說起來，《湮滅》的故事並不複雜。
電影《湮滅》講一個有關4個女科學家探索神秘領域最終為國捐軀的故事。女主是生物學教授莉娜，她的丈夫是特種兵叫凱恩。
三年前，小行星撞地球，“閃光”包圍了福羅裡達州某海灘附近的燈塔，並形成了巨大的，彩色泡沫般的保護層。
三年以來，這一區域不斷擴大，政府也派遣了一隊又一隊探險隊深入禁區“區域X”一探究竟，卻都是有去無回。唯一生還的是女主角莉娜（娜塔莉·波特曼 飾）的丈夫凱恩。
迴歸後的凱恩已身患絕症，多重器官衰竭，面臨生命危險。身為生物學家的莉娜決定和其他4位女科學家一起，進入閃晃區域，揭開丈夫患病的秘密。
在閃晃區域中，他們目睹了人類、動物、植物在“閃光”作用下基因變異的奇景，成員也因為各種原因相繼死亡。
最後，莉娜隻身來到了海邊的燈塔，並在其中見到了來自外星的能量團。 並且得知自己的丈夫已經死了，在基地中的“凱恩”是假的，只是複製人，這時莉娜的基因也被能量團瞬間複製，一個外表、動作、思維、記憶完全同步的“複製人莉娜”產生。
結尾，閃晃區域在白磷爆炸的火焰中化為灰燼，只有“莉娜”一人孤身生還。這時的莉娜究竟是人類還是能量團創造的複製人。這也是觀眾們心中的終極疑惑，當然這也是導演留給觀眾的終極疑問。也許導演還會拍《湮滅》第二部，答案也許就會揭曉。
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