我们都知道，明朝朱元璋在建国后军队制度实行卫所兵制，几个府为一个防区，设卫，叫卫指挥使司，卫的主官为指挥使，指挥使是正三品的武官。
那么卫所之上又是什么机构？
朱元璋在起义之初是亲自全盘指挥军事，所以设立大都督府负责一切大小军政，在建立明朝以后，随着兵部的成立，这样就将原来由大部督府掌管的武官任免、考绩、荫袭、军队的训练、后勤给养、军丁军户管理等军事行政工作划归兵部掌管，大都督府仅保留统率全国军队的职权。
随着政权的稳固，大都督府的历史使命也随之结束，朱元璋随后改组大都督府，将大都督府分设为前、后、中、左、右五军都督府，就这样大都督府一分为五。
明朝的最高军事机构就变成了五军都督府，这五军都督府互不统辖，分别与兵部直接联系工作，而统一奏请皇帝裁定。每府左、右都督，正一品，都督同知，从一品，都督佥事，正二品，由朝廷指定各都督府分别统率全国各都司、卫、所，不得随便变动。
五军都督府之下便是都指挥使司，都指挥使司属于行省三司之一，“三司”就是承宣布政使司(简称布政司)、提刑按察使司(简称按察司)、都指挥使司(简称都司)，“三司”分掌一省行政、司法、军事，三司互不统属，各对中央负责。
都指挥使司负责管理所辖区内卫所，以及与军事有关的各项事务，是地方平时最高军事领导机构，相当于现在的省一级的军区，都指挥使司隶属于中央的五军都督府，并听命于兵部。各省都司之外，明朝在边防要地则单设都司。都指挥使司设都指挥使1人，正二品。都指挥同知2人，从二品。都指挥佥事4人，正三品。
明朝共置有21个都司、行都司，都司下设卫指挥使司、千户所、百户所。“凡卫所皆隶都司，而都司又分隶五军都督府”，卫以下设千户所、百户所，所的主官为千户、百户。一个卫的兵数大抵以五千六百人，一个千户所的兵数大约为一千一百二十人，一个百户所的兵数大约为一百十二人。一个百户所有总旗二人，各辖五十人，小旗十人，各辖十人。
卫所军及官世袭，仅五军都督府官及都司不世袭，为流官，由世职卫所官及武举选授。卫所军及官属军籍，携带家属，世居一地，并代代相传，基本上不再变动。
后期，明朝的卫所兵制因边患的日益加剧而改变，特别是明王朝的周边地区，临时性的调兵遣将逐渐变成常规制度，总兵官取代原来都指挥使的地位，成为地方最高武职官员。明营兵制与卫所制官职有所不同，一般情况下，总兵、副总兵由公侯伯等勋臣及都督等官充任，参将、游击多由都指挥使等官充任，守备、把总则由卫指挥及千、百户充任。
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