二战结束后，远东军事法庭于1946年5月3日开庭，美国的检察总长助理基南担任首席检察官，对战争罪行的起诉上溯到满洲事变。基南在12月发表谈话时明确表示：
“审判将以公平和正义为尺度，目的是使今天发生的事情在历史和未来不再重演。这是一次文明的审判。”
法庭由英、美、中、苏等11国代表组成。澳大利亚的韦伯被任命为审判长。判决由出席审判的法官投票表决，判决结果要以多数票为基准。但是，尽管远东军事法庭一再标榜“公正”，归根到底判决都是按照麦克阿瑟将军(即美国)的意志做出的，作为总司令，麦克阿瑟可以改变或减轻法庭的判刑。因此，从一开始法庭就根据将军的意志将日本天皇排除在外，没有追究其战争责任。
此外，在日本投降的地区，如中国、苏联、英国和荷兰等地也设立了法庭，与东京审判同时进行。日本国内横滨等地也进行了同样的审判。
关于东京审判，美国辩护律师卡宁甘曾批评说：“东京审判仅仅是一种军事审判，不过是宣传日本人由于错误领导而遭遇不幸的一出闹剧。”
然而。日本国民在过去的很多年里并不了解日本侵略中国大陆并犯下残暴罪行的真实情况，因此，当这些战争罪行在法庭上一一被揭露出来时，日本人民受到了很大触动。东京审判仍是有一定意义的。
1948年11月4日至12日，审判长韦伯宣布了法庭对日本战犯的判决。法庭判处25名被告有罪，其中，东条英机、土肥原贤二、板垣征四郎、木村兵太郎、松井石根、武藤章等陆军军人被判处绞刑，文官中只有广田弘毅作为南京大屠杀事件的责任者而被处以绞刑。此外，被判处终身监禁的有文官木户幸一、平沼骐一郎、贺屋兴宣、白鸟敏夫、星野直钠，武官岛田繁太郎、大岛浩、荒木贞夫、小矶国昭、畑俊六、梅津美治郎、南次郎、铃木贞一、佐藤贤了、桥本欣五郎和岗敬纯等。外务大臣东乡茂德和重光葵被分别判处有期徒刑20年和7年。
但盟军总司令部1948年11月24日突然释放了19名甲级战犯，其中包括岸信介等东条内阁时的阁僚。几年后，被判处终身监禁以下徒刑的木户幸一等18名战犯也被释放。结果只有被判处死刑的7人为满洲事变、侵华战争和太平洋战争承担罪责。占领军撤走后，这些被释放者立即得到解除开除公职处分的照顾。又重新活跃在日本的政界、财界和與论界。其中岸信介居然当上了首相。
早在《波茨坦公告》发布之前，美、英、中三国既已决定在日本投降时保留天皇，目的是利用昭和天皇。因此，东京审判将最大的战犯昭和天皇排除在外，只能说明这次审判是一场走形式的闹剧。
在天皇地位问题上，尽管各国與论界要求绞死天皇的呼声越来越高，但盟军仍决定保留天皇。为了使法庭不致传讯天皇，麦克阿瑟将军和基南检察官费了许多心机。
麦克阿瑟将军图
实现媾和后担任鸠山内阁外务大臣的重光葵曾在美国会见过麦克阿瑟将军，当时将军对他说：
“是我救了天皇的命。当时世界舆论普遍认为，天皇是日本发动侵略战争的最高负责人，国际法庭理应判处他绞刑。但是，我认为如果将天皇推上较刑架，日本的工人、学生和人民群众就会得势，要求彻底实现人民主权的民主，这样，占领军将无法控制日本。倒不如救天皇一命，让天皇同占领军合作，这更利于推行占领政策。基于上述判断我极力主张保留天皇，从而拯救了天皇。”
这段话也许属实。这是将军的意见，也是英美政府的一致看法。麦克阿瑟的心腹、检祭官基南也极力替天皇开脱罪责，他说：“天皇不具有美国所定义的那种犯罪意图。法庭调查结果表明，天皇已被列为调查对象的第14届内阁毫无关系。”
合众社记者霍布赖特在报道中指出：“将天皇排除在审判之外是盟国出于政治上的考虑而作出的决定。对这个决定斯大林也违心地表示同意。”另据记者里奇报道，基南也曾说：“美、英、中、苏四国首脑早在1945年11月下询即已商定不把天皇列为战犯而提请公诉。我和其他检察官来日本之前看过这个决定。”
当然，麦克阿瑟将军和基南的真正想法并不是天皇在法律上和道义上都没有战争责任，他们的主张完全出于功利主义考虑。他们认为，在日本投降问题上已在政治上利用了天皇，在美军占领日本后仍可在政治上继续利用天皇，在美苏进入冷战状态后，保留天皇更有助于防止共产主义势力的蔓延。
审判长韦伯在审问东条之前这一关键时刻被临时召回澳大利亚，美国的克雷玛法官接替审判长职位，这样，基南便随心所欲地操纵了审判。这样做是因为韦伯坚信天皇应对战争负责。因此，在天皇战争罪责问题上，军事法庭的审判只不过是检察官与被告之间精心演排的一出抽劣的丑剧而已。1948年11月，法院审判结束后，韦伯发表了他个人的看法，表达了对美国的不满。他说：
“天皇掌握着日本的军政大权，在天皇促使战争结束问题上，这一点暴露无遗。同样，天皇在开战时也明显发挥了作用，检察官方面有明确的证据证明这一点。但检察官方面却明确表示不对天皇提起公诉。发动战争需经天皇批准。如果天皇不希望战争，理应不予批准。即使天皇是根据臣下的建议采取行动的，也是因为他认为这样做对。总而言之，即便是立宪制君主，采纳大臣的建议而触犯国际法，其罪过也是不能宽恕的。”
在指出天皇负有战争责任的同时，韦伯还说：“对天皇免于起诉，这一决定无疑是为了盟国的最高利益。”当时美国国内有些主流报纸也反映了美国一般民众忿忿不平的心情，这些报道文章称：“法庭被告席上明显有一人缺席，这个人就是天皇。”由于盟国想利用昭和天皇，所以才使天皇得救。
韦伯在寄给《天皇的阴谋》一书作者的一封信中说：“既然不将天皇处罪，所有战犯都不该处死刑，我对作者的这一观点抱有同感。”其实，被处死刑的7名战犯不过是天皇的忠实仆人。东条英机曾在最初出庭受审时说：“日本国臣民根本不会违背天皇的意志行事，日本政府和日本国高官则更不会。”而后又改口说责任全在他自己。因为木户等人在狱中以改善东条家属生活状况为条件说服了东条。最大的恶人、最大的战犯天皇就是通过上述途径得救的。东条等人直至最后都是天皇的忠臣。
昭和天皇图
战后，天皇在接见记者时仍为东条等战前的军国主义者(甲级战犯、被处死刑者)辩护。因为天皇心里清楚，他们都是天皇的忠臣。他们代天皇受过、承担了战争罪责。
美·戴维·伯格米尼《日本天皇的阴谋》
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