黑木耳的菌種在4℃冰箱中只能保存3-6個月就要轉管，在轉管的過程中易變異，所以必須不斷的組織分離，不斷的出菇轉管。一般做法是第一年的組分的菌種很好，在生產上應用，第二年組分菌種與第一年保存菌種在相同環境條件下做出菇試驗，如第二年的超過第一年的，用第二年的。如果這一年均不理想，還是第一年的好，則用第一年的，這樣週而復始，小心認真地分離、出菇試驗生產用種。自己做的菌種只能自己使用，如要出售，則要按照農業部門要求的有三證，生產許可證，質量合格證，經營許可證。
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