明代中後期，在面對西學輸入時，中國知識分子從實用主義出發，學習西方的科技，而對於西方科技背後的人文精神和制度背景較少探究，或者一時難以接受。雖然出現了對於儒家正統思想的反思甚至批判，但無論怎樣，他們都沒能走出傳統的窠臼，形成中國的啟蒙運動。
《萬曆十五年》因《人民的名義》而再次走紅。中國明朝萬曆年間（1573年9月4日-1620年8月18日）的確是中國歷史上一個重要的時期，在這一時期，發生了思想上的古與今、中與西的交鋒。
何心隱的烏托邦
16世紀，幾乎與莫爾發表《烏托邦》的同時，中國也出現了一次烏托邦實驗。
何心隱，原名梁汝元，屬於泰州學派。泰州學派的創始人為王陽明的弟子王艮，但是由於王陽明突然去世，對自己的學說沒來得及充分闡釋，泰州學派屬於王學正統還是末流存在爭議。何心隱師事王艮的再傳弟子顏鈞，他繼承了王艮的烏托邦理想，並以行動而為之奮鬥。
何心隱的第一步行動是“齊家”。嘉靖三十二年（1553年），何心隱獻出全部家產，在家鄉建立了一個主張自由、平等、共和的社團，取名為“聚和堂（亦作萃和堂）”。在這個堂裡，財產共有，教育免費，國家賦稅由聚和堂按全體田畝數計算統一交納。堂裡所有人有福同享、有難同當、老有所養，理想是“天下為公、世界大同”。經濟上，聚和堂組織嚴密、分工精細，實行小農經濟的合作化經營。管理上，聚和堂設率教（校長）一人、率養（總務長）一人、輔教（教員）三人、輔養（總務）三人，下面又設維教（助教）、維養若干人，這些人分別掌管行政、教學、生活等問題。
中國古人非常重視人倫，人倫也是儒家倫理學說的一個基本概念。
何心隱還對中國古代社會的人倫關係——五倫發起了攻擊。五倫為君臣、夫婦、父子、兄弟、朋友，形成了一種家國同構的倫理模式。而何心隱的烏托邦是要破除家庭私有制，因而他獨重朋友關係，希望以個體為基礎，由下而上建立新道統。何心隱“人人平等”的主張吸引了許多士子。
嘉靖三十八年，正當聚和堂“行之有成”的時候，永豐縣令強迫人民在賦役之外繳納銀兩，遭到人民的強烈反抗，役差被殺傷。由於何心隱是民眾中的敢言者，縣令便把罪名全加在他頭上，捕何心隱入獄，判以絞罪。何心隱後經友人奮力相救而出獄，但聚和堂不得不解體了。
嘉靖三十九年，何心隱來北京講學。當時內閣大學士徐階廣泛邀集士大夫講學。這是何心隱與時任國子監司業的張居正第一次相遇。頗受歡迎的何心隱卻遭遇了張居正的冷漠，這昭示了二人日後的對立。
何心隱來京講學之時正值嚴嵩秉政，他定下密計藉助道士乩語來動搖嘉靖皇帝對嚴嵩的信任。此事被嚴黨知悉，欲加害何心隱。從此梁汝元改名何心隱，遁跡江湖。
嚴嵩下臺後，何心隱繼續在各地講學，他的主張日益不容於官府。然而何心隱的影響卻並未因此削弱。烏托邦思想在中國很有市場，何心隱的崛起就是證明。何心隱每到一處書院，學子們就趨之若鶩。然而何心隱具有無政府主義的傾向，他不僅蔑視既有道德體系，而且還鼓動學生毆打官員，聚集鬧事。在何心隱風頭正盛之時，遭到了張居正的抵制，他的理想又一次受阻。
萬曆四年，張居正門生、湖廣巡撫陳瑞下通緝令抓捕何心隱，何心隱逃亡泰州。萬曆五年，何心隱第二次逃脫追捕，前往祁門縣。萬曆七年三月初二，何心隱在祁門縣被捕，押往湖南。九月初二，何心隱死於湖廣巡撫王之垣的亂棒之下。
張居正的撥亂反正
張居正是中國歷史上的名臣。隆慶六年（1572年，歲次壬申）發生了著名的“壬申政變”。當時隆慶皇帝剛剛去世，萬曆繼位後的第六天便下詔驅斥原首輔高拱，改由張居正主持內閣政務，從而開啟了“江陵柄政”（張居正為湖北江陵人，時人又稱其為張江陵）時期，一直到萬曆十年六月張居正去世為止，為期恰好十年。“江陵柄政”是時人和後代史家對張居正大權獨攬主持國政階段的形象說法。張居正在任內閣首輔十年中，實行了一系列改革措施，重振朝綱。張居正尊崇實學，雖然他本人沒有留下系統的學術著作，但他的思想體現在了其執政行為以及大量的言論中。
張居正像
儒學經過上千年的發展，弊端愈來愈多，主要體現為人慾與天理的緊張矛盾始終未能解決，造成士人的虛偽人格。
明朝尊崇程朱理學，維護皇權綱紀。王陽明試圖以心學改造理學，意在解決人慾與天理矛盾。但問題不僅沒有解決，在現實中思想卻愈發混亂，玄虛之風強盛。隆慶時期，內閣的徐階、李春芳、趙貞吉均崇尚陽明之學，支持講學。不可否認，徐階的隱忍與低調對於瓦解嚴嵩集團起到了關鍵作用，但是成為內閣首輔後，徐階的優點就變為了缺點，他對於時代變化和民間疾苦感覺遲鈍，政策上採取守城的姿態，支持講學也有聚眾樹勢之嫌。李春芳則缺乏獨立思考的能力，沒有承擔責任的魄力和勇氣。趙貞吉與李春芳截然不同，性格剛直，但在政見上卻很保守。
面對泰州學派對傳統思想的批判，面對世風日下，張居正堅持正統儒家在意識形態中的地位，反對講學活動。早在隆慶四年（1570年），張居正就與高拱聯手禁止各省官員主持講學。
張居正柄政後，打擊講學主要針對當時著名的何心隱、管志道、羅汝芳等人。張居正反對空談誤國，但是當時何心隱等人的號召力極大，張居正意識到必須釜底抽薪，毀掉支撐講學的江南各地的書院，以免其繼續影響心思單純、充滿激情的學生們。萬曆三年，張居正請敕吏部整頓官學。萬曆七年，張居正進一步擬旨，詔毀天下書院，在全國範圍內掀起了一場大規模的禁止私人講學運動。當時有的書院在興建過程中存在科斂民財現象，張居正從此處入手，改書院為官學，恢復以儒家教育為正統，以四書五經為必修。面對此種情形，在極其艱難的環境下，何心隱作萬言書《原學原講》，詳述講學的歷史，要求開放學術思想。
像中國歷史上許多改革家一樣，張居正在意識形態上堅持正統，以減少改革阻力，但在經濟政策上卻大膽革新。與中國曆來的重農抑商不同，張居正主張重商利農、厚農資商。
張居正在隆慶朝提出的《陳六事疏》可以視作其基本的執政綱領。文中所言六事指：省議論、振紀綱、重詔令、核名實、固邦本、飭武備。第一，省議論。明代中葉以後的官風虛浮輕躁，喜歡高談闊論，卻不切實際，或者迎合上意，見風使舵。因而張居正把“省議論”置於第一條。第二，振紀綱。內容包括尊主權、課吏職、信賞罰、一號令。這一條主要是針對當時官場的腐敗墮落。第三，重詔令。這一條強調政令的落實，令行禁止，提高行政效率，其中也隱含著要求皇帝要鄭重地使用詔令的意思。第四，核名實。這一條主要指用人方面要注重真才實學，是張居正後來推行“考成法”的張本。第五，固邦本。所謂邦本，就是人民。固邦本就要搞好經濟建設，使人民安居樂業。第六，飭武備。這一條主要針對北虜南倭問題而提出，建議君主每年或隔年在北京閱兵。但這一條的效果不佳，助長了皇帝的虛榮之心，對於提升軍力、整頓軍紀的作用不大。
《陳六事疏》
張居正柄政之初，面臨著極其嚴峻的經濟形勢，他實行了開源節流的財政政策。一條鞭法是張居正最為著名的改革舉措。一條鞭法以田畝作為計算稅負的基本單位，將力差改為銀差，衝擊了當時的戶口管理制度。自秦確立了編戶齊民的制度之後，歷代統治者往往用戶籍制度來實現對全國人民的嚴格管理，加強人身控制，限制人口流動，固化士工農商的身份。但是在現實中，農村人口逃亡或瞞報的情況很普遍，這無疑減少了稅基。改行一條鞭法，只需計畝徵稅，稅收徵管更為科學，同時解除了戶籍對人身的束縛，農民有了從事工商業的自由，為城市工商業發展提供了勞動力資源。
張居正主政期間，還著手修訂了《萬曆問刑條例》，其主導精神是馭吏從嚴，執法從重。該條例雖然主要是因襲舊律，僅小加修改，但舊律之前長期沒有得到認真的執行，張居正主政時，則是嚴格按律執法，同時也反對非法暴刑。
縱觀張居正的施政舉措，滲透了法家思想，但他卻閉口不談法家，而強調自己是從儒家正統出發。從經濟和穩定方面看，張居正的實幹精神起到了興邦的作用，延緩了明朝的衰亡。但是張居正對於講學的打擊有維護既有統治的考慮，遏制了民間的自由思想。
萬曆十年，張居正去世。由於張居正在位時大權獨攬，使年輕的皇帝心生反感。張居正一去世，萬曆皇帝就開始清算張居正，削官奪爵，子弟流放。張居正主持的改革事業隨之戛然而止，各方面政策截然倒退，政局腐敗混亂，社會經濟日益惡化。
李贄對自由的追求
李贄也屬於泰州學派，但在思想上對孔孟之道的批判更為徹底。他否定孔孟、誹毀程朱，從禪學的角度闡釋陽明之學，主張循自然之道。然而與何心隱等人主張“天下為公”不同，李贄認為“私”大於一切，崇尚“天下為私”。
李贄像
隆慶六年，李贄為追求身心自由，辭去官職。
萬曆十六年，由於天氣炎熱，李贄剃了個光頭，但保存了鬍鬚。然而這件事被傳為李贄剃髮出家。這一舉動與儒家理念相違背。儒家倫理認為，身體髮膚，受之父母，不敢毀傷。而且儒家主張士大夫要承擔公共責任，而不應消極避世。其實李贄剃髮並非偶然，他以此表明自己厭倦名利的心態，做一個名副其實的異端。不過，李贄具有躁動不安的內心和狂放不羈的個性，從未忘懷於建功立業，這使他無法斂鋒隨緣，成為一名真正的好和尚。
李贄與意大利傳教士利瑪竇有過三次會面。萬曆二十七年，李贄從朋友口中聽說了利瑪竇，懷著好奇心，李贄決定登門拜訪。利瑪竇對“名震一時”的李贄的來訪也很高興。通過交談，李贄給予了利瑪竇極高的評價：“一極標緻人也。中極玲瓏，外極樸實。”通過與利瑪竇的交往，李贄感到了中國文化與西方文化的差別，對於批判儒家有了更深的體悟。看到天主教徒給百姓佈施，李贄感動於天主教對百姓充滿仁愛，而當時的佛教已經變得追名逐利，而且很多佛教徒不學無術。萬曆二十八年，李贄與利瑪竇在當時來山東治河的工部劉東星的衙署第三次相見。這次相會在二人的著作中都有記述。當時大多數士大夫看重的是利瑪竇所掌握的西方科技，而李贄是少有的對西方文化本身發生興趣的中國知識分子，這一點在他晚年的著作《九正易因》中有所反映。在該書中，李贄闡發了與“上帝面前人人平等”類似的觀點，他強調每一物、每個人的平等性和獨立性，打破了儒學對天、對聖人的崇拜。
萬曆三十年，萬曆皇帝意識到當時的思想混亂對於國家的不利影響，他以“惑世誣民”的罪名下詔拘捕李贄，以重申獨尊儒家，整肅學風，李贄憂憤自殺於詔獄之中。
李贄受到了王陽明思想的影響，但是在對個體重要性的闡述上比王陽明更進一步。王陽明雖也倡言為己，實則無己，只是強調通過修身而達到治國平天下，落腳點不是個體。而李贄的落腳點在於每個個體之上，是為性命之本而服務。《藏書》是李贄的代表作，書中不以道德律條作為判別人物高下的尺度，而是以人物的事功大小來品評定位，體現了一種新的歷史觀和價值觀。
線裝《藏書》
李贄雖然與何心隱的主張不盡相同，但是他景仰何心隱面對強權視死如歸的豪邁精神，專門弄撰寫《何心隱論》，頌揚何心隱是一條不悔的亢龍，為“上九”之大人。李贄對於張居正禁止講學、鉗制言論的措施很不滿。但是在張居正死後受到清算之時，李贄卻為張居正打抱不平，特意致信友人不要落井下石，體現了李贄一貫的思想獨立精神，不攀附權貴，不趨炎附勢。李贄斷言張居正為“大有助於社稷者”，他主要支持張居正的三大政策：一是張居正推行“考成法”，整頓吏治，提高行政效率；二是“一條鞭法”，有利於限制豪強，培植邦本；三是張居正與周邊部落和平相處的邊防政策。李贄反對中國曆代實行的抑商政策，支持自由競爭的合理性，呼籲創造人盡其才的環境，根據事功評價人物，這些方面與張居正有相通之處。
總體而言，李贄的思想體現了對於“人慾”和個體的重視，這對於歷來重視集體、家庭的中國傳統思想具有顛覆意義。然而值得注意的是，西方的自由主義思想在強調個人利益的同時，也強調公共利益，並且側重於構建一套完善的權力制衡制度和社會契約理論來保障個體權利。這些在李贄的思想中是空缺的，李贄缺乏對通過制度建構來保障個人自由的思考。李贄的自由主義缺乏完整的人本主義思想體系，主要是從當時中國的社會弊病出發而形成的直覺判斷。他對於人慾的強調導向了追求利慾，視道德為浮雲，這種思想很難見容於當時的中國社會。
利瑪竇的中西交通
意大利文藝復興使歐洲文化空前繁榮。隨著海外貿易的迅速發展和環球大發現時代的來臨，歐洲人發現了中國。遠洋商隊、探險隊和傳教士們帶著歐洲的科技、文化、宗教和商品奔向全世界。萬曆十一年，三十歲的天主教教士利瑪竇隨意大利人羅明堅來到廣州肇慶。羅明堅回羅馬後，便由利瑪竇主持在中國內地的傳教活動。
來華後，利瑪竇先是在肇慶知府王泮的支持下，用六百塊金幣建了一座教堂。王泮從中國人的視角理解教堂，在教堂建成後，他送了兩塊匾，分別書寫“鮮花寺”和“西來淨土”。而利瑪竇則在教堂裡盡力展示西方文明，帶來了許多西方科技發展的成果，如鐘錶、地球儀等。利瑪竇還吸引了一些中國人入教。然而好景不長，王泮升遷後，新來的總督驅逐了利瑪竇，並把教堂財產據為己有。
利瑪竇與徐光啟
離開肇慶後，利瑪竇來到了鄰近江西的韶州。江西是宋明理學的發源地，利瑪竇來韶州有著與儒學進行交流的考慮。儒學是中國的國學，天主教要想在中國立足，需要與儒學進行對話，取得認同。為此，利瑪竇翻閱儒學經典，研究儒學的產生和演變。萬曆二十二年，利瑪竇在韶州開始撰寫《天主實義》。
萬曆二十三年，《天主實義》初刻本在南昌出版。此書運用儒學的話語體系來敘述天主教，但目的是為了實現“超儒”，主張服從教皇，教皇享有最尊位。這一點威脅到了東方既有的統治秩序，為天主教在中國的被禁埋下了伏筆。相比中國，當時的日本實施了非常嚴厲的禁教措施。
同年，利瑪竇參觀了當年朱熹講學的白鹿洞書院，並在儒學重地江西宣揚關於上帝的觀念。利瑪竇注意打通天主教與儒學理論，並不直接引用《聖經》，而是運用西方邏輯學進行推理論證。他主要依據的是中世紀的經院哲學，尤其是托馬斯·阿奎那的神學理論。
萬曆二十六年，因上北京未果，利瑪竇進入南京。在文人雅士聚集的勝棋樓，利瑪竇與南京大報恩寺住持雪浪大師進行了一場天主教與佛教的辯論。利瑪竇首先從世界的本源這一命題開始闡明己方的見解。在辯論中，利瑪竇、雪浪顯然都對對方的義理不甚熟悉，言語中也多有輕視之意。惜乎雪浪最後並沒有在著作中留下隻言片語，而利瑪竇則直言不諱地說這位大和尚最後理屈詞窮地輸掉了辯論。真相不得而知，但從現有的記錄來看，利瑪竇利用西方科學主義的“實”學攻擊雪浪的“虛”學，其所運用的西方邏輯學更勝一籌。早在羅馬學院的學習過程中，利瑪竇就對邏輯學狠下工夫，而正是這種重視邏輯的精神助推了西方近代文明的發展。
萬曆二十九年，通過包括李贄在內的書信引薦，利瑪竇終於獲准進京，但利瑪竇只獲得了畫像覲見的機會。然而利瑪竇帶來的西方科學技術受到了士大夫的普遍歡迎，利瑪竇對中華文明的認同也使他很快結交了很多朋友。經過多方努力，利瑪竇獲得了在京城的永久居住權。
《天主實錄》手稿，現藏於羅馬中央國立圖書館。
利瑪竇成功留在北京，對於中西文化交流意義重大。就是在利瑪竇居住北京期間，他與徐光啟合譯了《幾何原本》和《測量法義》，指導李之藻編譯了《同文算指》。不過值得注意的是，由於利瑪竇在華生活，對於西方最新的科技成果並不瞭解，他所帶來的西方科學知識依然是落後的。但不可否認這些著作是中國人接觸西方科學技術的窗口，對於缺乏公理化、系統化、符號化的科學體系的中國人來說具有思想解放意義，有助於中國知識分子科學世界觀的形成和邏輯學知識的掌握。
利瑪竇來中國的本意是傳教，但是他非常重視方式方法，注重與中國本土文化相結合。對於一些與宗教無關的風俗，利瑪竇基本持支持態度。比如利瑪竇認為，祭祖是中國人用來維繫孝道的倫理習俗，不是基督教所禁止的偶像崇拜，不應作為異教儀式而排斥。不過，他仍希望中國人在皈依基督教之後，把孝心轉化為對窮人的愛心。關於祭孔，利瑪竇也進行了世俗化的解讀，認為這種行為是中國士大夫因孔子的學說而得到功名所表示的感謝。雖然利瑪竇的理解並不準確，但是他的想法有利於中西思想的交通，有利於天主教在中國的傳播。徐光啟、瞿汝夔、李之藻等士大夫都先後就加入了天主教。
利瑪竇對於中國當時的政治運行給予了積極肯定的評價。這主要是由於張居正改革後，中國的政治系統變得很有效率。雖然張居正死後，萬曆荒怠朝政，但並不影響利瑪竇對中國政治的讚譽，中國政治的高度集中和穩定令他尤為羨慕。利瑪竇的意大利文著作《基督教進入中國史》對歐洲啟蒙運動產生了一定影響，一些啟蒙運動的思想家們藉助其中描繪的理想化的中國來謳歌人性、讚美理性和人的權利。
從天主教教義出發，利瑪竇也對儒家的三綱五常進行了批判。利瑪竇認為，在五倫之上應該加上“大倫”，即對上帝的信仰。耶穌會士所主張的絕色不娶直接與儒家主張的孝道相沖突。利瑪竇認為如果以有後無後作為道德評價標準，就會造成不公正。他從否定孝道進一步上升到了對皇權的否定。這種觀點又與何心隱的平等觀、李贄的自由觀相呼應。然而，利瑪竇對綱常的否定後來亦成為反教士大夫攻擊的靶子。
摘抄自徐光啟手書《刻〈幾何原本〉序》
絕對排斥、對立的觀念在中國文化思想中並不多見，中國人更注重融合精神。雖然利瑪竇進行了種種變通，但他本質上是主張絕對真理、唯一真教的，體現了西方哲學中非此即彼的形而上學思維。利瑪竇自然不會接受儒學為正道。異質文化之間很難通約，何況是在中西接觸的最初時刻。這種思維上的差異為後來的衝突埋下了伏筆。
沒能走出傳統的窠臼
明代中後期，面對政治腐敗、綱紀鬆弛、物慾橫流的社會現實，有的知識分子走向重整學術、挽救世風的道路，如張居正；有的知識分子獨闢蹊徑，集聚民間力量，尋求變革之路，如何心隱；有的知識分子則離開仕途，關注自我生命的順適和身心的安頓，如李贄。在面對西學的輸入時，中國知識分子主要從實用主義出發，學習西方的科學技術，而對於西方科技背後的人文精神和制度背景較少探究，或者一時難以接受。
明清之時，中國雖然出現了諸多對於儒家正統思想的反思甚至批判，但其現實影響有限，這是政治、經濟、社會、思想等多方面因素造成的。政治上，中央集權壓制了多元思想的發展，而中國歷史上往往是處於分裂狀態時才有百家爭鳴的局面。經濟上，中國當時依然以農業經濟為主，商品經濟並未形成規模。社會上，中國提出異見者主要仍是士大夫，沒有出現新的社會階層。思想上，提出異見的士大夫主要是基於自身經歷所發的感想，未能形成範式突破和系統的理論體系。無論怎樣，當時的中國知識分子都沒能走出傳統的窠臼，形成中國的啟蒙運動。
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