%。
1.β-內酞胺類藥與呋塞米等強利尿劑合用可增加腎毒性，還可以影響乙醇代謝，使血中乙醇醛濃度上升，顯示雙硫侖樣反應(面部潮紅、頭痛、眩暈、腹痛、胃痛、噁心、嘔吐、心率加快、血壓降低、嗜睡、幻覺等)。
2.與肝素、華法林合用，由於血小板功能受到抑制，凝血因子生成減少，增加了出血的可能。
3.與茶鹼同用可發生茶鹼中毒(噁心、嘔吐、心悸、癲癰發作等)，其可能的機制是合用增加了中樞神經毒性作用與丙戊酸鈉等抗癲癇藥合用可使抗癲癰藥的血藥濃度降低，從而導致癲癰再發作與氨基糖營類藥物合用，對某些銅綠假單胞菌的分離株，可產生協同作用。
4.與傷寒疫苗同用，因其對傷寒沙門杆曲具有抗菌活性故可減弱疫苗的免疫活性。
氨基糖苷類藥
氨基糖苷類藥與代血漿類藥(右旋糖酐、海藻酸鈉)、利尿藥(依地尼酸，呋塞米)、致耳毒性藥物(紅黴素)及捲曲黴素、順鉑、萬古黴素、去甲萬古黴素等合用，不論是先後或連續用藥，還是局部或全身應用藥物，均可增加耳毒性與腎毒性， 藥物引起的聽力損害，可在用藥期間發生，也可在停藥後繼續進展，嚴重者造成耳聾，聽力損害可能恢復，也可呈現永久性。
1.與多粘菌素類合用也可增加腎毒性。
2.與中樞麻醉藥、肌松藥(琥珀膽鹼、筒箭毒鹼、氯唑沙宗等)及其他具有肌松作用 的藥物(地西泮、苯二氮卓、奎尼丁等)合用，神經肌肉的阻滯作用增強，導致肌肉軟弱、呼吸抑制或呼吸麻痺。用抗膽鹼酯酶藥或鈣鹽有助於阻滯作用的恢復。
大環內酯類藥
大環內酯類藥較常見的有紅黴素、阿奇黴素、克拉黴素等，此類藥物與P450-系統代謝的藥物，如卡馬西平、環孢素、地高辛、他克莫司、苯妥英鈉、阿芬他尼、西沙必利、丙吡胺、洛伐他汀、溴隱汀、丙戊酸鈉、特非那定和阿司咪唑等同時使用，可能提高這些藥物的血藥濃度而發生不良反應，其中：
1.與特非那定、阿司咪唑合用，明顯改變藥物代謝，偶見嚴重的心血管不良反應，表現為心電圖QT間期延長，室性心律失常。
2.與西沙必利同服，可引起心電圖QT間期延長，室性心動過速、心室纖顫。
3.與洛伐他汀合用，抑制洛伐他汀代謝而增加其血藥濃度，可能引起橫紋肌溶解，同用時應注意監測肌酸激酶和氨基轉移酶。以上藥物又能通過肝臟微粒體氧化酶，降低大環內酯類藥的藥效。
4.與環孢素合用，促進環孢素的吸收並干擾其代謝，臨床表現為腹痛、高血壓、肝功能障礙及腎毒性，合用時需監測腎功能及測定環抱素血藥濃度。
5.與黃嘌呤類藥物(二羥丙茶鹼除外)同用，可使氨茶鹼的肝清除率降低，導致氨茶鹼血藥濃度升高和藥物毒性增加，這一現象在聯合用藥6日後多見發生，氨茶鹼清除率的降低幅度與大環內酷酯類藥的血藥濃度峰值成正比。
萬古黴素類藥
1.與水楊酸鹽、依地尼酸 、呋塞米、兩性黴素B、桿菌肽、巴龍黴素及多粘菌素類合用，可增加腎毒性和耳毒性與環孢素合用增加腎毒性。
2.與抗組胺藥布克力嗪、賽克力嗪、吩噻嗪類、噻噸類、曲美苄胺等藥合用時，可掩蓋耳鳴、頭昏、眩暈等耳毒性症狀與琥珀膽鹼維庫鉈等藥物合用，可增加琥珀膽鹼維庫鉈阻滯作用。
3.與考來烯胺同時服用，因陰離子交換樹脂能與其結合，可使藥效滅活。
4.與麻醉藥同用，可增加與輸液有關的過敏反應發生。
多粘菌素類藥
1.與磺胺類藥和甲氧苄啶聯合應用，可增強粘菌素對腸桿菌屬、肺炎桿菌和銅綠假單胞菌等敏感菌的抗菌作用，對沙雷菌屬、變形桿菌屬也呈協同抗菌作用。粘菌素與氨基糖營類、萬古黴素、甲氧西林等同用，可增加腎毒性。
2.與頭孢噻吩同用易發生腎毒性。
3.與肌肉鬆弛藥、麻醉藥同用可增強後者的神經肌肉阻滯作用。
4.與能酸化尿液的藥物合用可增強多粘菌素的抗菌活性。
磺胺類藥
與華法林、醋磺己脲、保泰松、甲氨蝶呤、苯妥英鈉和硫噴妥鈉合用時，因磺胺類藥物可取代這些藥物的蛋自結合位點，或抑制其藥物代謝，導致上述藥物在體內的作用增強，易出現藥物的不良反應在與磺吡酮合用時，磺胺類藥物在腎小管的分泌減少，藥物通過腎小管時間延長，導致血藥濃度升高 ，增加藥物毒性作用。
1.磺胺類藥物遇酸可析出不溶性沉澱，與酸性藥物(維生素C等)合用，可析出結晶。
2.與烏洛托品合用時，烏洛托品與磺胺形成不溶性沉澱物，發生結晶尿的危險性增加，如合用尿鹼化藥可增加磺胺在鹼性尿中的溶解使排洩增加。
3.與骨髓抑制藥合用可能增加此類藥物對造血系統的不良反應。
4.與溶栓藥合用可增加其潛在的毒性作用。
5.與肝毒性藥物合用，可引起肝毒性發生率的增加。
6.與避孕藥(雌激素類)長期合用，可導致避孕藥藥效降低，並增加經期外出血的機會。
7.與環孢素同用可使環孢素的作用降低。
氟喹諾酮類藥
由於對細胞色素P450結合部位的競爭性抑制，氟喹諾酮類藥物可使茶鹼類藥物在肝臟清除率明顯減少，血漿半衰期延長，血藥濃度升高，出現茶鹼中毒的有關症狀(噁心、嘔吐、震顫、不安、激動、抽搐、心悸等)，兩藥不宜合用，若必須同用，應監測茶鹼類血藥濃度並及時調整用藥劑量。
1.氟喹諾酮類藥與多價金屬離子鰲合而減少藥物吸收，故不宜與含鋁、鎂的藥物(抗酸藥、去羥肌苷)及鈣、鐵、鋅劑同用，如不能避免時，應在服用氟喹諾酮類藥前2小時或後6小時服用為宜。
2.與非甾體類抗炎藥物(如吲哚美辛、布洛芬、吡羅昔康)合用會產生藥物拮抗作用，應避免同時應用。
3.在與丙酸類解熱鎮痛藥合用時，可致中樞神經興奮性增強，偶有引起痙攣的報道。
4.氯黴素、利福平、呋喃妥因可拮抗氟喹諾類藥物的藥理作用;與鈣通道阻滯劑(硝苯吡定)合用時，會影響氟喹諾酮的血藥濃度。硫糖鋁和抗酸藥可使氟喹諾酮吸收速率減慢25%，ACU降低約30%，如在服用氟喹諾酮類藥物4小時前或2小時後服硫糖鋁或抗酸藥影響甚微。鹼性藥物、抗膽鹼藥、H2受體拮抗劑(如雷尼替丁、法莫替丁、西咪替丁等)可降低胃液酸度，減緩氟喹諾酮類藥物的排洩，清除率顯著降低，易形成藥物蓄積。
5.與雙香豆素、華法林合用可延長凝血酶原時間，增加華法林的抗凝作用，同用時應嚴密監測患者的凝血酶原時間。氟喹諾酮可使環孢素的血藥濃度升高，應用時需監測環孢素的血藥濃度調整劑量。
甲硝唑類藥
1.甲硝唑類藥物與西咪替丁等抑制肝微粒體酶活性的藥物同用，可減緩甲硝唑的代謝及排洩，延長藥物的半衰期，應注意監測血藥濃度並調整劑量。
3.與苯妥英鈉、苯巴比妥等誘導肝微粒體酶的藥物同用，可加速甲硝唑的代謝，使血藥濃度下降，同用時苯妥英鈉的清除率下降，藥物排洩減慢，血藥濃度升高。氫氧化鋁、考來烯胺可降低本藥的胃腸吸收，使生物利用度降低14.5%。
4.與糖皮質激素同用，可加速甲硝唑從體內排洩，使血藥濃度下降31%，聯用時需適當加大甲硝唑劑量。
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