一、政策背景
根據財政部、國家稅務總局、中國人民銀行在2019年2月2日執行的《關於進一步加強代扣代收代徵稅款手續費管理的通知》（財行〔2019〕11號），單位上年度有代扣代收代徵稅款的，可以向稅務機關提交上一年度“三代”稅款手續費申請相關資料，申請退付手續費。“三代”稅款手續費按年據實清算，對扣繳義務人按照所扣繳的稅款付給百分之二的手續費，因“三代”單位或個人自身原因，未及時提交申請的，視為自動放棄上一年度“三代”稅款手續費。
二、軟件操作
自2020年開始，申請退付手續費，可通過自然人電子稅務局（扣繳端）進行，扣繳義務人登錄自然人電子稅務局（扣繳端）以下簡稱扣繳端，左側導航欄點擊進入“退付手續費核對”模塊，軟件會自動下載結報單，先核對 “退付手續費”核對清冊，核對無誤的，確認結報單，稅務機關與扣繳義務人確認的結報單，作為退付手續費的依據，自動啟動退付流程。
具體“退付手續費核對”操作，只需以下五個步驟，即可完成核對確認工作。
步驟一：點擊扣繳端左邊導航欄“退付手續費核對”功能，進入該模塊軟件會自動下載結報單，手工獲取可以點擊左上方【獲取結報單】按鈕，從服務端獲取結報單和核對清冊；
步驟二：等待數據下載完成後，如圖所示
步驟三：可以點擊“單戶核對清冊”查看實際入庫明細清單，方便核對數據；
具體如何核對？你可以通過查詢你實際申報記錄進行詳細核對，這裡注意
結報期限是以稅款實際入庫時間為準，不是以稅款所屬期方法一：結合扣繳端的“查詢統計——單位申報記錄查詢”功能進行比對，核對時候也要注意所屬期和稅款入庫的差異。
方法二：結合單位申報個稅的銀行對賬單，完稅證明，進行比對。
步驟四：對結報單和核對清冊中的內容核實無誤後，點擊【我已核對無誤】進行結報單確認，即可自動啟動退稅流程。如果數據核對有誤，則需要前往稅務大廳核定並確認結報單。
步驟五：點擊【我已核對無誤】後，納稅人對申請手續費金額及接收手續費的銀行賬戶信息進行確認，若確認無誤後點擊【提交】按鈕即可發起局端退稅流程。
通過以上五個步驟，即完成“退付手續費”確認操作。如果當地稅務機關對申請確認渠道另有規定的，請以當地主管稅務機關為準。
另外，“退付手續費核對”模塊右上角提供結報單、單戶核對清冊的【導出】功能
三、符合哪些條件的單位可以申請手續費退付？
只要按規定履行了個人所得稅的代扣代繳義務，同時滿足以下三個條件的單位，就可按照規定申請手續費返還。
1、符合“三代”（代扣代繳、代收代繳和委託代徵）的法律規定範圍。
2、財務制度健全、便於稅收控管和方便納稅、能夠獨立承擔民事責任。
3、有熟悉稅收政策的專門辦稅人員。
對於絕大多數的法定扣繳義務人都能滿足以上條件，當然也有例外，企業未按照法律、行政法規或者委託代徵協議規定履行代扣、代收、代徵義務的；或因企業自身原因，沒有確認“退付手續費核對”結報單，視同放棄的。
四、收到的退付手續費，是否還需要繳納相關稅費？
1、手續費返還是否需要繳納增值稅
“收到退付的手續費”是否要繳納增值稅，各地對政策的理解不一，稅總和絕大部分地區稅務機關相繼明確認為要徵收增值稅。需要交的地區，代扣代繳個人所得稅的手續費返還應按照“商務輔助服務---經紀代理服務”繳納增值稅。一般納稅人稅率
6%，小規模納稅人徵收率3%。2、個人取得代扣代繳手續費返還是否需要交個稅
① 如果是發給辦理代扣代繳手續的相關人員免徵個稅；
② 如果公司用於其他用途，比如：作為獎金或者集體福利的性質獎勵給非相關人員則應併入員工當期工資薪金計徵個人所得稅。
參考政策：財稅字[1994]20號第二條第五款，個人辦理代扣代繳稅款手續，按規定取得的扣繳手續費暫免徵收個人所得稅。
3、單位取得的個稅手續費返還是否要繳企業所得稅
企業取得的個人所得稅手續費返還需要做為應稅收入，繳納企業所得稅。
五、收到稅務部門返還個稅手續費賬務處理（按繳納增值稅處理）
財行[2019]11號文規定，個稅手續費返還的收入，可用於您單位與“三代”業務直接相關的辦公設備、人員成本、信息化建設、耗材、交通費等管理支出。
賬務處理
企業會計準則
小企業會計準則
收到返還手續費
借：銀行存款
貸：其他收益
應交稅費-應交增值稅（銷項稅額）
借：銀行存款
貸：其他業務收入（營業外收入）
應交稅費——應交增值稅
企業獎勵單位辦稅員
借：管理費用等
貸：應付職工薪酬
借：應付職工薪酬
貸：銀行存款
借：其他業務成本（管理費用）
貸：應付職工薪酬
借：應付職工薪酬
貸：銀行存款
用於其他相關支出
借：管理費用等
貸：銀行存款
借：管理費用等
貸：銀行存款
六、常見問題
1、退付手續費確認提示：無滿足條件的退庫銀行賬號，請先到稅務機關報送銀行賬號？
解決方案：聯繫稅局維護銀行賬號再操作即可。
2、退付手續費中【接收手續費的銀行賬戶】為何沒有需要選擇的賬號？
解決方案：需要聯繫稅局在【存款賬戶賬號報告】中查看銀行賬戶信息是否完善、過期或已更換等，處理完成之後客戶端賬戶才能顯示。
