在傳統職能式的企業管理模式下，層級式的企業組織結構一旦確定，就會在長時間內保持不變。由於在這種組織結構中，人與人，人與角色之間的關係是確定的，即下級向上級彙報工作，上級向下級發佈行政命令，每個職能部門有確定的崗位職責，部門內員工的工作重複且單一，因此對應的組織結構模型穩定且僵化。
在柏明頓的客戶中，有一家企業在進行阿米巴組織劃分之前，主要採用功能型組織結構，該公司有下列職能，如：生產部、銷售部、市場部、財務部、研究與發展部、人力資源部等。各部門獨立性很小，均由企業高層領導直接進行管理，即企業實行集中控制和統一指揮。這種傳統的組織結構，其優點是直線管理，一級對一級負責，責權分明，機制簡化，號令統一，便於統一管理，提高了內部專業化程度。同時這種組織結構使得決策權掌握在高層管理者的手中。
但是，當企業外部環境發生了很大的變化，如原有市場利潤率出現下降等，同時企業規模不斷擴大，使這種組織結構的缺陷日漸暴露：高層領導們由於陷入了日常生產經營活動，高層負擔較重，缺乏精力考慮長遠的戰略發展。且行政機構越來越龐大，各個部門橫向聯繫薄弱，各部門協調越來越難，而造成信息和管理成本上升。並且導致各個職能的成員注重部門目標而不是企業的整體目標。若溝通不利則導致部門間的矛盾，並使工作效率受到影響。
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