自打明朝跟后金开战起，旅顺这地儿算是遭了殃，因为身处战略要地，双方在此开始了没完没了的拉锯战。从天启元年至天启五年，后金就曾三次出兵攻陷旅顺城，虽然每次都被明军夺了回去，以失败告终。但后金军在撤退的时候也尽其所能，抢掠城中财物、摧毁城防。那几年里，旅顺城的城墙是修好了补补好了修。
旅顺口炮台
此后几年里，后金苦于没有战船和火炮配合，再加上驻守皮岛的毛文龙不断袭扰后方，暂时放弃了对旅顺的军事行动。直到崇祯六年，刚刚因兵变失败而投降后金的孔有德和耿仲明二人，又开始打起了旅顺的主意。孔耿二人欲图旅顺，一是急于在新主子面前立功，二则，两个人与此时驻守旅顺的东江总兵黄龙有仇。尤其是耿仲明，他与黄龙之间可以说是仇深似海，所以于公于私攻打旅顺都是不二之选。
袁承焕错杀毛文龙
至于结仇的原由，那还要从耿仲明的弟弟耿仲裕之死说起。耿仲裕在黄龙手下为将，因怀疑黄龙私吞军饷，率本部人马发动兵变，将黄龙俘获，并当众割掉了黄龙的鼻子，就在准备将其处死之际，黄龙的亲信及时赶到将其救下。所以黄龙伤愈之后，第一件事就是捕杀了耿仲裕。
耿仲明
耿仲明此时投奔登州巡抚孙元化不久，得到弟弟死讯后悲痛不已，誓要手刃黄龙为弟报仇！崇祯五年，他的结义兄弟孔有德发动吴桥兵变，反攻登州城。耿仲明随即为内应，二人里应外合拿下登州。城破之后，耿仲明第一时间拘捕了黄龙在登州城中的家眷，并以此要挟黄龙率部归降叛军。在遭到黄龙严词拒绝后，耿仲明愤然斩杀了其老母和年仅十二岁的幼子。其实耿仲明很清楚，以黄龙的为人是不可能因顾及家眷安危而背叛朝廷，与他们同流合污的，杀其家眷只是发泄私愤而已。
孔有德
出来混总是要还的，崇祯六年，孔、耿兵败乘船逃亡后金。黄龙率军一路追击，叛军伤亡惨重，多位叛将被俘，孔耿二人也差点死于黄龙手中。此后双方势同水火，欲把对方置于死地而后快。
明末海战
就在孔耿二人欲图旅顺的时候，黄龙也没闲着，他分兵皮岛伺机对后金的战船进行袭扰，击沉敌舰数十艘。黄龙的分兵之策虽然效果显著，但也造成了旅顺兵力空虚的隐患，此时旅顺的守军仅有五千人。孔、耿二人很快探知旅顺兵力空虚，知道这是拿下旅顺手刃黄龙的天赐良机。机不可失，二人迅速伙同后金贝勒岳托，水陆并进，直取旅顺。
后金战船
旅顺保卫战可谓异常惨烈，总兵黄龙身先士卒、浴血奋战。怎奈，兵力悬殊又无后援，很快旅顺城被后金军攻破。守城官兵尽数战死，黄龙也自杀殉国。后金攻下旅顺城自然要屠掠一番，可进城后发现城中百姓寥寥无几，多数不知所终。因为后金常年袭扰旅顺，久而久之，城中百姓多有藏身之处，以避战祸。孔有德见百姓跟自己玩起了地道战，便下令全城搜索，可是百姓们的藏身之地实在是太过隐秘，收效甚微。
孔有德
情急之下孔有德心生一计，他命士兵把城中街道撒上银两，每隔一天清点一次，如果哪里有银两缺失就在其周围进行搜捕。依照此计，搜捕效率明显提高，等到全城路不拾遗的时候，孔有德已俘获城中百姓五千余人。而此战之后，明军再也无力收复，旅顺城自此牢牢控制在后金手中，直到明朝灭亡。
后金军屠掠百姓
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