11世纪时，塞尔柱突厥人进攻希腊所属的拜占庭帝国，希腊人和突厥人开始交恶。14-15世纪，奥斯曼土耳其帝国与拜占庭帝国的冲突达到高潮。1453年，拜占庭帝国首都伊斯坦布尔被奥斯曼土耳其攻占，拜占庭帝国灭亡。希腊大部分领土被突厥人统治。
希腊拥有着悠久的古代文明，是欧洲文化的发源地，而土耳其的突厥人是落后的游牧文化。突厥人的统治得不到希腊民族的认可，被土耳其统治时期被希腊人认为是最黑暗时期，希腊民族的反抗从未停止过。
1821年希腊独立战争爆发，英，法，俄，为了削弱土耳其在地中海的影响力支持希腊。1830年，土耳其接受英法俄签署的《伦敦议定书》，承认希腊独立。希腊虽然得到了独立但众多希腊语地区如塞浦路斯等仍被奥斯曼土耳其统治。而希腊人的理想是恢复拜占庭帝国的疆域。因此，在后来的克里米亚战争、俄土战争、历次巴尔干战争及第一次世界大战中，希腊都站在奥斯曼帝国的对立面。
二战结束后为了共同对抗苏联，两国有一段关系密切期。
好景不长，20世纪50年代塞浦路斯的希腊人强烈要求和希腊合并，这引发塞浦路斯土耳其族的不满。两国针对对方族裔的攻击开始出现，双边关系恶化。最终，希腊停止了和土耳其的所有合作，《巴尔干协定》也名存实亡。
1960年，英国允许塞浦路斯独立，希腊和土耳其均在岛上驻军，保护各自族裔居民。同年，塞浦路斯共和国成立，希土两族组成联合政府。但是1963年，两族发生武装冲突，联合政府崩溃。1974年，土族的北塞浦路斯宣布独立建国，由此造成塞浦路斯的南北分立局面。时至今日，塞浦路斯问题一直是希腊和土耳其关系的“痛点”
除了历史原因希腊和土耳其也存在着现实矛盾，希腊是中东难民流向欧洲的第一道防线。
土耳其2月底“开闸”放难民进入希腊、继而前往欧洲其他国家，大批难民随后集结在两国边界地区试图越境。希腊连日来动用催泪瓦斯等阻拦难民入境，多次发生冲突。
6日，希腊执法人员用高压水枪试图驱散难民。按希腊官员的说法，土耳其方面随后向希腊境内发射催泪弹，显然是为难民越境“开路”。土耳其方面则称，这是回应希腊多日来向土耳其发射催泪弹。
希腊和土耳其的矛盾本质上是两个不同文化，不同族群间的矛盾，很难调和。值得一提的是中国瓦良格号航母在经过博斯普鲁斯海峡时受到土耳其的刁难，土耳其向我方要求10亿美金的保证金，还必须要一个国家担保。
在尴尬的局面下，希腊为瓦良格号提供了担保，在通过爱琴海时遇到了10级大风，希腊派出救援队对我们进行帮助，为此还牺牲了一名船员。
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