李旦即位不久，对李隆基与太平公主的矛盾冲突采取“和稀泥”的态度，甚至在某些程度上支持太平公主，抑制太子，这并不能说明睿宗昏庸。
因为睿宗是在太平公主与李隆基的拥戴下才当上皇帝的，相比较而言，太平公主的势力是比较强大的。而睿宗当时的皇位还不够稳固，若没有太平公主的全力支持，局面是不堪设想的。所以他只能迁就自己的妹妹而委屈自己的儿子了。
当然，多年的政治风波，几个哥哥都已不在人世，唯一剩下兄妹俩人相依为命，从感情上说，他对“沉断有谋”的妹妹是有很深的感情，纵容偏袒也是在所难免。
此外，睿宗经过多年的政治风波，早已形成老成持重的性格，他对权力斗争的各个方面，各个因素都能权衡处理，且谨慎小心。所以，在没有绝对把握的情形下，睿宗必然会对太平公主让步，而一旦时机成熟，睿宗就收起自己懦弱的一面，毫不犹豫地采取果断措施。
在太子李隆基的实力地位较为巩固的时候，睿宗先后采取了极为明智的两项措施：
一是令太子监国。
二是决定退位。
面对公主的激烈反对，他不为之所动。现在来看，这两项举措无不体现着睿宗精明能干的一面。
由此可以说，有人说唐睿宗昏庸无能，实在是太冤枉他了。
太平公主的梦想是像母亲武则天一样有朝一日做女皇，在李旦登基的第二年，通过争夺，利用李旦对他的信任，逐渐占据了上风，使李隆基丧失了主持朝政的权力，李隆基的得力助手宰相姚崇和宋璟也被罢职。
李旦因为以前母亲的所作所为，加上自己所受的苦难，对皇帝这个人人喜欢的权位没有了什么兴趣，一直想早点把皇位让给儿子李隆基，自己去做逍遥自在、清闲无事的太上皇。
公元711年，就是李旦重新登基的第二年的二月，李旦传下诏书，要太子李隆基行使监国之权，这类似于全权执政官。两个月后，又召来三品以上的重臣商议传太子皇位的事。
由于这时大多数的人已经倒向公主一派，所以没有人敢表示同意。加上公主一派的极力反对，李旦便采取了一个过渡的方式：太子全权处理政事，其他军国大事、死刑的批准、五品以上官员的任免等，先与太子商议，拿出处理意见，再由他最后决断。
太平公主对此很不满意，一直想将李隆基除掉，扫除自己以后做女皇的一大障碍。
在延和元年（公元712年）的七月，彗星在天空出现，这在封建社会的时候被认为是一种凶兆，所以，太平公主赶忙采取了行动：唆使一个术士向李旦说：
“根据星象，皇帝有灾，皇太子应当即位。”
意思是说李隆基要篡位做皇帝了，挑拨李旦的父子关系。
没想到，这一着非但没有让李旦废黜李隆基，反而使李旦做出了马上传位给李隆基的决定。他说：
“传德可以避灾，我的主意打定了。”
无奈之下，太平公主只好顺水推舟，建议李旦禅让皇位，但同时她又提了一个条件：由她掌握朝政大权。李旦不好让太平公主失望，勉强同意了。
712年的八月，李旦正式将皇位传给了太子李隆基，自己做了太上皇。
在名称上做了严格规定：李旦自称还是皇帝用的“朕”，下的诏书叫做“诰”，每隔五天在太极殿听政一次，处理政务。至于李隆基则自称为“予”，下的诏书则叫做“制”或“敕”，以示区别，李隆基的办事地点在武德殿。
另外，还对职权做了区分：四品以下的官员任免由李隆基来负责决定，三品以上的官员任免则由太上皇李旦亲自决断。
李隆基和太平公主的斗争到713年日趋激烈，最后，还是李隆基先下了手，将太平公主一派基本上诛杀清除，做了真正的皇帝，开始开创唐朝的全盛时期。
李旦在历史上称帝的次数虽然有两次，算得上是多的，但时间很短，前后只有两年。让位后又活了四年，在716年病逝，死时虚岁五十五。李旦的谥号是“玄真大圣大兴皇帝”，庙号是“睿宗”。死后被葬在了桥陵，就是现在陕西蒲城县丰山。
李旦在位期间虽然没有什么大的政绩，但他果断地让位，还算是很明智的，让儿子李隆基有了施展才干抱负的机会，后来的事实也证明，李隆基确实没有辜负他的希望。
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