關於尼安德特人的滅絕，人們普遍認為與智人密切相關，二者在對抗和融合中，尼安德特人最終在大約4萬年前消失了。但是，來自荷蘭的古人類學家們將目光轉向近親繁殖造成的嚴重後果上，提出近親繁殖及女性生育人數的驟減是尼安德特人滅絕的直接原因。
為了研究尼安德特人滅亡的原因，研究人員模擬了他們的種群在1萬多年裡的生存情況，考慮了三個不同的因素：
首先是近親繁殖，這損害了種群的健康。第二種是所謂的“阿利效應”(Allee effect)，在這種效應中，由於配偶選擇有限，種群數量很少，沒有足夠的人來捕獵、保護其他動物的食物、撫養群體的孩子。第三個因素是出生率、死亡率和性別比的自然波動。這些模型顯示，尼安德特人不太可能僅通過近親繁殖而滅絕。但是近親繁殖加上阿利效應和種群的其他自然變化可以實現滅絕。當現代人到來時，尼安德特人的數量在1萬到7萬人之間。
尼安德特人在跟現代人接觸後迅速消失了，雖然他們只把至多2%的基因留在了現代人身上，可這並不代表他們是演化中的失敗者。我們會的，他們都會，並且掌握的比我們早幾萬年，如果不是一系列陰差陽錯，說不定現在還是他們的天下。
一種理論認為，尼安德特人的滅絕是因為他們無法與現代人類相競爭，現代人類擁有智慧大腦和更復雜精密的工具，因此能夠獲得相對較為稀缺的資源，例如食物。而其它科學家則認為尼安德特人可能更易受到氣候變化的影響。
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