成吉思汗西征後，河中(錫爾河、阿姆河之間地區)及其以西地區被蒙古人征服。蒙古人除了留下一些戰將及軍隊鎮戍當地外，主要委派當地的回回人負責民事管轄。在河中地區主要是牙剌瓦赤、馬思忽惕父子和阿里·火者，在河中以西地區主要是成帖木兒。
不花剌、撒馬耳幹是河中地區最主要的兩座城市。不花剌被稱為“學問的中心”，而撒馬耳幹被稱為“人世間最美的天堂”。成吉思汗西征時，這兩座城市都遭受了巨大的破壞。不花剌整個城區遭到火焚，居民“像大小熊星一樣四散，逃入鄉村，城址則變成平坦的原野。”撒馬耳幹遭到火焚和水淹，“禮拜五清真寺及其中的一切，被今世之火焚燒一空，又受到來世之水的沖刷”，“全城破壞無遺”。
河中的其他城鎮那黑沙不(今烏茲別克斯坦卡爾施)、忽氈(今塔吉克斯坦列寧納巴德)、氈的(今哈薩克克齊爾——奧爾達東南)、訛跡邗(今吉爾吉斯烏支根)、忒耳迷(今烏茲別克斯坦捷爾梅茲)、薛蠻(今塔吉克斯坦杜尚別)等城鎮受到不同程度的破壞。
蒙古人次第佔領這些地方，大多委派效忠於蒙古的回回人進行管轄。公元1218年受成吉思汗委派出使花剌子模的三名使臣：牙剌瓦赤、阿里·火者和哈散哈只，就是被重用的當地回回人。
公元1219年秋，朮赤兵抵昔格納黑(今哈薩克斯坦契伊利東南)，命哈散哈只招降，哈散被當地居民殺害。城破後，命哈散子管理此城政事，他“召集仍在窮鄉僻壤的殘存者”，重建此城。隨後，朮赤攻佔氈的，命不花剌人阿里·火者管理此城，他一直擔任此職至死，照顧當地人的福利，極受敬重。
牙剌瓦赤不僅投奔成吉思汗很早，而且“因其能知城池的緣故”，當蒙古人佔領不花剌、撒馬耳乾等城市後，即命其主持當地的政事。窩闊臺汗即位後重申對牙剌瓦赤的任命。公元1241年，牙剌瓦赤奉調至漢地，任燕京行省大斷事官，河中由其子馬思忽惕主持政務。
牙剌瓦赤父子的政績主要有：第一，醫治戰爭創傷，安撫殘存居民，到公元1259/60年時，“這些州縣在某些方面已達到原來繁榮昌盛的水平，而在另一些方面很接近原來的水平”。第二，採取休養生息政策，廢除苛捐雜稅和強制兵役。例如，牙剌瓦赤“廢除了扯裡克(指非正規軍)和答軍的強制兵役，及種種臨時賦稅的負擔、攤派”。第三，制定“以丁計，出賦調”的賦稅制度。這一制度詳細情況，在蒙哥汗即位後，出任阿姆河等處行中書省長官的阿兒渾提出採用牙剌瓦赤在河中的辦法中有所透露。他們主張“應按丞相牙剌瓦赤在河中採取的方法來徵收，也就是所謂的忽卜綽兒稅，按照它，每人一年的繳納是按他的財富和交納能力來決定，並且在繳納了這個規定的數目後，在同一年內不得再找他，也不得給他別的攤派。”
由此可見，牙剌瓦赤制定的“忽卜綽兒稅”，不僅在察合臺汗國領地的河中，而且在後來屬於伊利汗國的河中以西地區也得到推行。第四，妥善處理了塔剌必起義。公元1238/1239年，不花剌附近的塔剌卜村，有個名叫馬合木的篩匠發動起義，殺死近一萬名蒙古人，後被蒙古軍隊鎮壓。窩闊臺下令把不花剌人全部殺光，在牙剌瓦赤請求下，免去了當地百姓的死罪。第五，馬思忽惕對河中地區社會經濟的恢復和保護。牙剌瓦赤調往中原漢地後，其子馬思忽惕一直任河中總管，察合臺后王阿魯忽任命馬思忽惕為相。當時，諸王互相爭奪河中，河中遭到殘破。
公元1269年，窩闊臺后王海都、察合臺后王八剌、朮赤后王忙哥帖木兒共議息兵，派馬思忽惕巡視河中，恢復農業。馬思忽惕“以其卓越的才能使河中地區繁榮起來，恢復了原先的情況”。但八剌又貪婪地向河中人民徵索苛捐雜稅，搶奪人民財物、牲畜，馬思忽惕諫之。八剌怒其言，笞馬思忽惕七下，後怒息，悟其言之是，依從其諫。之後，伊利汗阿八哈曾於公元1273年遣其將涅古伯侵入不花剌;察合臺后王阿魯忽於公元1275年遣其子殘破不花剌。馬思忽惕再次召集流亡，使河中恢復繁榮。
牙剌瓦赤父子作為蒙古大汗派遣的代表，在河中地區主持民政達半個多世紀，他們在制定休養生息政策、醫治戰亂創傷、發展社會經濟等方面，功不可沒。
在河中以西的呼羅珊地區，成吉思汗西征佔領這一地區後，朮赤曾命哈剌契丹回回人成帖木兒主持政務。成帖木兒用安撫的手法，使尚未歸附蒙古的一些城鎮屈服。窩闊臺汗即位後派綽兒馬罕率三萬軍重新徵服花剌子模。“綽兒馬罕使呼羅珊呈一片騷亂狀態。”花剌子模沙札蘭丁捲土重來，蒙古派往各地的官員被殺。窩闊臺汗再派塔赤兒支援。塔赤兒意欲對當地百姓報復，成帖木兒據理阻止，保護了無辜的百姓。並在與綽兒馬罕、塔赤兒爭奪呼羅珊、禡桚答(今伊朗馬贊德蘭省)中取得勝利。
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