清入關以來，西藏一直是個不穩定的因素，隔三差五就起紛爭、叛亂以及分裂事件。乾隆時期，國力強盛，西藏再次出現叛亂，這一次乾隆帝果斷出手，迅速平定了叛亂，而且為了西藏的安定，創立了“金瓶掣籤”的制度。
乾隆十一年，珠爾墨特那木扎勒襲其父郡王爵，總理西藏事務。可是他掌權後倒行逆施，加深了與西藏喇嘛的矛盾，又殺害其兄長，還奏請朝廷撤走駐防的軍隊，公然對抗朝廷。
當時駐藏大臣副都統傅清、左都御史拉布敦等人發現珠爾墨特圖謀不軌後，於乾隆十五年十月十三日設計將他殺死。隨後，珠爾墨特的黨羽包圍了駐藏大臣衙門，殺害了兩位駐藏大臣及其部屬。拉薩陷入了一片混亂。
消息傳到京師後，乾隆帝勃然大怒，立即令四川總督策楞、提督嶽鍾琪出兵征討叛黨。以達賴喇嘛為首的廣大僧俗和入藏清兵聯合作戰，很快就平息了這場叛亂。此後，乾隆下旨廢除了西藏王爵，成立了由四名噶論組成的西藏地方政府噶夏。不久，乾隆帝又制定了《西藏善後章程》，提高了駐藏大臣和達賴喇嘛的權力，並決定在西藏長期駐軍1500人。
乾隆中期，西藏地區維持了安定的局面。藏傳佛教的領袖——班禪六世決定在乾隆帝七十大壽前夕，趕往承德避暑山莊拜謁乾隆帝，以表達西藏百姓的感激之情。
聽說班禪六世要來覲見的消息，乾隆帝喜出望外，急忙命人在承德避暑山莊附近仿班禪駐地日喀則的扎什論布寺修建了一座須彌福壽之廟，供班禪六世休息和講經之用。為了能與班禪六世直接交流，70歲高齡的乾隆帝還專門學會了藏語。
乾隆四十五年，班禪六世跋涉萬里，來到承德覲見，乾隆帝用藏語與班禪六世交談了很久，並熱情地賜予他一大批金銀珠寶。不久，班禪六世從承德來到北京，再次受到乾隆帝的隆重接見。班禪六世的入覲展現了西藏對中央政府的友好與崇敬，是民族團結的一段佳話。
同年十一月，班禪六世在北京患天花病逝，乾隆帝萬分悲痛，親往班禪六世駐地致祭，並派遣大臣護送班禪六世的遺體的返藏。
班禪六世去世後不久，西藏地區再次發生戰亂，英國殖民者扶持廓爾喀入侵西藏。乾隆帝兩次調遣軍隊出征，將侵略軍趕出了西藏。
乾隆五十七年，乾隆帝頒佈《欽定西藏章程》，對西藏地區的政治、宗教、軍事和外交進行了全面的整頓和改革。“金瓶掣籤”制度便是其中宗教事務改革的一項重要內容。
原來，達賴、班禪及其他大小活佛辭世後，西藏地區都要通過“靈童轉世”的方法選擇繼任者。然而由於西藏農奴主勢力龐大，他們經常操縱“靈童”的人選，任意指定本族親貴繼任，造成西藏的不安定。
乾隆帝推行的“金瓶掣籤”制度，是規定在拉薩大昭寺內供奉一尊金瓶，“靈童轉世”時，由駐藏大臣將數名“靈童”的姓名、生辰用滿、漢、藏三種文字寫在簽上，轉入金瓶內，然後誦經七天，在駐藏大臣的監督下抽籤決定一名“靈童”。
“金瓶掣籤”的制度很好地維護了公正性，也讓農奴主們無法暗箱操作人選，如此一來，朝廷對西藏的治理也得到了加強。
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