因明武宗无子，皇爷爷明孝宗朱佑樘的侄儿朱厚熜入嗣大统，是为明世宗。明世宗登基前后，因时任内阁首辅杨廷和、礼部尚书毛澄等权臣引宋濮安事强令世宗皇帝尊亲生父母为皇叔父母，导致“大礼议”之争。最终明世宗扫灭宦官和权臣势力，总揽朝纲。
明世宗信奉道教，信用方士，为求长生不老，要以"吸风饮露之道"成仙，命宫女们凌晨即往御花园中采露，导致大量宫女因之累倒病倒，杨金英等十数名宫女趁明世宗熟睡之际企图用黄绫将其勒死，一个胆小的宫女因害怕，报告给方皇后。方皇后赶到，将宫女们制服、并下令斩首，首犯凌迟处死。明世宗时期外患不断，戚继光与俞大猷平定浙闽粤等地的倭寇，为隆庆开关奠定基础。
朱厚熜剧照
明世宗驾崩，皇太子朱载垕即位，即明穆宗。明穆宗即位后启用老师张居正，隆庆初年，位处执政之首的世宗旧臣徐阶策动朝官弹劾高拱，高拱辞官回乡。高拱亦不甘示弱，一年后策动朝官弹劾徐阶，徐阶被迫退休。
几年后穆宗因中风突然驾崩，年仅十岁的皇太子朱翊钧继位，是为神宗，改元万历。张居正联合司礼监掌印太监冯保歪曲高拱想专权，神宗将高拱免职，以张居正取代他的位置。张居正辅政期间，裁撤冗官，抑制豪强，改革赋役，重用抗倭名将戚继光总督蓟、昌、保三镇练兵镇守长城，使边境安然。张居正还启用潘季驯治理黄河，变水患为水利。史称万历中兴。张居正是明代唯一生前就被授予太傅、太师的大臣，于万历十年病逝。
朱翊钧剧照
张居正死后，二十岁的神宗才得以亲政，便在民间大选嫔妃，一天就娶了“九嫔”。不过神宗主持了著名的“万历三大征”。先后在明王朝西北、西南边疆和朝鲜展开的三次大规模军事行动，巩固了汉家疆，但军费消耗甚钜。
万历十四年底，朱翊钧开始沉湎于酒色之中。由于神宗从小受张居正的严格教育导致了逆反心理，查抄了冯保、张居正的家产，就让太监张诚全部搬入宫中，归自己支配。张居正的改革措施被废除，复职张居正革除的冗官，神宗日夜纵酒，醉怒杀人。为了掠夺钱财，他派出宦官担任矿监税使，到处敲诈勒索，搜括民财，民怨四起。
张居正剧照
当时王恭妃生子常洛，郑贵妃生子常洵。恭妃王氏是太后的侍女，神宗探望慈圣太后时索水洗手，私下临幸了王氏，碍于面子秘而未宣，太后问起才承认，之后生下皇长子，王氏被封为恭妃。
当时因郑贵妃得宠，神宗想违背"立嗣以长"的祖训，册立朱常洵为太子，遭到东林党的反对，神宗借口皇后无子嗣，迟迟不立太子。神宗因立太子之事与内阁争执，索性不出宫门、不理朝政、不郊、不庙、不朝、不见、不批、不讲，引发了长达十五年的建储之争，激化朝内党争。万历二十九年神宗不得已册立朱常洛为太子，朱常洵为福王。
福王也没有就任藩地，而是留居京城，皇帝谁都不见，可是对福王却朝问昔答，就这样又过了十年。有个叫张差的人，手持木棒闯入太子的居所--慈庆宫，并打伤了守门太监。张差被审时，供出是郑贵妃手下太监庞保、刘成引进的。时人怀疑郑贵妃想谋杀太子，篡夺太子之位。事涉郑贵妃，郑贵妃一再指天发誓，自明无他。神宗没有细查，以疯癫之罪公开杀死了张差，并密杀了庞、刘二太监，神宗一反常态，二十五年来第一次召见大臣，宣布他的命令，将此案草草收场，福王只好离京就藩。张差梃击案背后主使是不是郑贵妃已无定论，也有人怀疑是太子自演自导的一出苦肉计，目的是借此陷害郑贵妃。而梃击案真相究竟如何，恐怕无人知晓了。梃击案遂成为晚明三大疑案之一。
由于矿监税使横征暴敛，天灾不断，人民不堪重负，万历二十七年山东、湖广等地发生暴动，二十九年江南、江西、云南等地暴动，神宗也只翻看奏折而不理。 北方努尔哈赤统一女真各部后于赫图阿拉称汗，建立后金政权，公开与明为敌，以杀祖杀父之仇“七大恨”告天，南下伐明，势如破竹。
后金攻克抚顺后，神宗才令兵部调十万人，谎称四十七万。国库空虚，军饷不足，神宗不愿自己出钱，于是追加天下田赋，三年三增。“萨尔浒之战”明军伤亡惨重，后金实力大增，由此明朝变攻为守。
神宗是明朝在位最长的皇帝，却将大明弄得一塌糊涂，万历四十八年七月，神宗驾崩，八月其长子朱常洛登基，为明光宗。
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