瘟疫一直贯穿着整个人类的历史，我国也不例外。《周礼·天官·冢宰》对其就有记载:"疾医掌养万民之疾病，四时皆有疠疾。"现存最早的中医古籍《黄帝内经》也有记载。如《素问·刺法论》指出:"五疫之至，皆向染易，无问大小，病状相似……，正气存内，邪不可干，避其毒气。"在于瘟疫的作战当中，我们总结了一些防疫方法，组成了“战”疫系统，而个系统，现在还有借鉴的作用。
第一步，设立隔离区
古人很早就已经认识到了瘟疫是具有传染性质的，所以把病人单独隔离开是有效的防治措施。我国最早的有记载的设立隔离区是在汉朝，《汉书·平帝纪》记载：“元始二年，旱蝗，民疾疫者，舍空邸第，为置医药。”此后，历朝历代都开始建有类似的设施，北魏时期，设有“别坊”“医馆”，“遣医救护”；萧齐时，太子长懋等人曾设立了专门的病人隔离机构——六疾馆，用来隔离收治患病之人；唐朝时，佛教寺院设立的“病坊”用于隔离麻风病人，内有僧人为患者治病；南宋政府在各地建立“安济坊”，病人依病情轻重异室居住，“以防渐染”；明清时期，各地更是直接建立了麻风病医院，来专门收治麻风病人。这些专门的隔离场所的设立，在一定程度了阻断了瘟疫的传播。
第二步，迅速深葬遗体
但凡是疫情爆发，就有有人因为疫情而死。如东汉初年“会稽大疫，死者无数”，由于瘟疫的传染性，未经妥善安置的尸体将进一步传染疾病，危害家人和环境。在当时，人们已经意识到了这件事情，据《周礼》记载，从先秦时期开始，凡遇民间大疫，官府都要采取措施，对民间尸体进行集中掩埋，作无害化处理。南朝梁武帝时，郢城暴发瘟疫,全城十余万口，“死者十七八”，朝廷下令给死者赐棺器盛殓,以防止疾疫传染(《南史.梁武帝纪》)。唐朝时期对瘟疫时期掩埋尸体十分重视，唐太宗曾派使者沿城巡行，发现尸骸迅速掩埋。唐玄宗在大疫期间下令，死者尸体一定要家人掩埋，无人管者，由地方官负责安置。
南宋嘉定元年(公元1208年)，江淮带暴发瘟疫，当地各级官府招募了大批僧人志愿者参与掩埋尸体。官府规定:凡掩埋尸体200人者，官府奖励僧人一道度牒(《宋史 .五行志》)。 此举使尸体处理进度大大加快，一定程度上遏制了瘟疫的蔓延。此后，全国各地争相效仿，并且设立了公墓“漏泽园”， “瘗人并深三尺，毋令暴露，监司巡历检察。”漏泽园在各州县得到普及，仅在临安府就设暨漏泽园12所;由僧人负责管理，官府支付薪水，每人每月给“常平米钱各五贯、米一石”史书中还记载,明清时期，民间出现了大量的“施棺局"，每逢大疫之年，“施棺局”便派人沿街收尸;盛验后抬到“义冢”掩埋。这些措施，一定程度的减少了尸体上病毒繁殖传染的几率，降低了人们被二次感染的风险。
我国古代医学的发展一直走在世界的前列，有过很多的医书，其中对瘟疫也有一定的研究。东汉时期的张仲景以治疗“伤寒”病著名，其中医经典著作《伤寒论》论述了对多种传染性疾病不同时期的治疗方法，不但书中的方药沿用至今，其灵活多变的辩证施治方法奠定了中医临床实践的基石。神医华佗不但擅长外科，还有很多关于他治疗各种传染性寄生虫病的记载。华佗发现用青嫩茵陈蒿草治疗流行性“黄胆病”的疗法，后来民间流传“三月青蒿能治病，五月六月当柴烧”。现代研究从新鲜青蒿中分离出青蒿素（artemisinin），成为一个治疗疟疾的新药。
一些名人的记载中也提到了一些药方，比如苏轼在《与王敏仲书》中提到治疗瘴疫方为，“用姜、葱、豉三物，浓煮热呷，无不效者”；元人笔记《辍耕录》中也有记载，元朝初年时，元军发生疾疫，以大黄疗治，所活近万人，效果亦极显著。另外，《宋史》中记载，北宋景德三年，吐蕃铎督部发生疾疫，宋廷提供了白龙脑、犀角、硫磺、安息香、白石英等76种治疗药物；宋人丁特起所著《靖康纪闻》中记载了另一种治疗方剂——黑豆汤：“黑豆二钱（令炒香熟）、甘草二寸（炒黄色），右二味以水二煎一盏，时时服之自愈。”
第四步，做好环境卫生
古人在与疫病对抗中，逐渐发现了卫生与疫情发生之间的联系。公共卫生方面，周朝时，官府颁令民间，用含有碳酸钙和磷酸钙的牡蛎及草木灰来防疫杀虫，《周礼》记载，端午节时，南方一些地区将混有雄黄酒的石灰水洒于房屋角落，以抑制瘟疫。据出土的秦简记载，凡宾客入秦国城时，其乘车和马具必须经过火燎烟熏以消毒防疫。在宋代温革著的《琐碎录》中也提出：“沟渠通屋宇洁净无秽气，不生瘟疫病”。
古人还讲究个人卫生，秦汉时期的《汉律》规定“吏五日得以下沐,善休息以洗沐也”。还有记载用佩兰等草药洗浴，可以防止疾病，保持健康。古人还注意到鼠类和不良食品可以传染疾病,提出‘"鼠涉饭中，捐而不食”，勿食生冷食物，不要食生等劝告。古人也同样认识到水和健康的关系，李时珍《本草纲目》中就说: "凡井水有远从地脉来者为上，有从近处江湖渗来者次之，其城市近沟渠污水杂入者成碱，用须煮滚。”
第五步，封闭“居家”隔离
和现在的居家隔离一样，古代在疫情出现的时候，也会设立各种检查站来防止人员流动。对于那些已经得了瘟疫的村子，会让军队强制隔离封锁村子，尽量不让村子里的人出来，以防疫情到处传播。清朝政府还设有“查痘章京”官职，专事痘疹的防疫检查。清朝刊行的《海录》记载“凡有海艘回国，及各国船到本国，必先遣人查看有无出痘疮者，若有则不许入口，须待痘疮平愈，方得进港内”。
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