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東晉升平五年六月，東晉穆帝病死，年僅十九歲。朝臣擁立晉成帝長子琅琊王司馬丕為帝，是為東晉哀帝。
東晉皇室雖然一步步走向衰微，但桓溫的勢頭則越來越大。在這之前桓溫已經經歷了兩次北伐，雖然都沒有什麼成效，但是伴隨著而來的卻是桓溫一生都在追求的各種名利各種軍權。
哀帝統治的時期非常短暫。哀帝死後按照“父死子繼，兄終弟及”的傳統，他的同母弟司馬奕繼位，這就是東晉廢帝（海西公）。
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這位晉廢帝之所以混了個廢的名頭，還得說是拜桓溫所賜。桓溫如今已經相當於東晉的第二個太陽，他當然有著要為自己登上大位的盤算。這些心思從他平常的言語之中就可窺見。
當然，要想篡位桓溫現在的實力還不夠，雖然桓溫已經經歷過兩次北伐，但是兩次北伐都是不成功的例子。桓溫這時候缺少一個勝利的戰績。
恰巧這個時候前燕的慕容恪於太和二年去世，北方又處在了一種轉變的當口，是天賜的北伐機會。
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東晉太和四年，桓溫開始了他的第三次也是他一生當中最後一次北伐。可以說他的所有希望都放在了這次北伐上面。
這一年的六月，桓溫到達了金鄉，這時因為趕上了大旱，原本應該通暢的水道斷了，這對桓溫的繼續進軍相當不利。桓溫派冠軍將軍毛虎在平地之上完全靠人工鑿出了一條長達三百里的運河，引汶水會於清水。
這條溝渠的修築為桓溫解決了大問題，桓溫便能乘船從清水進入黃河，舟艦延續幾百裡。這個時候，郗超向桓溫進言。他認為從清水入黃河，難以通運，如果敵人堅守不戰，糧道又被切斷，又不能因糧於敵，這樣的處境是非常危險的。
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郗超為桓溫獻上了兩條計策。其一是速戰，但是此計太急，勝負難料。如果持重，則屯兵河上，掩護漕運，等物資儲備完成，明年夏天再進軍，雖然時間遲了一點，但是可以保證成功。
這樣的戰略部署可謂是相當精妙，已經想到了所有可能發生的狀況，如果桓溫能夠按照這條計策進行下去可以說北伐是絲毫不費力氣的。但是桓溫沒有采納這個計劃。
桓溫首先派建威將軍檀玄攻克了胡陸，並且生擒了前燕寧東將軍慕容忠。前燕又以下邳王慕容厲為征討大都督，率領步騎兵兩萬迎戰晉軍於黃墟，前燕軍又大敗，慕容厲脫身獨逃。
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前燕高平太守徐翻舉郡投降。晉軍前鋒鄧遐、朱序又在林渚擊敗燕將傅顏。前燕又派樂安王慕容臧率領人馬抵擋桓溫，慕容臧也接連失利，前燕趕快派散騎常侍李鳳向前秦求援。在王猛的支持下，苻堅於是在八月派苟池及鄧羌率步騎二萬救援前燕。
雖然兩軍交戰在剛開始的時候讓桓溫嚐盡了甜頭。但是他糧草方面的缺陷還是被他的敵人看的是一清二楚。
前燕司徒長史申胤就認為要靜靜的等待桓溫的糧草出現問題，而這問題是必定會出現的。結果不出申胤所料，果真就出現了問題。
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桓溫在早前命袁真攻打譙國和梁國，意圖開石門水道以通漕運，但袁真攻取二郡後卻不能開通水道，令水路運輸受到阻礙。這一下子桓溫的後方補給線就斷掉了，士兵餓著肚子又怎麼能夠打仗？
孤軍深入，僅僅依靠一條糧道完全是犯了兵家大忌，但是等桓溫終於醒悟過來的時候已經為時已晚。戰局已經由前燕佔據了主動。
這一年九月，前燕開始反擊，慕容德率一萬兵與劉當駐屯石門，李邽以五千豫州兵繼續斷絕桓溫糧道。慕容宙則以一千兵設計擊敗晉軍，殺傷大量晉兵。
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桓溫見戰事不利，又因糧食將竭，更聽聞前秦援兵將至，於是在九月丙申日焚燬船隻，拋棄輜重，循陸路退軍。
三次北伐，三次失敗。而且這三次失敗每一次都是在取得了良好的形勢之後突然失敗的。這不得不說與桓溫的個人因素有很大的關係。
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