日本人的起源研究，始于江户时代的新井白石、木内石亭，用科学方法研究日本人起源则是幕府时期，而这一项科学研究则是由旅日的外国人率先发起的。
日本岛
阿伊努人的后裔？
1823年，荷兰医生史德波和他的儿子共同提出了阿伊努人（虾夷人）与冲绳人同属于一个系统的观点。德国医生贝尔茨 （1849—1927年）在日本居住了29年，为了调查和研究地方病而走遍了日本各地。贝尔茨发现，日 本人因地区不同而分为不同类型，可分为少数的长州型（贵族型）和多数的萨摩型（平民型）
美国动物学家摩斯发现了日本第一个贝冢遗址，开启了日本人现代考古学和人类学研究的先河，被称之为日本现代考古学和人类学的奠基人和开拓者。日本学者坪井五郎（1863—1913）是第一个赴欧洲学习人类学的日本人，他认为阿伊努人与黑矮人（落下居住人）是不一样的人种，日本人不一定都来源于阿伊努人。
鸟居龙藏
日本学者小金井良精（1858—1944）是研究阿伊努人的专家，他经过长时期对阿伊努人骨骼的比较研究，从解剖学的角度用事实证明，阿伊努人与黑矮人（落下居住人）是同一个系统，他的观点与坪井五郎相反，二人为此一直争执不下。
后继的日本学者鸟居龙藏（1870—1953）调查了库页岛、千岛群岛等地的阿伊努人，发现看阿伊努人制作的陶器、石器和住竖井等特征，证明了小金井的观点，坪井五郎的观点从此衰落。
日本贝冢遗址
幕府时期日本人对自身起源的研究，始于旅居日本的外国人，早期的日本学者基本上主要针对于阿伊努人与落下居住人的关系，争论的焦点是日本人是否只起源于阿伊努人，阿伊努人与冲绳人究竟是不是一个系统的人种，鸟居龙藏之后日本学界几乎认定了这一观点，但也有人持反对意见。
第一个运用统计学研究这个问题的日本学者是清野谦次（1885—1955），他否定日本人就是阿伊努人的观点，倡导日本石器时代人说。他认为绳文人是古代的日本人，后来与大陆的人混血形成了现代的日本人，由于混血不同所以产生了南北体型差异的日本人。
阿伊努人
连续说与骑马民族说
战后，日本学者长谷部言人提出了日本人起源的“连续说”，他认为人类创造了文化与文明，反过来文化与文明又影响了人类体质的变化。例如医疗条件的改善，营养水平的提高等因素，年青人的身高得到了增高的改变。
为了证明自己的观点，长谷的学生铃木尚等人收集了大量绳文、弥生、古坟、室盯、镰仓、江户、明治等各个时期的头骨资料，他们对这些资料进行了广泛研究，以证明自己观点的正确性。
最后，他们得出结论：无论是绳文人还是弥生人，在明治维新之后体质都发生了巨大改变，这种巨变并非是混血或者人种的交替引起的，这是一种连续性的变化。这一学说具有一定的代表性，被称之为“长谷部·铃木说”。
日本移民迁移路线图
1948年，日本学者江上波夫提出了“骑马民族说”，这一学说给日本人的起源研究带来了巨大冲击。江上波夫人为，绳文文化是从西伯利亚、满蒙方向传入的，绳文时期的日本与外界隔绝，中期受到太平洋圈民族和文化迁移的影响，弥生时代在北九州一带建立了部落国家。
二世纪时，侵入朝鲜 南部的骑马民族扶余族建立的辰王朝于四世纪的古坟时代后期侵入日本建立王朝，成为日本的统治民族。
绳文人与弥生人
当代著名学说：起源于中国云南
日本古人类的化石极少，几乎没有更新世的代表。1931年，在兵库县明石市发现的“明石原人”被认为与中国“北京人”相当，但近年来又被学者所否定。目前日本最古老的人类化石是“牛川人”，为5万年前的旧石器时代晚期的人，最早的遗址为大分县的早水台遗址，约为10万年前。新石器时代的日本人化石，有“三日人”，“滨北人”，“港川人”等。
1979年，日本学者鸟越宪三郎等人用了将近10年的时间，对东南亚和中国云南的少数民族进行了大规模调查，鸟越宪三郎等人从民俗和历史等角度出发，研究中国云南少数民族与日本人的关系，提出了“倭族起源说”。
少数民族
鸟越宪三郎认为，散居在我国云南到泰国北部的广大少数民族其实是倭族，这是鸟越宪三郎提出的新观点。他认为在中国云南很多少数民族中发现，有很多少数民族的习俗与日本非常接近，甚至有不少少数民族的语言也与日语类似。因此，鸟越宪三郎等人指出，日本人其实是中国云南是少数民族迁移过去的，这些少数民族是倭族的本体。
鸟居宪三郎的学说在日本影响很大，几乎颠覆了以往存在的所有学说。从1979年至今，每年有大量日本学者和游客赶赴云南寻根问祖，找寻真相。
鸟居宪三郎的代表作
日本人起源于哪里？这是困扰日本学者百余年的问题，阿伊努人与绳文人之前的祖先是谁？中国云南的少数民族真是日本的本源民族“倭族”？这个问题至今依然没有得到最后解决。
参考文献：
1.《日本大和民族起源研究》
2.《日本民族起源论》
3.《鸟居龙藏研究》
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