萨尔浒之战明军失利的军事因素,大致归结为以下几点。
第一，政治腐败、宦官专权、文武不和，内部斗争激烈。具体战争的失败，究其根本原因，在于政治体制的腐败。在明朝，政治腐败、党争矛盾、宦官专权一直是整个王朝发展的顽疾，尤其是明朝末年，这样的腐败现象更加突出，朝堂之内，宦官集团和内阁相互残害，争权夺利，一手遮天的宦官和权臣不断主政，党派斗争把国家军事搞得乌烟瘴气。在面临大敌之时，各利益集团更是抓紧时机挑拨挑刺，制造事端，严重影响了正常的军事作战。而前线将领，也与朝廷并非一心，为了避免处罚，常有临阵倒戈、整军投敌的状况发生。可以说，造成朋党之争的根本原因，在于皇权的极度膨胀，而无有效机制弥补其精力不足导致的权力空白。明代废宰相权分六部，皇权日益集中，但皇帝精力有限，无法在有效的时间内处理完繁重的军国大事。明代虽设内阁，但并无定制规定其权力大小，往往皇帝出于猜疑，更偏向于任用身边信任的宦官替其行事。到明末，昏君辈出，常年不出朝政，旁落的国家大权就需要他人处理，而权力空白之时，就成了朋党相争的最好时机，这也是明王朝军事逐步衰败，国家走向灭亡的根源所在。
第二，明显的防御性军事思想与过度的羁縻政策导致的弊端。明朝以前的中国历代王朝，一直受北部少数民族的威胁和骚扰，都注重国家军事防御体系的建设，而到了明代，防御思想更为突出，构成严密的防御体系。从明朝立国开始，明太祖朱元璋就设立了“与远迩相安于无事，以共享太平之福”的防御和平策略，对待少数民族，基本以羁縻怀柔政策为主。羁縻政策，就是以军事力量相钳制，以经济物质利益为手段，任用少数民族首领为官，在少数民族得到既定利益的基础上，维持中央王朝与边疆少数民族之间和平的局面。羁縻政策最早源于秦朝，《后汉书》记载：“秦惠王并巴中，以巴氏为蛮夷君长，世尚秦女，其巴氏爵比不更。”到唐朝时，“画野分疆，山川限其内外，遐荒绝域，刑政殊于函夏。是以昔王御宇，怀柔远人，义在羁縻，无取臣属，朕祇应宝图，抚临四级，悦近来远，追革前弊，要荒藩服，宜与和亲。”总体而言，羁縻政策是中央王朝处理少数民族关系中最为平和和保守的政策，除了政治上的臣服之外，少数民族部落几乎不需要承担其他任何相关义务，其他一切当地事务皆由少数民族自身管理经营。到明代，中央政府依然继承一贯的羁縻政策，并奉行更为宽厚保守的治边军事思想，朱元璋划定了“永不征讨”的范围，以感化周边少数民族。只要少数民族名义上承认是其藩属，不对中央王朝进行袭扰，少数民族自身事务中央王朝一般不会过问，更不会加以干涉。事实上，这种柔和的保守政策有很大的弊端。
首先，这样的政策只是名义上使少数民族归顺于中央王朝，事实上其仍然是各自独立的主体。常年累月的经济贸易实惠，使少数民族地区倍加依赖，一旦实惠减少，很容易引起反叛和军事掠夺。其次，羁縻政策的实施是建立在强大的军事实力之上的，一旦国家军事衰落，少数民族地区就会借此时机进行敲诈掠夺，甚者直接进行叛乱。明初国家安定，军事实力强劲，明成祖五次亲征漠北，为北边和平奠定了基础。但到明朝中后期，军事实力逐渐下降，北边鞑靼、瓦剌屡次进犯，南边播州土司反叛，西边宁夏土司也起兵作乱。只要中央政府实力下降，难以满足其既定利益，同时无法威慑控制少数民族地区，少数民族地区就会借机叛乱，这就是这项政策的致命缺陷所在。事实上，女真人也是在这样一种状况下逐步发展壮大的，保守的军事思想和失当的民族政策，也是导致后金崛起，大战失败的根源所在。
第三，重文轻武，作战用人机制失当。在军事统帅的任命上，明代一直秉持以文制武、文官督军的原则，任命文官为最高军事长官，指挥前线作战。“在军事人事任命上，明后期的军事体制存在着重大的缺陷，只能选择文官任最高指挥官的体制使得明朝难以培养出优秀的军事人才，这也直接削弱了明军的战斗力。”明朝后期，由于削弱军权的缘故，五军都督府已无实际统兵的权利，大小战事，皆有兵部指派各地总兵集合出战。各地总兵等级相同，互不统属，互不相应，且作战思路与训练方法有极大差异，导致明军指挥混乱，中央加派巡抚、总督、经略，就是对其进行统一管辖，指挥作战。而明代主掌兵部事务的长官几乎都是文官出身，真正对军事通晓的官员少之又少，这样不用其专长的军事用人方法，在战场上体现出巨大的弊端。由于总兵无法担任最高统帅，最后萨尔浒决战的总指挥就落在了文人出身、对军事十分业余的辽东经略杨镐身上。“文官按照惯例被任命为最高指挥官，但职业军事指挥官却不能指望高升到超过野战最高将领的地位。一个指挥一个军团的将官通常已经达到他的履历的顶点。在这种弊端丛生的体制内，明军的指挥失当，节节败退也就在情理之中。
第四，战场指挥的失误。任何战争的指挥，最终都要归结于人，战场指挥的失误，是萨尔浒之战失败的最直接因素。首先，作战时间选择不当。萨尔浒之战的军队有接近三分之一来自南方川广、江浙一带，而总指挥选择在三月对后金用兵，三月在东北还属极寒的时段，来自南方的军队很难适应在极度寒冷的状态下作战，这使明朝军队战斗力大打折扣。其次，指挥用兵战略上出现重大失误，明军本来军队数量与武器装备较后金都有很大优势，但其分四路进兵，采取分路合围的战术，不仅使军队数量的优势丧失殆尽，而且各路沟通不畅，联系极其有限，自身战斗力削弱极大。而努尔哈赤采用集中优势兵力逐个击破的方法，歼灭了明军大量有生力量，获得了战场胜利。最后，文武内斗，将帅失和，冒进式作战使战场矛盾百出，一溃千里。辽东经略杨镐本无总兵刘铤军功显赫，只因自身为文官而当了统帅，其下总兵将领多有不服。又因刘铤与杨镐在东征朝鲜时就结下了仇恨，使得杨镐在萨尔浒之战时处处给刘铤穿小鞋，分给其军饷和装备皆为最少最差，使得矛盾不断，问题层出不穷。西路军杜松本持有明军主力，却因想拔得头功，单兵冒进，被努尔哈赤击溃，最后导致正常战争失败。