新疆地處中西交通要道，歷史上我國曆代王朝都十分重視這一地區的開發和治理，以利加強中原和西域的聯繫，因而，歷代中原王朝總是儘可能的在西域設置派出機構，兩漢的西域都護府就是中央王朝派駐西域的軍政管理機構，而作為駐地的治所往往是政治、經濟和文化領先的地區。
公元前60年（西漢神爵二年），西域歷史的進程出現了巨大轉折，即天山南北、巴爾喀什湖以東和以南，蔥嶺以東諸國皆歸屬於西漢王朝的治理之下，自此，新疆已成為我國領土不可分割的組成部分，西域諸國“自譯長、城長、君、監、吏、大祿、百長、千長、都尉、且渠、當戶、將、相至候、王，皆佩漢印綬”。
漢在西域（新疆）設立西域都護府管理機構，其最高軍政長官是“都護”，由朝廷直接委派，都護下有付校尉、戊己校尉、丞、司馬、候等文武職官，西漢第一任都護始於鄭吉，其都護府治輪臺的烏壘城。
史籍所載，第一任都護鄭吉至王莽時止，前後繼任者共十八人。其中較有名者：鄭吉（公元前60-前49年）、韓宣（公元前48——前46年）、甘延壽（公元前36——前34年）、段會宗（公元前33—前31年）、廉褒（公元前30—前28年）、韓立（公元前21—前19年）、郭舜（公元前12—前10年）、孫建（公元1—3年）、但欽（公元4—13年）、李崇（公元16—23年）。
東漢王朝時，西域曾“三絕三通”，都護亦曾二度廢置，公元73年（東漢永平十六年），班超隨軍進西域，定樓蘭（鄯善）、于闐、守疏勒。歷假司馬、軍司馬、長史。公元91年，“龜茲、姑墨、溫宿皆降，乃以超為都護，徐幹為長史”。班超任西域都護時，府治龜茲它乾城，有學者研究，它乾城位於渭幹河西岸，新和縣境的玉奇喀特鄉，班超曾派甘英出使大秦（羅馬），行抵條支（阿拉伯國家）諸國，“臨西海而還”。
班超在西域達三十年，任都護十一年，公元102年8月奉召回洛陽，公元123年（延光二年），朝廷接納了敦煌太守張當、尚書陳忠建議，委派班超之子班勇為“西域長史”，屯駐柳中（高昌東南），龜茲、疏勒、于闐、莎車諸國隨即來歸附，恢復了一度中斷的宗主權關係，自此西域長史節制西域諸國的經營機構一直到魏晉。
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