侵華日軍第七三一部隊始建於1933年，曾以石井部隊、東鄉部隊、關東軍防疫給水部的名義從事人體實驗、動物實驗、生化武器研究生產等戰爭犯罪活動。1936年開始在哈爾濱平房建立細菌武器研究生產基地，將6.1平方公里的土地作為特別軍事區域。1945年8月，七三一部隊敗逃之際炸燬了大部分建築，形成現在舊址的整體格局。
侵華日軍第七三一舊址現有重點保護遺存27處，現有面積24.8萬平方米，是世界歷史上規模最大的細菌武器研究、實驗及製造基地，是日本軍國主義違背國際公約，用活人進行凍傷、細菌感染、毒氣實驗的大本營，是發動細菌戰爭的策源地。
日本對外侵略擴張、掠奪資源、踐踏主權的重要罪證。
本部舊址
細菌實驗室，七三一部隊在在敗退之前將其全部炸燬
地下通道，是本部、細菌實驗室與病毒實驗室暖氣、上下水、電纜的地下通道。
鍋爐房遺址位於細菌實驗室及特設監獄遺址東側，原是一座約三層樓高的鋼混大型建築，內設三臺火力發電機組，主要用於實驗、飼育設施的供熱和備用電源。日軍敗退前將其炸燬
南門衛兵所舊址位於本部舊址南100米處，始建於1939年。為磚混結構的平頂單層建築，帶有兩根方形煙囪。平面呈不規則的八邊形，東西長9米，南北寬8米，房屋部分高3.7米，加上煙囪總高7.1米，是原七三一部隊本部五個衛兵所中僅存的一個。
結核菌實驗室舊址位於細菌實驗室及特設監獄遺址西南，是一座地上二層帶有地下室的直角形鋼混建築。
病毒實驗室遺址位於細菌實驗室及特設監獄遺址北側，原由一棟長170米、寬14米的建築和二棟各長66米，寬14米的建築，有地下通道與細菌實驗室及特設監獄連通。七三一部隊撤退前將其炸燬，但現地下基址仍存。
遺址被三座七層居民樓疊壓，尚未進行發掘，保存狀況不明。
凍傷實驗室舊址位於細菌實驗室及特設監獄北部，鐵路專用線舊址西側，是七三一部隊“吉村班”用來對人體進行冷凍實驗和生產乾燥式細菌的場所。
動物繁育室舊址，七三一部隊培養帶菌昆蟲的地方。
黃鼠飼養室舊址是一長方形東西向單層木板房，為七三一部隊專門飼養黃鼠的地方。
小動物地下飼養室，是七三一部隊用來專門飼養小白鼠等動物的場所。
航空指揮所舊址，七三一部隊為配合野外實驗和細菌戰而設立的，指揮塔臺和雷達設施都設置在這裡。
細菌彈組裝儲存室，七三一部隊“山口班”組裝和儲存細菌彈的場所。
瓦斯發生室,七三一部隊生產和供應瓦斯的場所。
瓦斯地下儲藏室,瓦斯發生室的配套工程，是專門用於儲存瓦斯的地方。
特殊武器研製廠,是製造小型細菌武器的高溫實驗室、滅菌室、研究室,生產和儲存疫苗、菌苗和血清的場所。
動物焚燒爐以焚化動物屍體為主，也用來焚化用作實驗的人的屍體。
焚屍爐，焚燒人類屍體的地方。
鐵路專用線，七三一部隊所用的器材、動物、細菌彈殼、燃料以及生活物資甚至部分被實驗者都用火車直接運至這裡。七三一部隊生產的各種細菌，培育的母本動物和專用設備，也從這裡發往各地。
宿舍區
給水塔，是負責供應七三一部隊及宿舍區用水的建築設施。
地下回水池舊址，鍋爐發電機組的循環冷卻水的設施。
細菌彈殼製造廠遺址，日軍敗退之前對這裡進行了破壞。
吉林街聯絡處舊址，該建築建造於1905年以前，曾是著名猶太商人克羅爾的宅邸，後來依次作為蘇聯駐哈爾濱總領事館和捷克駐哈爾濱總領事館。日軍佔領東北之後，該建築曾是石井四郎在哈爾濱市內的住處，也是七三一部隊實施“特別移送”的轉運站。
教化街營外宿舍舊址，原為尤戈維奇小學，日偽時期曾作為七三一部隊市內的營外獨身宿舍。
現為哈爾濱鐵路物業管理有限公司使用。
日本領事館，曾作為南滿鐵路株式會社，後作為日本駐哈爾濱總領事館。
城子溝野外試驗場，曾被七三一部隊用作野外實驗場使用。
侵華日軍第七三一部隊舊址，是日本對外侵略擴張、掠奪資源、踐踏主權的重要罪證。
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