事业单位全面实行“聘用合同制”管理，自然根据合同约定的内容、责权利不同，相应的人事关系、劳动关系就会有不同。不像党政机关公务员那样，是按照《公务员法》来规范，一是一二是二，容不得半点差异，即使是够条件，工资待遇编制什么的都和公务员一样，也在公务员岗位工作，但因为某些硬件不够资格，就不是公务员身份。
在事业单位，从大的方面来分，就分为正式职工和非正式职工，也就是编制内管理人员和编外人员。虽然都是合同制，编内的正式职工，虽然也是三年五年一签合同，但这种合同只是程序性的，只要考核合格，没有犯错误，就不会被辞退或者开除，端的依然是“铁饭碗”。编外人员就不一样了，虽然也是签的合同，却有各色各样的：和用人单位签订劳动合同关系的叫合同工，用人单位支付费用和劳务派遣公司签订合同的叫劳务派遣工，虽然都是编外人员，虽然都是临时工，但一个和事业单位直接发生劳动关系，工资待遇、劳务纠纷什么的都是由事业单位直接负责的，而劳务派遣工由不同，是和劳务派遣公司发生直接关系，虽然在事业单位的岗位上工作，但工资待遇、五险一金、劳动纠纷等，都是由劳务派遣公司负责的，和事业单位没有什么直接关系，相对事业单位的合同工，还更没有保障。
事业单位的正式职工中，还有一种是备案制人员。虽然也是正式职工，也是通过分配、招考进来的，但由于单位性质不同，使用的编制性质也不一样。比如在事业单位分类改革中，高校和县级以上公立医院，就明确保留事业单位性质，取消编制使用，实行备案制管理。无论是原来使用编制的老职工，还是改革以后招考、聘用的新人员，都有资格使用这种备案制编制，从此以后没有正式工临时工合同工的说法。备案制编制，其实并不是真的编制类型，只是这些事业单位根据实际需要，设立岗位和编制，只需要报同级编制部门备案即可。既不用编制部门分配编制使用，增加减少也不受编制部门限制，自主权完全在用人单位自身。
还有一种备案制管理的编制类型，叫自收自支编制。在事业单位，有生产经营收入的事业单位，有的被定性为自收自支事业单位，使用的也是自收自支编制。自收自支编制是地方政府根据自身需要，自行核定、自行供养、自行管理的事业编制类型，也是只需要向上级机构编制部门备案即可。过去，自收自支编制是被承认的事业编制分类形式，也是地方政府补充正式编制不足的一种有效方式。地方政府自定编制除自收自支外，还有自定、自筹两种编制，这两种编制纯粹不受编制部门管理，由地方政府自行核定使用，也不向上备案，这一点是和自收自支编制彻底不同，因而也不被划入事业编制分类之中。自定自筹类编制早已经撤销不再使用，自收自支编制随着事业单位分类改革，生产经营类事业单位改企，也被要求撤销不再使用。
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