侵华日军第七三一部队始建于1933年，曾以石井部队、东乡部队、关东军防疫给水部的名义从事人体实验、动物实验、生化武器研究生产等战争犯罪活动。1936年开始在哈尔滨平房建立细菌武器研究生产基地，将6.1平方公里的土地作为特别军事区域。1945年8月，七三一部队败逃之际炸毁了大部分建筑，形成现在旧址的整体格局。
侵华日军第七三一旧址现有重点保护遗存27处，现有面积24.8万平方米，是世界历史上规模最大的细菌武器研究、实验及制造基地，是日本军国主义违背国际公约，用活人进行冻伤、细菌感染、毒气实验的大本营，是发动细菌战争的策源地。
日本对外侵略扩张、掠夺资源、践踏主权的重要罪证。
本部旧址
细菌实验室，七三一部队在在败退之前将其全部炸毁
地下通道，是本部、细菌实验室与病毒实验室暖气、上下水、电缆的地下通道。
锅炉房遗址位于细菌实验室及特设监狱遗址东侧，原是一座约三层楼高的钢混大型建筑，内设三台火力发电机组，主要用于实验、饲育设施的供热和备用电源。日军败退前将其炸毁
南门卫兵所旧址位于本部旧址南100米处，始建于1939年。为砖混结构的平顶单层建筑，带有两根方形烟囱。平面呈不规则的八边形，东西长9米，南北宽8米，房屋部分高3.7米，加上烟囱总高7.1米，是原七三一部队本部五个卫兵所中仅存的一个。
结核菌实验室旧址位于细菌实验室及特设监狱遗址西南，是一座地上二层带有地下室的直角形钢混建筑。
病毒实验室遗址位于细菌实验室及特设监狱遗址北侧，原由一栋长170米、宽14米的建筑和二栋各长66米，宽14米的建筑，有地下通道与细菌实验室及特设监狱连通。七三一部队撤退前将其炸毁，但现地下基址仍存。
遗址被三座七层居民楼叠压，尚未进行发掘，保存状况不明。
冻伤实验室旧址位于细菌实验室及特设监狱北部，铁路专用线旧址西侧，是七三一部队“吉村班”用来对人体进行冷冻实验和生产干燥式细菌的场所。
动物繁育室旧址，七三一部队培养带菌昆虫的地方。
黄鼠饲养室旧址是一长方形东西向单层木板房，为七三一部队专门饲养黄鼠的地方。
小动物地下饲养室，是七三一部队用来专门饲养小白鼠等动物的场所。
航空指挥所旧址，七三一部队为配合野外实验和细菌战而设立的，指挥塔台和雷达设施都设置在这里。
细菌弹组装储存室，七三一部队“山口班”组装和储存细菌弹的场所。
瓦斯发生室,七三一部队生产和供应瓦斯的场所。
瓦斯地下储藏室,瓦斯发生室的配套工程，是专门用于储存瓦斯的地方。
特殊武器研制厂,是制造小型细菌武器的高温实验室、灭菌室、研究室,生产和储存疫苗、菌苗和血清的场所。
动物焚烧炉以焚化动物尸体为主，也用来焚化用作实验的人的尸体。
焚尸炉，焚烧人类尸体的地方。
铁路专用线，七三一部队所用的器材、动物、细菌弹壳、燃料以及生活物资甚至部分被实验者都用火车直接运至这里。七三一部队生产的各种细菌，培育的母本动物和专用设备，也从这里发往各地。
宿舍区
给水塔，是负责供应七三一部队及宿舍区用水的建筑设施。
地下回水池旧址，锅炉发电机组的循环冷却水的设施。
细菌弹壳制造厂遗址，日军败退之前对这里进行了破坏。
吉林街联络处旧址，该建筑建造于1905年以前，曾是著名犹太商人克罗尔的宅邸，后来依次作为苏联驻哈尔滨总领事馆和捷克驻哈尔滨总领事馆。日军占领东北之后，该建筑曾是石井四郎在哈尔滨市内的住处，也是七三一部队实施“特别移送”的转运站。
教化街营外宿舍旧址，原为尤戈维奇小学，日伪时期曾作为七三一部队市内的营外独身宿舍。
现为哈尔滨铁路物业管理有限公司使用。
日本领事馆，曾作为南满铁路株式会社，后作为日本驻哈尔滨总领事馆。
城子沟野外试验场，曾被七三一部队用作野外实验场使用。
侵华日军第七三一部队旧址，是日本对外侵略扩张、掠夺资源、践踏主权的重要罪证。
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