三、明末氣學三大家
明末清初，儒家哲學發生了重大的轉變，由注重對世界觀認識論的務虛探索轉變為注重訓詁博雅和通經致用的務實研究。這一轉變最初由明末的氣學家顧炎武開始。顧炎武從小就受到教誨“士當求實學，凡天文、地理、兵農、水火及一代典章之故，不可不熟究”。之後明朝滅亡他痛感儒生之無用，而投入國家治亂的探索，並加入抗清鬥爭。抗清失敗後他轉而遊歷著述，有豐碩的成果存世。在學術上他涉獵經學、史學、方誌、地理、文字、考古、詩文等，著述豐富，成就卓越，對整個清代儒學產生了極大的影響。《日知錄》是其代表作，為清代儒生必讀之作。政治方面他反對君主獨治，主張天下眾治，強調輿論的作用，這些主張都為清末資產階級革命所繼承，為推翻清朝起到重要作用。
顧炎武涉獵廣泛成就卓越，但他對心學思想的偏見是把氣學最終引入考據的死衚衕的原因之一
在哲學思想方面，顧炎武繼承了氣學的世界觀，但卻對哲學問題不感興趣。他出身官僚家庭，對明末盛行主張士農商平等、重視下層民眾的泰州學派極端仇恨。他認為是理學和心學的務虛導致了明朝的滅亡，這就導致了他在思想上的偏見和矛盾，最終導致他只注重學問研究的特點。他對心學尤其反對，認為心學是“空談誤國”，與魏晉玄學一樣大逆不道，他反而認為某種意義上理學有利於禁錮思想，有利於長治久安。豈不知東漢將經學神化以愚弄人民，玄學用狂放清談破除之，元明用理學教條愚弄人民，陽明泰州強調人的主體性以破之，兩者都有重要的歷史意義。當然在具體學問上，他不主張扶植只重四書的明代理學，應該恢復紮紮實實的經學研究以取代理學，於是經他而始開啟了清朝經學的考據之風，將氣學最終引入了死衚衕。
黃宗羲的學問跨心學、氣學兩家，又是史學大家
明清之際另一位氣學家是被稱為清代“史學之祖”的黃宗羲。黃宗羲跨心學、氣學兩家，在意識形態領域他傾向於心學的反抗精神與批判精神，在學術領域他屬於氣學，崇尚實在的能夠經世致用的學問。這種跨界使他成為明清之際一位特殊的儒學大師。
黃宗羲主張重大國是要給交太學討論，太學要參政議政，太學領袖與宰相平等，太學有議會的作用
與顧炎武類似，明亡之後他同樣投入反清起義，堅持八年後失敗，轉而投入著述和講學之中。其在政治著作《明夷待訪錄》中猛烈批判君主專制，主張統一貨幣和工商皆本，提出了初步的民主政治要求，其書被乾隆列為禁書。他在書中抨擊專制的弊端，並設計理想的社會。他說：“為天下之大害者，君而已矣。”他主張“天下為主，君為客”，君臣平等。在治國方面主張恢復宰相設置，重大國是要由太學討論，太學要發揮議政的作用，宰相與太學領袖平等，這就有了議會思想的萌芽。法治方面認為“有治法而後有治人”，認為法治重於人治。在人才方面主張科舉、薦舉、太學、任子（世系）、邑佐（公務員提拔）、闢招（任命）、上書、絕學（專家）八者並用。其中“絕學”指“歷算、樂律、測望、佔侯、火器、水利之類”，這是主張提高科技的地位。在經濟政策方面，主張“工商皆本”，鼓勵工商發展……總之黃宗羲的政治思想具有極其強烈的民主政治氣息，併為清末資本主義革命黨所繼承。
黃宗羲認為文史哲一體，以文補史，以史煉哲，開一代之儒學
在哲學思想領域，黃宗羲則認同氣學，併力圖貫通心學與理學。他認為氣是本體，心和理隸屬於氣，是氣的規律和利用，用氣學統領理學和心學。黃宗羲注重本體論和認識論，而且把他們貫穿於經學和歷史研究中，以期發揮實際作用，認為“經術所以經世，言性命者必窮於史”，開創了清朝史學新風。他認為文史哲是互補統一的，詩文所以補史，經術是對史的提煉和開拓，以史為根底，以哲為極致，二者統一融洽以成文，成為宋明儒學的總結者和清朝儒學的開創者。
近代科學進入中國之後，氣學學者開始嘗試打通科學與哲學的任督二脈
明朝末年，利瑪竇等人將西方科學帶入中國，使得中國自然科學開始走向近代化。這時期不僅出現大量自然科學研究者，還出現了匯通各門學科，並試圖將科學與哲學打通的學者，這種綜合性的研究方式體現了東方研究的特點。方以智就是其中代表。方以智是墨子之後，在王廷相基礎上更加接近近代科學的學者。他提出了“質測通幾”之學，成功的打通了自然科學與哲學，把儒家氣學建立在自然科學的基礎之上，成為一面獨特的理論旗幟。
氣學學者大多學識淵博，天文地理人文社科兼容幷包
明清之際的氣學家因其信奉經世致用的主張，經歷大多相似。方以智在明朝滅亡先後加入南明弘光、永曆政權抗清，因遭排擠而流亡，後來被清朝通緝而入佛門。似乎資本主義啟蒙時代中西都會出現類似達芬奇一樣的博學人物，和顧炎武、黃宗羲一樣，方以智也是學識淵博，“凡天人、禮樂、律數、聲音、文字、書畫、醫藥，下逮琴劍技勇，無不析其旨趣，著書數十萬言”。早年他融匯中西自然科學，著有《通雅》、《物理小識》，為重要的自然哲學作品，後來遁入佛門也力求貫通儒道佛三家，著有《藥地炮莊》、《東西均》等，思想極為深玄超透。
方以智既能夠接受西方近代科學思想，又能客觀認識其不足，能夠貫通科學與哲學
方以智把所有學科分為三大類：質測（自然科學）、宰理（社會政治）、通幾（文化哲學），深得要領。他將三者打通，認為哲學應該以自然科學為基礎，並克服科學的侷限性，這種認識比許多今天的大家還要深刻。在此基礎上他對宋明理學和西學都有所批評，他認為理學“不達其實”，懸在空中；關於西學他認為“泰西質測頗精，通幾未舉”，肯定其科學而否定其神學觀點。他認為儒者應該以氣學世界觀為至道，發展出更加詳備的自然科學來。他的看法一針見血的刺到了西方科學體系的痼疾——始終無法擺脫神學的影響。
方以智的思想是破解當代科學困境的可能性之一
今日中國的科學體系乃效法近代西方科學體系而建立，但是既未有將其神學哲學引進，也沒有建立自己的科學哲學，只是蓋了個馬克思哲學的帽子。中國科學實際和西方科學一樣，正如無頭蒼蠅一般，原地打轉而飛不出去。以方以智為代表的氣學家的氣學哲學理論正是可以填補今日西方科學之所無，本來沿著這條路中國科學水平可以遠遠領先於世界，可惜不僅清朝對其進行打壓，時至今日也無人對此種體系進行重視。
中國人並不缺乏科學理性，中國特定的社會組織結構導致中國社會並不適合近代科學的生長
如果沒有滿清的打斷，心學和氣學的盛行自然會帶動資本主義以及近代科學的出現，如同西方的思想啟蒙和文藝復興。由墨家的墨子到魯勝、劉徽，由儒家的徐光啟到王廷相、方以智，古代中國學者是有接近近代科學的可能性的，中國人也並不缺乏科學理性。如此李約瑟之問，答案呼之欲出：畸形強大的政治奴役了哲學與科學，兩者直到今天都沒有能夠實現真正的自由，自然處處落後。
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