11世紀時，塞爾柱突厥人進攻希臘所屬的拜占庭帝國，希臘人和突厥人開始交惡。14-15世紀，奧斯曼土耳其帝國與拜占庭帝國的衝突達到高潮。1453年，拜占庭帝國首都伊斯坦布爾被奧斯曼土耳其攻佔，拜占庭帝國滅亡。希臘大部分領土被突厥人統治。
希臘擁有著悠久的古代文明，是歐洲文化的發源地，而土耳其的突厥人是落後的遊牧文化。突厥人的統治得不到希臘民族的認可，被土耳其統治時期被希臘人認為是最黑暗時期，希臘民族的反抗從未停止過。
1821年希臘獨立戰爭爆發，英，法，俄，為了削弱土耳其在地中海的影響力支持希臘。1830年，土耳其接受英法俄簽署的《倫敦議定書》，承認希臘獨立。希臘雖然得到了獨立但眾多希臘語地區如塞浦路斯等仍被奧斯曼土耳其統治。而希臘人的理想是恢復拜占庭帝國的疆域。因此，在後來的克里米亞戰爭、俄土戰爭、歷次巴爾幹戰爭及第一次世界大戰中，希臘都站在奧斯曼帝國的對立面。
二戰結束後為了共同對抗蘇聯，兩國有一段關係密切期。
好景不長，20世紀50年代塞浦路斯的希臘人強烈要求和希臘合併，這引發塞浦路斯土耳其族的不滿。兩國針對對方族裔的攻擊開始出現，雙邊關係惡化。最終，希臘停止了和土耳其的所有合作，《巴爾幹協定》也名存實亡。
1960年，英國允許塞浦路斯獨立，希臘和土耳其均在島上駐軍，保護各自族裔居民。同年，塞浦路斯共和國成立，希土兩族組成聯合政府。但是1963年，兩族發生武裝衝突，聯合政府崩潰。1974年，土族的北塞浦路斯宣佈獨立建國，由此造成塞浦路斯的南北分立局面。時至今日，塞浦路斯問題一直是希臘和土耳其關係的“痛點”
除了歷史原因希臘和土耳其也存在著現實矛盾，希臘是中東難民流向歐洲的第一道防線。
土耳其2月底“開閘”放難民進入希臘、繼而前往歐洲其他國家，大批難民隨後集結在兩國邊界地區試圖越境。希臘連日來動用催淚瓦斯等阻攔難民入境，多次發生衝突。
6日，希臘執法人員用高壓水槍試圖驅散難民。按希臘官員的說法，土耳其方面隨後向希臘境內發射催淚彈，顯然是為難民越境“開路”。土耳其方面則稱，這是回應希臘多日來向土耳其發射催淚彈。
希臘和土耳其的矛盾本質上是兩個不同文化，不同族群間的矛盾，很難調和。值得一提的是中國瓦良格號航母在經過博斯普魯斯海峽時受到土耳其的刁難，土耳其向我方要求10億美金的保證金，還必須要一個國家擔保。
在尷尬的局面下，希臘為瓦良格號提供了擔保，在通過愛琴海時遇到了10級大風，希臘派出救援隊對我們進行幫助，為此還犧牲了一名船員。
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