瘟疫一直貫穿著整個人類的歷史，我國也不例外。《周禮·天官·冢宰》對其就有記載:"疾醫掌養萬民之疾病，四時皆有癘疾。"現存最早的中醫古籍《黃帝內經》也有記載。如《素問·刺法論》指出:"五疫之至，皆向染易，無問大小，病狀相似……，正氣存內，邪不可幹，避其毒氣。"在於瘟疫的作戰當中，我們總結了一些防疫方法，組成了“戰”疫系統，而個系統，現在還有借鑑的作用。
第一步，設立隔離區
古人很早就已經認識到了瘟疫是具有傳染性質的，所以把病人單獨隔離開是有效的防治措施。我國最早的有記載的設立隔離區是在漢朝，《漢書·平帝紀》記載：“元始二年，旱蝗，民疾疫者，舍空邸第，為置醫藥。”此後，歷朝歷代都開始建有類似的設施，北魏時期，設有“別坊”“醫館”，“遣醫救護”；蕭齊時，太子長懋等人曾設立了專門的病人隔離機構——六疾館，用來隔離收治患病之人；唐朝時，佛教寺院設立的“病坊”用於隔離麻風病人，內有僧人為患者治病；南宋政府在各地建立“安濟坊”，病人依病情輕重異室居住，“以防漸染”；明清時期，各地更是直接建立了麻風病醫院，來專門收治麻風病人。這些專門的隔離場所的設立，在一定程度了阻斷了瘟疫的傳播。
第二步，迅速深葬遺體
但凡是疫情爆發，就有有人因為疫情而死。如東漢初年“會稽大疫，死者無數”，由於瘟疫的傳染性，未經妥善安置的屍體將進一步傳染疾病，危害家人和環境。在當時，人們已經意識到了這件事情，據《周禮》記載，從先秦時期開始，凡遇民間大疫，官府都要採取措施，對民間屍體進行集中掩埋，作無害化處理。南朝梁武帝時，郢城暴發瘟疫,全城十餘萬口，“死者十七八”，朝廷下令給死者賜棺器盛殮,以防止疾疫傳染(《南史.梁武帝紀》)。唐朝時期對瘟疫時期掩埋屍體十分重視，唐太宗曾派使者沿城巡行，發現屍骸迅速掩埋。唐玄宗在大疫期間下令，死者屍體一定要家人掩埋，無人管者，由地方官負責安置。
南宋嘉定元年(公元1208年)，江淮帶暴發瘟疫，當地各級官府招募了大批僧人志願者參與掩埋屍體。官府規定:凡掩埋屍體200人者，官府獎勵僧人一道度牒(《宋史 .五行志》)。 此舉使屍體處理進度大大加快，一定程度上遏制了瘟疫的蔓延。此後，全國各地爭相效仿，並且設立了公墓“漏澤園”， “瘞人並深三尺，毋令暴露，監司巡歷檢察。”漏澤園在各州縣得到普及，僅在臨安府就設暨漏澤園12所;由僧人負責管理，官府支付薪水，每人每月給“常平米錢各五貫、米一石”史書中還記載,明清時期，民間出現了大量的“施棺局"，每逢大疫之年，“施棺局”便派人沿街收屍;盛驗後抬到“義冢”掩埋。這些措施，一定程度的減少了屍體上病毒繁殖傳染的幾率，降低了人們被二次感染的風險。
我國古代醫學的發展一直走在世界的前列，有過很多的醫書，其中對瘟疫也有一定的研究。東漢時期的張仲景以治療“傷寒”病著名，其中醫經典著作《傷寒論》論述了對多種傳染性疾病不同時期的治療方法，不但書中的方藥沿用至今，其靈活多變的辯證施治方法奠定了中醫臨床實踐的基石。神醫華佗不但擅長外科，還有很多關於他治療各種傳染性寄生蟲病的記載。華佗發現用青嫩茵陳蒿草治療流行性“黃膽病”的療法，後來民間流傳“三月青蒿能治病，五月六月當柴燒”。現代研究從新鮮青蒿中分離出青蒿素（artemisinin），成為一個治療瘧疾的新藥。
一些名人的記載中也提到了一些藥方，比如蘇軾在《與王敏仲書》中提到治療瘴疫方為，“用姜、蔥、豉三物，濃煮熱呷，無不效者”；元人筆記《輟耕錄》中也有記載，元朝初年時，元軍發生疾疫，以大黃療治，所活近萬人，效果亦極顯著。另外，《宋史》中記載，北宋景德三年，吐蕃鐸督部發生疾疫，宋廷提供了白龍腦、犀角、硫磺、安息香、白石英等76種治療藥物；宋人丁特起所著《靖康紀聞》中記載了另一種治療方劑——黑豆湯：“黑豆二錢（令炒香熟）、甘草二寸（炒黃色），右二味以水二煎一盞，時時服之自愈。”
第四步，做好環境衛生
古人在與疫病對抗中，逐漸發現了衛生與疫情發生之間的聯繫。公共衛生方面，周朝時，官府頒令民間，用含有碳酸鈣和磷酸鈣的牡蠣及草木灰來防疫殺蟲，《周禮》記載，端午節時，南方一些地區將混有雄黃酒的石灰水灑於房屋角落，以抑制瘟疫。據出土的秦簡記載，凡賓客入秦國城時，其乘車和馬具必須經過火燎煙燻以消毒防疫。在宋代溫革著的《瑣碎錄》中也提出：“溝渠通屋宇潔淨無穢氣，不生瘟疫病”。
古人還講究個人衛生，秦漢時期的《漢律》規定“吏五日得以下沐,善休息以洗沐也”。還有記載用佩蘭等草藥洗浴，可以防止疾病，保持健康。古人還注意到鼠類和不良食品可以傳染疾病,提出‘"鼠涉飯中，捐而不食”，勿食生冷食物，不要食生等勸告。古人也同樣認識到水和健康的關係，李時珍《本草綱目》中就說: "凡井水有遠從地脈來者為上，有從近處江湖滲來者次之，其城市近溝渠汙水雜入者成鹼，用須煮滾。”
第五步，封閉“居家”隔離
和現在的居家隔離一樣，古代在疫情出現的時候，也會設立各種檢查站來防止人員流動。對於那些已經得了瘟疫的村子，會讓軍隊強制隔離封鎖村子，儘量不讓村子裡的人出來，以防疫情到處傳播。清朝政府還設有“查痘章京”官職，專事痘疹的防疫檢查。清朝刊行的《海錄》記載“凡有海艘回國，及各國船到本國，必先遣人查看有無出痘瘡者，若有則不許入口，須待痘瘡平愈，方得進港內”。
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