蒙哥統治時期，蒙古人發動了一次對西南亞的遠征，蒙古汗國的大軍像滾滾波濤一樣，第二次洶湧而來。
蒙古第三次大徵
蒙古再次來臨，暗殺派的覆滅
1256年，成吉思汗的孫子、蒙哥的弟弟旭烈兀，統率大軍，渡過阿姆河，向波斯挺進，在花拉子模國的廢墟上建立起來的各個小王國，被這支大軍掃蕩得一乾二淨。波斯和高加索的一些小國，紛紛投降，只有馬贊蘭地區的暗殺派，據守各個城堡觀望。
旭烈兀
11月，旭烈兀大軍到達麥門迪茲要塞，曉諭當時住在要塞內的暗殺派首領魯鏗丁，若五日內投降，保證全堡人員安全，魯鏗丁採納著名天文學家突尼斯人納綏爾丁等人建議，率眾出降，旭烈兀命魯鏗丁轉諭暗殺派其他城堡守將歸順，100多個大小城堡相繼投降，悉被搗毀，一個不留。
12月，蒙古軍攻克暗殺派的大本營阿拉木圖堡壘，將其夷為平地，堡內財物被劫掠一空，所有建築被徹底破壞。旭烈兀與魯鏗丁一道回到哈馬丹，隨之，派使者到敘利亞，曉諭敘利亞的暗殺派諸城堡，令其獻堡歸降。旭烈兀利用魯鏗丁蕩平暗殺派勢力後，即欲除之，以絕後患。魯鏗丁在去朝見蒙哥汗途中，被旭烈兀派遣的護送軍校殺害。
阿拉伯貴族
旭烈兀又將暗殺派人員分給各營，下令悉數斬殺，一個不留，雖在襁褓者，亦不幸免，其餘各地的暗殺派，也被同樣處置，殘存無幾。這個有令必行，隨處刺殺，一度在各地的國王和平民中造成恐怖的極端派別，受到了致命打擊。
暗殺派既滅，蒙古軍下一個征服的目標就是巴格達了。旭烈兀致書哈里發穆斯臺耳綏木，責備他未應旭烈兀之請，合擊暗殺派。旭烈兀警告哈里發，不要以拳頭去碰鐵錐，不要把太陽當作燈火，他要哈里發拆除巴格達城牆，填平城壕，納款投降，以保人民和軍隊安全，否則，蒙古軍攻入城內，必貽後悔，哈里發支吾其辭。
兵圍巴格達，最後的抵抗。
1258年1月，蒙古大軍團團包圍了巴格達，旭烈兀的拋石機，對首都的城牆進行了有效的攻擊，有一個堡壘被打開一個缺口。旭烈兀有一個夫人是基督教徒，因此哈里發派景教教長陪同大臣阿勒蓋米出城，談判停戰條款，但被旭烈兀拒絕，後來，他們提出警告，引證先例，說膽敢侵犯和平城或危害阿拔斯哈里發王朝者，將遭遇可怕的命運：
“如果殺害哈里發，全宇宙就要陷於紊亂，太陽就不露面，雨水就要停止，草木就不再生長。”
然而，旭烈兀對這些警告置之不理。
2月10日清晨，對於阿拔斯王朝來說，是一個不幸的日子。蒙古軍終於破城，蜂擁而入，哈里發及其屬下全體官員只得前來投降，但為時已晚，他們全被監禁起來。巴格達蒙受了一場空前的浩劫，蒙古軍瘋狂燒殺劫掠七日，居民被害者數十萬人，許多藝術珍品和華麗建築遭到焚燬，和平城內無和平，一片廢墟，遍街遍巷的屍體，數週無人掩埋，惡臭熏天，瘟疫蔓延，旭烈兀被迫撤出城去，好幾天之後才重新進城。
旭烈兀可能打算把巴格達留做自己的駐紮地，因此，沒有像對其他城市那樣，加以徹底破壞，夷為平地。景教的大主教受到特別的優待，某些學校和清真寺倖免於破壞，並得到修復。蒙古人規定在聚禮日的祈禱詞中不能提及任何哈里發的名字，這在穆斯林世界史上是破天荒的事件。
2月20日，阿拔斯王朝末代哈里發穆斯臺耳綏木被裝入袋內，縱馬踏死，歷時500餘年的阿拔斯王朝遂告滅亡，阿拉伯帝國也隨之壽終正寢。
阿拉伯帝國也曾是一個龐大帝國
滅亡的背後
阿拉伯帝國的滅亡，有其深刻的內在原因和外在因素。首先是政治上的分裂和離心。阿拉伯帝國是一個由軍事征服起家的地跨歐亞非三大洲的龐大帝國，內部矛盾重重，紛爭不已。最初的征服，有些是有名無實的，在這些草率的、不完全的征服之中，早已種下地方分權和群雄割據的禍根。阿拉伯人與非阿拉伯人之間，阿拉伯穆斯林與新穆斯林之間，穆斯林與順民之間，都存在著不可逾越的鴻溝。
- 內部不和
在阿拉伯人內部，南方人與北方人之間舊有的隔閡始終存在。無論伊朗的波斯人、東方來的突厥人、含族的柏柏爾人，都沒有跟閃族的阿拉比亞人結合成一個純一的整體。伊朗人念念不忘他們的古老的國家的光榮，從來沒有服從新的政治制度，柏柏爾人隨時準備擁護任何分裂運動，顯示出強烈的部族情感和異族觀念，敘利亞人在漫長的歲月中，總是期望有一個蘇福揚人起來，把他們從阿拔斯王朝的束縛中解放出來。
伊斯蘭教內部的離心力並不亞於政治和軍事的力量，這種強大的離心力十分活躍，分離並建立了一系列新的教派，如什葉派、伊司馬儀派、蘇非派、德魯茲派、哈瓦利吉派、暗殺派，等等。這些集團中有許多不僅是宗教派別，而且是強大的政治軍事力量，它們掀起一次又一次的狂風巨浪，對帝國發起一次又一次的震撼和衝擊，阿拉伯帝國被撕裂得七零八落。
其次是經濟上的破壞和衰退。橫徵暴斂和專為統治階級謀私利的地方政治，都削弱了農業和工業，統治者日益富足，廣大民眾卻日益貧困，二者適成反比。連年累月的流血戰爭，耗盡了人力，以致許多耕地變成了荒地，下美索不達米亞的洪水氾濫，定期造成巨大破壞，帝國各地的饑荒，又加重了災難的危害性。
- 天災不斷
在鼠疫、天花、惡性瘧疾和其他熱病的面前，中世紀的人們束手無策，坐以待斃，這些傳染病時常流行，使許多廣大地區的人口大量減少，自阿拉比亞人征服亞非地區400年以來，阿拉伯語的編年史上，記載了40次以上比較重大的傳染病的流行。國民經濟的衰退，自然造成文化的衰退和創造性思想的窒息。
- 制度淪喪
再次是社會道德上的墮落和淪喪。由於社會生活的腐敗，阿拉伯人的精力和道德都遭到了破壞，征服者的血液為被征服者的血液所沖淡，皇室裡漫無限制的偏房、無數的異母兄弟和異母姊妹，不可避免地引起種種嫉妒和陰謀，再加上豪華的奢侈生活，經常的飲酒歌唱，這種種因素耗盡了家庭生活的元氣，難免產生一代比一代懦弱的王室子嗣。帝國內閹人、納妾、蓄奴瀰漫盛行，男性頹廢，女性墮落，社會道德日益淪喪。
- 異族強大
最後是外族的入侵和征服。阿拉伯帝國後期，外族入侵不斷，帝國命運多舛，不絕如縷，先是波斯布韋希人和塞爾柱突厥人對帝國心臟的挾持，接著是十字軍在帝國西部的肆意蹂躪，最後是蒙古鐵蹄的馳騁橫掃。
曾將阿拉伯帝國踩在腳下的塞爾柱帝國
以遊牧為業的蒙古人，剛剛從原始社會過渡到國家組織，國勢興旺，兵源廣闊，保有視掠奪為榮耀的氏族遺風，作戰驍勇強悍；蒙古騎兵，給養簡單，行軍時羊群隨後，飢食羊肉，渴飲馬乳，人有數馬，輪流乘騎，來如天墜，去如電逝，很難防禦；加之從漢族學會使用炮火和飛火槍等先進軍事技術，如虎添翼；成吉思汗和旭烈兀均長於戰術，善於用兵，常常出奇制勝。因此，阿拉伯帝國這位垂暮老人，難免喪生於蒙古鐵蹄之下。
雖然鋪天蓋地的蒙古風暴給搖搖欲墜的阿拉伯帝國以最後的一擊，最終將其徹底埋葬，但它實際上只不過起了推動作用。阿拉伯帝國滅亡的根本原因，如上所述，是其自身的政治、經濟和社會諸因素長期綜合作用的結果，正如希提所說：“跟西方的羅馬帝國類似的情況一樣，在病人已經氣息奄奄，命在旦夕的時候，強盜們才明火執仗地打進門來，把帝國的遺產搶得一乾二淨。”
阿拉伯帝國遭到了蒙古人的毀滅，然而，跟塞爾柱人的先例完全一樣，在穆斯林武力失敗的地方，他們的宗教得勝了。在阿拉伯帝國廢墟上建立起來的蒙古伊兒汗國，最終承認伊斯蘭教為國教，重新高舉起伊斯蘭教的旗幟，這一旗幟後來又被奧斯曼土耳其人接了過去。伊斯蘭教能夠在中世紀迅猛地傳播到世界各地，成為最年輕而又最富活力的世界宗教，這一蓋世功勞，不能不歸功於阿拉伯帝國。
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