新疆地处中西交通要道，历史上我国历代王朝都十分重视这一地区的开发和治理，以利加强中原和西域的联系，因而，历代中原王朝总是尽可能的在西域设置派出机构，两汉的西域都护府就是中央王朝派驻西域的军政管理机构，而作为驻地的治所往往是政治、经济和文化领先的地区。
公元前60年（西汉神爵二年），西域历史的进程出现了巨大转折，即天山南北、巴尔喀什湖以东和以南，葱岭以东诸国皆归属于西汉王朝的治理之下，自此，新疆已成为我国领土不可分割的组成部分，西域诸国“自译长、城长、君、监、吏、大禄、百长、千长、都尉、且渠、当户、将、相至候、王，皆佩汉印绶”。
汉在西域（新疆）设立西域都护府管理机构，其最高军政长官是“都护”，由朝廷直接委派，都护下有付校尉、戊己校尉、丞、司马、候等文武职官，西汉第一任都护始于郑吉，其都护府治轮台的乌垒城。
史籍所载，第一任都护郑吉至王莽时止，前后继任者共十八人。其中较有名者：郑吉（公元前60-前49年）、韩宣（公元前48——前46年）、甘延寿（公元前36——前34年）、段会宗（公元前33—前31年）、廉褒（公元前30—前28年）、韩立（公元前21—前19年）、郭舜（公元前12—前10年）、孙建（公元1—3年）、但钦（公元4—13年）、李崇（公元16—23年）。
东汉王朝时，西域曾“三绝三通”，都护亦曾二度废置，公元73年（东汉永平十六年），班超随军进西域，定楼兰（鄯善）、于阗、守疏勒。历假司马、军司马、长史。公元91年，“龟兹、姑墨、温宿皆降，乃以超为都护，徐干为长史”。班超任西域都护时，府治龟兹它乾城，有学者研究，它乾城位于渭干河西岸，新和县境的玉奇喀特乡，班超曾派甘英出使大秦（罗马），行抵条支（阿拉伯国家）诸国，“临西海而还”。
班超在西域达三十年，任都护十一年，公元102年8月奉召回洛阳，公元123年（延光二年），朝廷接纳了敦煌太守张当、尚书陈忠建议，委派班超之子班勇为“西域长史”，屯驻柳中（高昌东南），龟兹、疏勒、于阗、莎车诸国随即来归附，恢复了一度中断的宗主权关系，自此西域长史节制西域诸国的经营机构一直到魏晋。
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