朱元璋大殺功臣是為了鞏固明王朝的統治，人們只看到了他大殺功臣並沒有看到驕兵悍將的危害，建國後他們自恃功高，做出了太多太多違法亂紀的事，對百姓的危害太大了。還有很多將領意圖謀反，嚴重威脅了明的統治。雖說大殺功臣有錯，但他內心是真正為了百姓不再受戰亂之苦。私心肯定有，但從他後來的施政舉措看確實是位愛民的好皇帝。
朱元璋在明王朝建立後，從政治、經濟、軍事等許多方面做了一系列的整頓和改革，進一步強化了中央集權制度。
在政治上，朱元璋空前加強中央集權，洪武九年（公元1376年），廢除了元代行省制度，在全國設置了13個承宣布政使司，設布政使司，都指揮使司（錦衣衛），提刑按審使司分管行政、軍事和司法。這三個部門合稱“三司”，統屬中央省轄；洪武十三年（公元1380年）借胡惟庸謀反案，對中央機構進一步改革，革除中書省和廢除丞相一職，由六部分理政務，聽命於皇帝，在政治上增強中央集權。同時朱元璋分封諸皇子為王，使其“屏藩皇室”。朱元璋實行分封制度的目的，一是在於加強對北方蒙古的防禦，一是為了防止朝中奸臣篡奪皇位。朱元璋規定諸王可以“移文取奸臣，舉兵清君側”。同時為防止諸王跋扈難制，朱元璋又允許後世皇帝在必要時可以下令“削藩”。從而為後來的皇位之爭埋下了禍根。
在吏治上，朱元璋大力整頓吏治，制定嚴刑峻法，對貪官汙吏的懲治採取了空前絕後的嚴酷手段。《大明律》規定凡是發現有貪贓害民的官吏，百姓可以直接擒拿送至京師。若是有敢阻擋者，即行滅家滅族。凡是監守自盜倉庫錢糧等物者，若贓至六十兩銀子以上者，一律斬首示眾，並處以剝皮之刑。他把府、州、縣衙門左面的土地廟作為剝人皮的場所，稱為皮場廟。又在官府公座的兩側各懸掛一個塞滿草的人皮袋，使辦公的官員隨時提心吊膽，不敢再犯法。他還採用挑斷腳筋、剁手指、砍腳、斷手、鉤腸、割生殖器等酷刑。洪武十五年（1382年）朱元璋為加強中央集權統治設立錦衣衛，作為皇帝侍衛的軍事機構，並特令其掌管刑獄，賦予巡察緝捕之權，下設鎮撫司，從事偵察、逮捕、審問活動，且不經司法部門，以此朱元璋先後懲辦了不少貪官汙吏。如僅在洪武九年（1376年），將有罪官吏發往安微風陽屯田者，即至萬餘人。在其所處理的一系列貪汙案件中，最為突出的是郭桓案。郭桓官至戶部侍郎，徵收浙西秋糧貪贓枉法，洪武十八年（1385年）事發，結果被追贓糧七百萬石，六部左、右侍郎以下的官均被處死，供詞牽連到各布政司的官吏，被殺者又有數萬人，追贓還牽連到全國許多富戶，以致中產之家大抵皆破產。像這樣地使用嚴刑峻法懲治貪官汙吏和如此大規模地誅殺貪官汙吏，可以說從古以來所未有。
在經濟上，朱元璋採取與民安息的政策，普查戶口，清丈土地，建魚鱗圖冊，興修水利，推行屯田，獎勵農耕，減免賦稅，使疲憊的百姓得以休養生息，有利地推動了社會生產的恢復和發展，使得國家的租稅額比元朝增加了三倍之多。洪武二十六年的統計數字，明初全國戶數增長近10倍，耕地面積擴大4倍，農業、工業、手工業都有較快發展，明初的15年中，新墾田數共達1.8億多萬畝，佔當時全國可耕地的一半。
在軍事上，朱元璋改大都督府為五軍都督府，在全國設立衛所制度，將軍權也集中於上。
在司法上，朱元璋了設立大理寺，都審院，刑部，合稱三法司，主管刑獄之事。通過這些改革，朱元璋集大權於一身，有利於明初政治的統一和政權的鞏固。
在水利上，朱元璋十分注重水利工程的整治和興修。明初共修陂渠，堤岸5000多處；疏浚河道4100多條；開掘堰塘4.09萬多處。
朱元璋屢興大獄，大殺功臣。其中最大的兩次是胡惟庸案和藍玉案。胡惟庸是左丞相，深得朱元漳的寵信，因而權勢日盛，遂專權跋扈，不知自忌。如朝中有人命生死及官員升降等大事，往往不奏徑行。凡內外諸衙門上奏章，有不利於己者，輒匿不奏聞。一時四方鑽營之徒及功臣武夫失職者，莫不爭投門下。洪武十三年（1380年），朱元璋以擅權枉法的罪狀殺了胡惟庸，又殺御史大夫陳寧、御史中丞塗節等數人。十年之後，到洪武二十三年（1390年），朱元璋又以胡黨為題大開殺戒。於是太師韓國公李善長被賜死，家屬七十餘人被殺。同時被殺者，又有陸仲亨等列侯多人。總計先後株連蔓延被殺者共三萬餘人。
藍玉是功勳卓著的大將，被封為涼國公，同樣不知自忌，侵佔民田，鞭打御史。又北征歸來，夜扣喜峰關，關吏不即開門，遂縱兵毀關而入。洪武二十六年（1393年），藍玉被告謀反，朱元璋也將他殺了，連坐被族誅的有一萬五千人。所有勇武的元功宿將幾乎在這一案中被殺光。在兩案之外，開國功臣死於非命的還有不少。明朝開國功臣僥倖得以善終者，惟有湯和、耿並文等寥寥數人。
朱元璋可說是位賢君，其大力打擊貪汙，恢復經濟著眼，歷史記載朱元璋是少見勤政的皇帝；
洪武三年（1370年），殺中書左丞楊憲。
洪武六年（1373年），朱元璋鑑於開國元勳多倚功犯法，虐暴鄉閭，特命工部製造鐵榜，鑄上申戒公侯的條令，類似戰國時代的“鑄刑鼎”，已經隱約透露了日後屠戮的信號。後來的胡惟庸案實際上成為朱元璋整肅功臣的藉口。
洪武八年（1375年），德慶侯廖永忠因僭用龍鳳諸不法事，賜死。廖曾沉船淹死小明王，為朱元璋稱帝掃清障礙。劉伯溫蹊蹺病逝。劉曾參與暗害小明王的密謀。
洪武九年（1376年），空印案發。
洪武十二年（1379年），貶右丞相汪廣洋於廣南，旋賜死。
洪武十三年（1380年），誅殺左丞相胡惟庸。
洪武十五年（1382年），設立錦衣衛，加強明朝特務統治。
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