一、什麼是分公司的獨立核算與非獨立核算？
獨立核算是指對本單位的業務經營活動過程及其成果進行全面、系統的會計核算。獨立核算單位在管理上有獨立的組織形式，具有一定數量的資金，在當地銀行開戶；獨立進行經營活動；獨立計算盈虧，單獨設置會計機構並配備會計人員，並有完整的會計工作組織體系。
非獨立核算又稱報帳制，是把本單位的業務經營活動有關的日常業務資料，逐日或定期報送上級單位，由上級單位進行核算。非獨立核算通常沒有銀行賬戶，不單獨設置賬套，不設置會計部門和人員。從事業務活動，一切收入全面上繳，所有支出向上級報銷，本身不單獨計算盈虧，只記錄和計算幾個主要指標，進行簡易核算。
獨立核算和非獨立核算說的是企業會計核算的兩種組織方式。獨立核算和非獨立核算是會計工作組織的概念，完全取決於企業的會計管理模式，對某一內設會計主體，既可以獨立核算也可以非獨立核算，在異地成立的分公司，屬於稅法中的分支機構，選擇何種核算模式完全取決於公司的管理需要，現行財稅政策並無強制性規定。
二、獨立核算的分公司，所得稅彙算清繳時是否要併入總公司核算？
根據國家稅務總局公告2012年第57號第二十二條規定：總機構應將其所有二級及以下分支機構（包括本辦法第五條規定的分支機構）信息報其所在地主管稅務機關備案，內容包括分支機構名稱、層級、地址、郵編、納稅人識別號及企業所得稅主管稅務機關名稱、地址和郵編。
分支機構（包括本辦法第五條規定的分支機構）應將其總機構、上級分支機構和下屬分支機構信息報其所在地主管稅務機關備案，內容包括總機構、上級機構和下屬分支機構名稱、層級、地址、郵編、納稅人識別號及企業所得稅主管稅務機關名稱、地址和郵編。
以總機構名義進行生產經營的非法人分支機構，若無法提供彙總納稅企業分支機構所得稅分配表，也無法提供相關證據證明其二級及以下分支機構身份的，應視同獨立納稅人計算並就地繳納企業所得稅。其獨立納稅人身份一個年度內不得變更。
證明其二級及以下分支機構身份的資料包括非法人營業執照（或登記證書）的複印件、由總機構出具的二級及以下分支機構的有效證明和支持有效證明的相關材料（包括總機構撥款證明、總分機構協議或合同、公司章程、管理制度等）。
簡言之，分公司是否獨立申報企業所得稅，需要看是不是在金三系統中維護成“彙總納稅企業情況登記”，如果沒有維護過，就相當於一個獨立的企業，則需要獨立申報企業所得稅。
特別提醒：分支機構不單獨享受小型微利企業優惠政策，對於分支機構，應當併入總機構彙總繳納企業所得稅，彙總後的數據如果符合小型微利企業的條件，可以整體享受小型微利企業的優惠政策。如果分支機構不併入總機構彙總納稅，而選擇按照獨立納稅人單獨納稅，不能享受小型微利企業的優惠政策，只能按照25%的基本稅率進行納稅申報。如果企業在2019年已選擇按照獨立納稅人計算並就地繳納企業所得稅，本年度不得變更，如果要改回彙總納稅，只能等到2020年了。一定要提前測算分公司的盈虧情況，提前籌劃！
三、哪些二級分支機構不就地分攤繳納企業所得稅？
（一）不具有主體生產經營職能，且在當地不繳納增值稅、營業稅的產品售後服務、內部研發、倉儲等彙總納稅企業內部輔助性的二級分支機構，不就地分攤繳納企業所得稅。
（二）上年度認定為小型微利企業的，其二級分支機構不就地分攤繳納企業所得稅。
（三）新設立的二級分支機構，設立當年不就地分攤繳納企業所得稅。
（四）當年撤銷的二級分支機構，自辦理註銷稅務登記之日所屬企業所得稅預繳期間起，不就地分攤繳納企業所得稅。
（五）彙總納稅企業在中國境外設立的不具有法人資格的二級分支機構，不就地分攤繳納企業所得稅。（依據：國家稅務總局公告2012年第57號）
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